PDB-6vi1: Structure of Fab4 bound to P22 TerL(1-33)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vi1

タイトル

Structure of Fab4 bound to P22 TerL(1-33)

要素

Synthetic Fab4 heavy chain
Synthetic Fab4 light chain
Terminase, large subunit

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Synthetic fab / large terminase / genome-packaging / crystallization chaperone / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral terminase complex / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Salmonella phage P22 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cingolani, G. / Lokareddy, R. / Ko, Y.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM100888	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	OD017987	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA56036	米国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Recognition of an alpha-helical hairpin in P22 large terminase by a synthetic antibody fragment.
著者: Lokareddy, R.K. / Ko, Y.H. / Hong, N. / Doll, S.G. / Paduch, M. / Niederweis, M. / Kossiakoff, A.A. / Cingolani, G.

履歴

登録	2020年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vi1.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vi1.ent.gz	902.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/6vi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vi2C 6xmiC 5eu7S 6vhm PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1op8-3 6xmi-2 1op8-1 1q9w-1 6bli-2 5jx8-d 5i0m-d 4zfo-2 6i7l-d 6vge-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Synthetic Fab4 light chain

E: Synthetic Fab4 heavy chain

A: Synthetic Fab4 light chain

B: Synthetic Fab4 heavy chain

C: Synthetic Fab4 light chain

F: Synthetic Fab4 heavy chain

G: Synthetic Fab4 light chain

H: Synthetic Fab4 heavy chain

I: Synthetic Fab4 light chain

J: Synthetic Fab4 heavy chain

K: Synthetic Fab4 light chain

L: Synthetic Fab4 heavy chain

M: Terminase, large subunit

N: Terminase, large subunit

O: Terminase, large subunit

P: Terminase, large subunit

Q: Terminase, large subunit

R: Terminase, large subunit

320 kDa, 18 ポリマー
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1

D: Synthetic Fab4 light chain

E: Synthetic Fab4 heavy chain

M: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
53.3 kDa, 3 ポリマー
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2

A: Synthetic Fab4 light chain

B: Synthetic Fab4 heavy chain

N: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Synthetic Fab4 light chain

F: Synthetic Fab4 heavy chain

O: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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4

G: Synthetic Fab4 light chain

H: Synthetic Fab4 heavy chain

P: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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5

I: Synthetic Fab4 light chain

J: Synthetic Fab4 heavy chain

Q: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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6

K: Synthetic Fab4 light chain

L: Synthetic Fab4 heavy chain

R: Terminase, large subunit

登録者が定義した集合体
53.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.747, 139.334, 163.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain A	A	C	1 - 214	2 - 215
2	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain C	C	E	1 - 214	2 - 215
3	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain D	D	A	1 - 214	2 - 215
4	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain G	G	G	1 - 214	2 - 215
5	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain I	I	I	1 - 214	2 - 215
6	1	ASP	ASP	GLY	GLY	chain K	K	K	1 - 214	2 - 215
1	2	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain B and resid 220 through 449)	B	D	220 - 449	6 - 235
2	2	GLU	GLU	PRO	PRO	chain E	E	B	220 - 449	6 - 235
3	2	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain F and resid 220 through 449)	F	F	220 - 449	6 - 235
4	2	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain H and resid 220 through 449)	H	H	220 - 449	6 - 235
5	2	GLU	GLU	PRO	PRO	chain J	J	J	220 - 449	6 - 235
6	2	GLU	GLU	PRO	PRO	(chain L and resid 220 through 449)	L	L	220 - 449	6 - 235
1	3	MET	MET	GLU	GLU	chain M	M	M	1 - 23	1 - 23
2	3	MET	MET	GLU	GLU	chain N	N	N	1 - 23	1 - 23
3	3	MET	MET	GLU	GLU	chain O	O	O	1 - 23	1 - 23
4	3	MET	MET	GLU	GLU	chain P	P	P	1 - 23	1 - 23
5	3	MET	MET	GLU	GLU	chain Q	Q	Q	1 - 23	1 - 23
6	3	MET	MET	GLU	GLU	chain R	R	R	1 - 23	1 - 23

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: 抗体	Synthetic Fab4 light chain 分子量: 23286.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Synthetic Fab4 heavy chain 分子量: 26025.027 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質・ペプチド	Terminase, large subunit / DNA-packaging protein gp2 / Gene product 2 / gp2 分子量: 3976.288 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Salmonella phage P22 (ファージ) 参照: UniProt: P26745, type II site-specific deoxyribonuclease, DNA helicase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM KCl, 25 mM MgCl2, 50 mM Na-Cacodylate trihydrate pH 6.0, 15% (v/v) 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 127623 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.5 Å² / R_pim(I) all: 0.085 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12764 / CC_1/2: 0.508 / R_pim(I) all: 0.555 / R_sym value: 0.639

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EU7

5eu7

解像度: 2.4→14.98 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.03

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	1977	1.57 %
R_work	0.1887	-	-
obs	0.1895	126104	94.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.87 Å² / B_iso mean: 51.7492 Å² / B_iso min: 16.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→14.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21330	0	0	836	22166
B_iso mean	-	-	-	43	-
残基数	-	-	-	-	2808

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
1	2	C	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
1	3	D	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
1	4	G	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
1	5	I	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
1	6	K	3834	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	1	B	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	2	E	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	3	F	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	4	H	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	5	J	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
2	6	L	4152	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	1	M	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	2	N	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	3	O	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	4	P	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	5	Q	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL
3	6	R	396	X-RAY DIFFRACTION	6.414	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.46	0.3167	141	0.3031	8856	8997	94
2.46-2.53	0.2961	140	0.2931	8786	8926	93
2.53-2.6	0.3743	139	0.2783	8709	8848	93
2.6-2.68	0.3233	144	0.2644	9075	9219	96
2.68-2.78	0.306	144	0.253	9008	9152	96
2.78-2.89	0.2977	143	0.2405	8983	9126	95
2.89-3.02	0.3098	142	0.2252	8893	9035	95
3.02-3.18	0.2514	136	0.212	8616	8752	92
3.18-3.37	0.2971	144	0.2027	9013	9157	95
3.37-3.63	0.2345	143	0.1747	8974	9117	95
3.63-3.99	0.2022	142	0.168	8899	9041	94
3.99-4.55	0.1793	140	0.1378	8793	8933	93
4.55-5.68	0.1744	141	0.1342	8897	9038	94
5.68-14.98	0.2059	138	0.1556	8625	8763	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0351	0.3444	0.2341	1.7814	0.4258	1.6613	-0.0594	0.0275	-0.1517	-0.0542	0.0362	0.0031	-0.0218	0.0201	-0.0004	0.2638	0.0372	0.0252	0.3091	0.005	0.3749	-24.917	19.9669	17.5079
2	1.4979	0.498	-0.9925	1.1751	0.5882	1.7433	-0.2166	0.2859	-0.1775	-0.2903	0.1744	0.0071	-0.0302	-0.1338	0.0147	0.3924	-0.1165	-0.0211	0.5203	-0.0651	0.483	-38.1273	19.3903	-16.0945
3	0.9887	0.0213	-0.2195	1.5082	-0.3453	1.0823	-0.1627	0.2011	-0.0554	-0.2762	0.1058	0.1555	0.2912	-0.1706	-0.006	0.4338	-0.0776	-0.0148	0.5222	-0.0953	0.5428	-36.1074	16.6552	-17.3885
4	1.0806	-0.2085	1.5342	1.2518	-1.6389	4.5155	-0.2295	-0.0991	0.1895	0.2438	0.0914	0.1008	-0.8202	-0.3188	-0.0042	0.4807	0.035	-0.0015	0.3275	-0.0245	0.3974	-23.9174	40.6689	15.0599
5	0.6873	-0.3889	-0.4852	0.2101	0.025	1.2038	-0.4037	0.1978	-0.5251	-0.587	0.1462	0.2826	0.8273	-0.3866	0.0083	0.6906	-0.1424	0.0406	0.7956	-0.1098	0.672	-49.558	21.9425	-16.7139
6	0.7788	1.3486	0.308	1.7427	-0.398	0.902	-0.1155	0.1012	0.1779	0.0036	0.1002	0.4612	-0.1666	-0.3374	0.0003	0.3289	0.0123	0.0315	0.5722	-0.0167	0.594	-43.5145	30.7116	-8.6619
