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- PDB-6vh9: FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vh9
タイトルFphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases F, apo form
要素Esterase family protein
キーワードHYDROLASE / FphF / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / sodium bound
機能・相同性
機能・相同性情報


S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-formylglutathione hydrolase / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Fellner, M. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Mace, P.D.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Inhibitor and Substrate Specificity of the Unique Fph Serine Hydrolases of Staphylococcus aureus .
著者: Fellner, M. / Lentz, C.S. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Chen, L. / Bogyo, M. / Mace, P.D.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase family protein
B: Esterase family protein
C: Esterase family protein
D: Esterase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9158
ポリマ－116,8234
非ポリマー924
水8,233457
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area33570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.145, 87.145, 453.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...
21(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...
31(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...
41(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEU(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA-1 - 421 - 44
12LEULEUTYRTYR(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA44 - 5546 - 57
13ARGARGILEILE(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA57 - 19959 - 201
14CYSCYSILEILE(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA201 - 221203 - 223
15VALVALLYSLYS(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA223 - 244225 - 246
16ALAALANANA(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA - E246 - 501248
21GLYGLYLEULEU(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB-1 - 421 - 44
22LEULEUTYRTYR(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB44 - 5546 - 57
23ARGARGILEILE(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB57 - 19959 - 201
24GLYGLYNANA(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB - F-1 - 5011
25VALVALLYSLYS(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB223 - 244225 - 246
26ALAALANANA(chain B and (resid -1 through 42 or resid 44...BB - F246 - 501248
31GLYGLYLEULEU(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC-1 - 421 - 44
32LEULEUTYRTYR(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC44 - 5546 - 57
33ARGARGILEILE(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC57 - 19959 - 201
34CYSCYSILEILE(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC201 - 221203 - 223
35VALVALLYSLYS(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC223 - 244225 - 246
36ALAALAASPASP(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CC246 - 253248 - 255
37NANANANA(chain C and (resid -1 through 42 or resid 44...CG501
41GLYGLYLEULEU(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD-1 - 421 - 44
42LEULEUTYRTYR(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD44 - 5546 - 57
43ARGARGILEILE(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD57 - 19959 - 201
44GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD-1 - 2531 - 255
45GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD-1 - 2531 - 255
46ALAALAASPASP(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DD246 - 253248 - 255
47NANANANA(chain D and (resid -1 through 42 or resid 44...DH501

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要素

#1: タンパク質
Esterase family protein / Putative esterase / Tributyrin esterase


分子量: 29205.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: EP54_00010, EQ90_02595, HMPREF3211_01237, NCTC10654_02801, NCTC10702_04070, RK64_00235
プラスミド: M1366 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6GS23, UniProt: Q2FUY3*PLUS, S-formylglutathione hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 uL ~8.5 mg/ml FphF (20 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.1 uL FphF crystal seeds (in 54.4% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 8% Polypropylene glycol P 400) and ...詳細: 0.2 uL ~8.5 mg/ml FphF (20 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.1 uL FphF crystal seeds (in 54.4% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 8% Polypropylene glycol P 400) and 0.2 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 2.8 M Sodium acetate. Crystals were soaked for ~20 seconds in 75% reservoir solution and 25% ethylenglycol prior to freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→49.16 Å / Num. obs: 112281 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.71-1.7427.23.15514484253320.5810.6053.2151.597.8
9.35-49.1619.60.0411763890010.0090.04255.299.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.28 Å49.16 Å
Translation7.28 Å49.16 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIXdev-3699精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4rgy

