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万見
- PDB-6vgf: Peanut lectin complexed with divalent S-beta-D-thiogalactopyranos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vgf
タイトルPeanut lectin complexed with divalent S-beta-D-thiogalactopyranosyl beta-D-glucopyranoside derivative (diSTGD)
要素Galactose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-galactosylamides / Beta-thiogalactosides / Peanut agglutinin / Glycomimetics
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-WA3 / Galactose-binding lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Otero, L.H. / Primo, E.D. / Cagnoni, A.J. / Cano, M.E. / Klinke, S. / Goldbaum, F.A. / Uhrig, M.L.
資金援助 アルゼンチン, 2件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2015-0621 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2016-1425 アルゼンチン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of peanut lectin in the presence of synthetic beta-N- and beta-S-galactosides disclose evidence for the recognition of different glycomimetic ligands.
著者: Cagnoni, A.J. / Primo, E.D. / Klinke, S. / Cano, M.E. / Giordano, W. / Marino, K.V. / Kovensky, J. / Goldbaum, F.A. / Uhrig, M.L. / Otero, L.H.
履歴
登録2020年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose-binding lectin
B: Galactose-binding lectin
C: Galactose-binding lectin
D: Galactose-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,08516
ポリマ－100,8364
非ポリマー5,24912
水16,970942
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.059, 125.041, 126.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Galactose-binding lectin / Agglutinin / PNA


分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: P02872
#2: 化合物
ChemComp-WA3 / (2S,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-{[(2S,3R,4S,5S,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-({[(1-{[(2R,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-{[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-({4-[({[(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-{[(2S,3R,4S,5R,6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]sulfanyl}tetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}sulfanyl)methyl]-1H-1,2,3-triazol-1-yl}methyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}tetrahydro-2H-pyran-2-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methyl]sulfanyl}methyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl]sulfanyl}tetrahydro-2H-pyran-3,4,5-triol


分子量: 1217.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H68N6O27S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 942 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% (w/v) PEG 8000, 0.1M sodium citrate, 0.125M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BIMORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→48.74 Å / Num. obs: 107143 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5210 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.886 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PEL

2pel


解像度: 1.83→26.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.145 / SU Rfree Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 5304 4.95 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 107054 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.21 Å2 / Biso mean: 36.96 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.398 Å20 Å20 Å2
2--5.1958 Å20 Å2
3----7.5938 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→26.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6972 0 182 943 8097
Biso mean--60.87 41.91 -
残基数----928
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3476SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes176HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1108HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7716HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd16SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1112SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9316SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7716HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10788HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.63
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3709 470 6.02 %
Rwork0.3345 7331 -
all0.3367 7801 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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