7	0.9004	1.2016	-0.0309	1.1693	-0.1329	1.0922	-0.1199	-0.1025	-0.0083	0.2428	0.0401	0.0906	0.2225	0.1785	0.0085	0.3148	-0.0076	0.0148	0.339	0.0175	0.3905	14.6707	-4.4387	26.2641
8	0.862	-0.2731	-0.3717	1.2441	0.139	1.9071	0.0237	-0.0576	-0.0119	0.0283	-0.0201	0.0287	0.0379	0.0266	-0.0002	0.2934	-0.0273	0.0127	0.3037	-0.0063	0.3448	9.0441	-9.881	28.7426
9	0.7327	-0.0139	-0.1049	0.3873	-0.0573	0.3455	-0.0508	0.1653	-0.7998	-0.245	0.1757	0.5481	-0.1503	-0.3415	-0.0147	0.7615	0.0087	-0.1652	0.5864	-0.0676	0.5316	-8.0791	-11.6101	-10.1069
10	0.9489	-0.2264	-0.0301	0.151	-0.1654	0.4367	-0.167	-0.1751	0.2192	-0.118	-0.1102	-0.1444	-0.2508	-0.095	0.0201	0.6365	-0.0619	0.0019	0.3943	0.0102	0.5394	4.9163	-8.0806	-3.4906
11	1.7573	-0.4344	0.2185	0.7747	0.6248	0.6888	0.2295	-0.3684	0.3211	-0.2551	-0.1362	0.285	0.3003	-0.4569	-0.0066	0.7559	-0.1737	0.0631	0.4608	-0.0744	0.5242	3.9916	-7.5932	0.0148
12	0.3358	0.1081	0.2475	0.2882	0.0453	0.1105	0.1325	-0.3459	0.1015	-0.1695	0.0202	0.3319	-0.1876	-0.4361	-0.0001	0.671	-0.0444	-0.0439	0.4712	-0.0253	0.4872	-4.5917	-4.8795	-8.1775
13	0.0687	-0.143	-0.0199	0.1916	0.0811	0.2538	0.3027	0.2487	0.2674	-0.126	-0.266	0.0584	-0.3076	0.2583	0.011	0.8655	-0.0887	-0.0309	0.4276	0.0971	0.5206	3.0873	-5.5221	-13.6685
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56	0.0754	0.0443	0.2881	0.3971	-0.0505	0.5429	-0.0184	-0.0168	-0.1697	0.0108	-0.025	-0.3199	0.519	1.0961	-0.0004	0.5886	0.0029	-0.0952	0.8613	-0.0534	0.5684	-30.8264	-11.9994	-56.3813
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64	0.5075	0.225	0.0407	0.1228	-0.0617	0.0944	0.1203	-0.1736	-0.0669	0.2578	0.0206	0.2593	0.2861	-0.3221	-0.0081	0.4051	0.0471	-0.0558	0.4319	0.044	0.4953	-2.6357	17.0696	-1.9015
65	0.563	-0.3819	-0.2336	0.2429	0.0118	0.6818	0.2085	0.176	-0.1569	-0.0078	-0.6144	-0.7394	1.1013	0.7087	0.004	0.5929	-0.008	-0.0132	0.5608	0.0393	0.4593	13.7092	-41.6861	-48.4242
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69	0.3454	-0.4329	-0.0092	0.6475	0.0526	0.7493	-0.1149	0.1758	-0.4117	-0.5078	-0.089	-0.2948	0.7313	0.5083	0.0012	0.7064	-0.0448	0.0541	0.7529	-0.0872	0.4621	-40.7664	-7.7963	-100.3177
70	0.0588	0.1347	0.0893	1.0235	0.2362	0.7538	0.1233	-0.1647	1.0206	0.1275	-0.3225	-0.1647	-0.8214	0.4157	0.0002	0.7234	-0.0605	0.0377	0.5954	-0.0136	0.4159	-44.5951	1.8513	-99.7836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 1 through 115 )	D	1 - 115
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 116 through 152 )	D	116 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 153 through 214 )	D	153 - 214
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 220 through 355 )	E	220 - 355
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 356 through 370 )	E	356 - 370
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 371 through 449 )	E	371 - 449
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 25 )	A	1 - 25
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 26 through 115 )	A	26 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 116 through 130 )	A	116 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 131 through 152 )	A	131 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 153 through 174 )	A	153 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 175 through 189 )	A	175 - 189
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 190 through 200 )	A	190 - 200
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 201 through 214 )	A	201 - 214
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 220 through 236 )	B	220 - 236
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 237 through 319 )	B	237 - 319
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 320 through 333 )	B	320 - 333
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 334 through 370 )	B	334 - 370
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 371 through 393 )	B	371 - 393
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 394 through 424 )	B	394 - 424
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 425 through 451 )	B	425 - 451
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 1 through 25 )	C	1 - 25
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 26 through 103 )	C	26 - 103
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 104 through 115 )	C	104 - 115