4rgy


解像度: 1.71→43.57 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 21.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 10223 4.89 %
Rwork0.1765 --
obs0.1777 112050 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.55 Å2 / Biso mean: 39.4965 Å2 / Biso min: 18.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→43.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8236 0 4 457 8697
Biso mean--42.36 45.11 -
残基数----1020
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4674X-RAY DIFFRACTION4.825TORSIONAL
12B4674X-RAY DIFFRACTION4.825TORSIONAL
13C4674X-RAY DIFFRACTION4.825TORSIONAL
14D4674X-RAY DIFFRACTION4.825TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.71-1.730.3423400.31646301664196
1.73-1.750.32193100.295767357045100
1.75-1.770.30853270.278266146941100
1.77-1.790.29013710.283166026973100
1.79-1.810.30773410.276366767017100
1.81-1.840.31073660.272365816947100
1.84-1.860.2763190.249566746993100
1.86-1.890.25963440.242366867030100
1.89-1.920.29822870.230866246911100
1.92-1.950.2713570.228166356992100
1.95-1.990.26072990.224467377036100
1.99-2.020.23093360.199766266962100
2.02-2.060.22143400.194866126952100
2.06-2.10.21513510.197565996950100
2.1-2.150.23093680.195566096977100
2.15-2.20.22443850.185666126997100
2.2-2.260.20473570.174266406997100
2.26-2.320.19783120.175466806992100
2.32-2.380.20263720.17865796951100
2.38-2.460.22013520.182366286980100
2.46-2.550.18543320.181166847016100
2.55-2.650.21933380.18266897027100
2.65-2.770.23142930.17766096902100
2.77-2.920.22213450.173167037048100
2.92-3.10.2023350.17366306965100
3.1-3.340.193650.169266487013100
3.34-3.680.1843500.151365936943100
3.68-4.210.16013170.142666676984100
4.21-5.30.14573640.13666156979100
5.3-43.570.18863500.175966456995100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1539-0.02010.3211.703-0.03554.1680.05260.0187-0.1106-0.0486-0.07650.04260.3901-0.08810.01810.1557-0.00160.01280.14510.02340.2059-35.0425.8893-10.2606
21.37981.99390.36447.07481.45254.34210.2732-0.4509-0.21141.0212-0.3098-0.31780.53280.29560.03160.38470.009-0.01690.32590.09150.2544-29.962620.2078.3058
33.30851.63190.04134.5264-2.20234.59530.1366-0.1212-0.4672-0.0694-0.195-0.25170.86050.23970.05620.43680.10120.01010.18620.02650.2834-25.807110.095-3.1294
42.19053.0258-3.08216.2939-3.23958.9664-0.0340.09490.0686-0.15420.29980.1287-0.025-0.2203-0.26540.11160.00920.0180.2087-0.00940.2133-21.247343.0305-9.7334
55.4703-0.9385-4.65675.59023.94459.20390.41740.51690.9709-0.45370.2674-0.6994-1.20221.3275-0.68530.4843-0.22650.05190.59990.05710.4476-10.80656.3316-23.044
62.0994-0.00470.13651.6527-0.2344.06140.0759-0.04250.14260.0148-0.0769-0.0724-0.45980.32240.00540.1776-0.04020.00110.1677-0.02010.1968-23.783651.4516-5.5295
77.68062.05582.53697.2287-1.51813.02370.0063-0.37870.25550.17690.0006-0.1879-0.75210.2424-0.01160.3719-0.07090.03660.2401-0.06380.1676-25.209458.24543.9707
84.55655.14571.1578.89623.00527.49390.2749-0.36090.27520.7476-0.38650.5201-0.0794-0.57690.11670.30850.00850.03910.3351-0.03080.2373-31.063951.176914.0685
99.38281.83782.69693.69431.67745.5973-0.2545-0.43920.53710.34040.13410.0824-1.2321-0.0280.1220.67360.02520.02730.2327-0.01710.2736-31.678365.7386.9807
108.54486.17686.88399.72643.63917.3141-0.3968-0.27341.0478-0.2017-0.24930.5-1.4919-0.30510.65180.67860.07320.08330.3391-0.08550.3198-33.772868.08182.6591
118.65779.0544-2.95539.4784-2.95585.08340.1245-0.05890.90860.1205-0.05750.3641-0.895-0.0086-0.06470.51420.0779-0.04420.2221-0.01550.3534-31.502163.6501-9.0459
120.94440.0102-0.79181.56650.52112.02180.02360.0840.03040.00610.0244-0.09330.01040.4603-0.05180.13650.03410.01020.36430.0340.2538-13.337138.6684-25.236
137.9755-1.01022.15022.9927-0.40793.40250.06871.084-0.518-0.40580.09990.28510.32220.3488-0.16340.32240.05210.06190.5532-0.00310.2963-13.889930.3145-39.8501
143.50920.5006-1.87462.1649-0.23913.6734-0.09080.2418-0.1763-0.2289-0.0353-0.14850.22490.41250.1230.24780.13110.02980.4635-0.02810.2743-6.34126.1453-37.9699
150.20140.15370.63011.5993-0.84653.2069-0.01950.03250.02450.00270.01920.055-0.072-0.21880.00480.12470.0492-0.01490.24550.01960.2368-41.55141.0266-26.7964
163.3873-1.2813-1.2493.20421.03253.39170.11920.57060.5356-0.44050.0614-0.4682-0.50710.0898-0.17560.34230.0557-0.02590.43290.0760.3625-39.225651.54-39.766
172.39140.03771.74572.37910.35425.2499-0.0330.21820.2158-0.3091-0.10010.0799-0.6352-0.38740.13330.32680.1288-0.02850.31870.06140.2718-46.908455.3567-38.3527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 133 )A-1 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 134 through 189 )A134 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 253 )A190 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 23 )B-1 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 24 through 39 )B24 - 39
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 121 )B40 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 122 through 149 )B122 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 150 through 189 )B150 - 189
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 190 through 220 )B190 - 220
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 221 through 235 )B221 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 236 through 253 )B236 - 253
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid -1 through 133 )C-1 - 133
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 134 through 162 )C134 - 162
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 163 through 253 )C163 - 253
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid -1 through 133 )D-1 - 133
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 134 through 162 )D134 - 162
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 163 through 253 )D163 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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