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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vis | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Domain-Swapped Trimer Q108K:K40D:T53A:R58L:Q38F:Q4F:V62E Variant of HCRBPII | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 2 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Domain Swapped Trimer / iLBP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å | ||||||
データ登録者 | Ghanbarpour, A. / Geiger, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020 タイトル: Human Cellular Retinol Binding Protein II Forms a Domain-Swapped Trimer Representing a Novel Fold and a New Template for Protein Engineering. 著者: Ghanbarpour, A. / Santos, E.M. / Pinger, C. / Assar, Z. / Hossaini Nasr, S. / Vasileiou, C. / Spence, D. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vis.cif.gz | 207.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vis.ent.gz | 139.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vis | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15578.421 Da / 分子数: 3 / 変異: Q108K, K40D, T53A, R58L, Q38F, Q4F, V62E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBP2, CRBP2 発現宿主: Bacterial expression vector pET-11a (その他) 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.788→48.13 Å / Num. obs: 10793 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 57.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.16 / Net I/σ(I): 17.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.788→2.888 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 1015 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 93.81 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2rct 解像度: 2.79→48.13 Å / SU ML: 0.5222 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.4608 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.79→48.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 51.7405525202 Å / Origin y: 24.9915336269 Å / Origin z: 30.3394018303 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |