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万見
- PDB-6vg5: DengueV-2 Capsid ST148 inhibitor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vg5
タイトルDengueV-2 Capsid ST148 inhibitor Complex
要素Capsid premembrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / Dengue / Capsid / Inhibitor / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #930 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #930 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Chem-QWY / Capsid premembrane protein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者White, M. / Xia, H. / Shi, P.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI142759 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI127744 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI136126 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145617 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A cocrystal structure of dengue capsid protein in complex of inhibitor.
著者: Xia, H. / Xie, X. / Zou, J. / Noble, C.G. / Russell, W.K. / Holthauzen, L.M.F. / Choi, K.H. / White, M.A. / Shi, P.Y.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid premembrane protein
B: Capsid premembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,27519
ポリマ－18,8012
非ポリマー1,47417
水97354
1
A: Capsid premembrane protein
B: Capsid premembrane protein
ヘテロ分子

A: Capsid premembrane protein
B: Capsid premembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,55038
ポリマ－37,6024
非ポリマー2,94834
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)40.400, 25.500, 68.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.550, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

NO3

21A-315-

HOH

31A-322-

HOH

41B-307-

HOH

51B-311-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Capsid premembrane protein


分子量: 9400.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D2BF61, UniProt: P07564*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-QWY / 3-amino-N-(5-phenyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)-6,7,8,9-tetrahydro-5H-cyclohepta[b]thieno[3,2-e]pyridine-2-carboxamide


分子量: 421.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N5OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 3.0 M NaNO3, 100 mM HEPES pH 6.8, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07812 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07812 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 21285 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 129277
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.535.80.8298150.6950.3690.910.70575.9
1.53-1.556.10.79810130.7220.3490.8730.71988.4
1.55-1.586.40.71810420.8480.3050.7820.7592.5
1.58-1.626.30.62810610.8740.2690.6840.77394.5
1.62-1.656.40.57410590.8860.2440.6250.79494.3
1.65-1.696.20.50510900.9160.2170.5510.82994.8
1.69-1.736.20.4310390.9310.1850.4690.86194.9
1.73-1.786.20.37811020.9420.1630.4130.90996.2
1.78-1.836.20.32510960.9580.140.3550.9695.7
1.83-1.896.20.27510590.9660.1190.3010.98195.3
1.89-1.9660.22210970.9770.0980.2431.05194.6
1.96-2.045.80.1569700.9880.070.1721.0687.2
2.04-2.136.10.12410710.9920.0540.1351.09392.7
2.13-2.246.40.10310990.9930.0440.1121.10897.4
2.24-2.386.30.08511080.9960.0370.0921.08396.9
2.38-2.566.20.07411140.9950.0330.0811.0696.9
2.56-2.8260.06511220.9960.0290.0721.06197
2.82-3.235.70.05110990.9960.0230.0560.91296.2
3.23-4.075.30.04110420.9970.020.0460.83488.3
4.07-505.80.04111870.9960.020.0460.80697.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.85 Å20.37 Å
Translation1.85 Å20.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1sfk

1sfk


解像度: 1.5→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.814 / SU ML: 0.047 / SU R Cruickshank DPI: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.086
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1937 973 4.8 %RANDOM
Rwork0.1454 ---
obs0.1478 19240 88.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.5 Å2 / Biso mean: 17.535 Å2 / Biso min: 6.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å2-0.07 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→40.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 126 54 1489
Biso mean--26.73 28.01 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6291.671949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.5833404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8475166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45215.97477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33515284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.071524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0191585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.019353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5851.525652
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5821.523651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1242.277813
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.10232954
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 36 -
Rwork0.165 743 -
all-779 -
obs--48.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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