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 116 through 130 )	C	116 - 130
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 131 through 152 )	C	131 - 152
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 153 through 174 )	C	153 - 174
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 175 through 189 )	C	175 - 189
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 190 through 200 )	C	190 - 200
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 201 through 214 )	C	201 - 214
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 220 through 333 )	F	220 - 333
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 334 through 370 )	F	334 - 370
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 371 through 450 )	F	371 - 450
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 1 through 25 )	G	1 - 25
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 26 through 115 )	G	26 - 115
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 116 through 152 )	G	116 - 152
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 153 through 214 )	G	153 - 214
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 220 through 355 )	H	220 - 355
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 356 through 450 )	H	356 - 450
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 1 through 103 )	I	1 - 103
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'I' and (resid 104 through 115 )	I	104 - 115
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'I' and (resid 116 through 189 )	I	116 - 189
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'I' and (resid 190 through 214 )	I	190 - 214
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'J' and (resid 220 through 250 )	J	220 - 250
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'J' and (resid 251 through 360 )	J	251 - 360
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'J' and (resid 361 through 381 )	J	361 - 381
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'J' and (resid 382 through 449 )	J	382 - 449
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 1 through 25 )	K	1 - 25
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'K' and (resid 26 through 130 )	K	26 - 130
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 131 through 152 )	K	131 - 152
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 153 through 214 )	K	153 - 214
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'L' and (resid 220 through 250 )	L	220 - 250
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'L' and (resid 251 through 271 )	L	251 - 271
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'L' and (resid 272 through 310 )	L	272 - 310
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'L' and (resid 311 through 339 )	L	311 - 339
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'L' and (resid 340 through 360 )	L	340 - 360
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'L' and (resid 361 through 381 )	L	361 - 381
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'L' and (resid 382 through 451 )	L	382 - 451
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'M' and (resid 1 through 11 )	M	1 - 11
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'M' and (resid 12 through 23 )	M	12 - 23
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 1 through 11 )	N	1 - 11
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 12 through 23 )	N	12 - 23
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'O' and (resid 1 through 11 )	O	1 - 11
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'O' and (resid 12 through 23 )	O	12 - 23
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'P' and (resid 1 through 11 )	P	1 - 11
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'P' and (resid 12 through 23 )	P	12 - 23
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'Q' and (resid 1 through 11 )	Q	1 - 11
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'Q' and (resid 12 through 23 )	Q	12 - 23
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'R' and (resid 1 through 11 )	R	1 - 11
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'R' and (resid 12 through 23 )	R	12 - 23

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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