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- PDB-6vg1: xenopus protocadherin 8.1 EC1-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vg1
タイトルxenopus protocadherin 8.1 EC1-6
要素protocadherin protein
キーワードCELL ADHESION / cadherin / hemophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / membrane => GO:0016020 / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protocadherin-8 / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / MGC84237 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Harrison, O.J. / Brasch, B. / Shapiro, L.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other privateR01MH114817 米国
Other privateR01GM118584 米国
Other privateMCB-1412472 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Family-wide Structural and Biophysical Analysis of Binding Interactions among Non-clustered δ-Protocadherins.
著者: Oliver J Harrison / Julia Brasch / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Alex J Noble / Hanbin Dan / Rosemary V Sampogna / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro /
要旨: Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the ...Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the molecular interactions underlying these functions, we used solution biophysics to characterize binding of δ1- and δ2-protocadherins, determined crystal structures of ectodomain complexes from each family, and assessed ectodomain assembly in reconstituted intermembrane junctions by cryoelectron tomography (cryo-ET). Homophilic trans (cell-cell) interactions were preferred for all δ-protocadherins, with additional weaker heterophilic interactions observed exclusively within each subfamily. As expected, δ1- and δ2-protocadherin trans dimers formed through antiparallel EC1-EC4 interfaces, like clustered protocadherins. However, no ectodomain-mediated cis (same-cell) interactions were detectable in solution; consistent with this, cryo-ET of reconstituted junctions revealed dense assemblies lacking the characteristic order observed for clustered protocadherins. Our results define non-clustered protocadherin binding properties and their structural basis, providing a foundation for interpreting their functional roles in neural patterning.
履歴
登録2020年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protocadherin protein
B: protocadherin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,29944
ポリマ－141,6702
非ポリマー3,62942
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, dimer by sedimentation equilibrium AUC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7840 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area71300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.645, 42.393, 167.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.603, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 protocadherin protein


分子量: 70834.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: pcdh8, MGC84237, XELAEV_18013229mg / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GLU2

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 174分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.135M nitrate-phosphate-sulfate mix (0.045M sodium phosphate dibasic dihydrate, 0.045M Ammonium sulfate, 0.045 M sodium nitrate; Molecular ...詳細: 10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.135M nitrate-phosphate-sulfate mix (0.045M sodium phosphate dibasic dihydrate, 0.045M Ammonium sulfate, 0.045 M sodium nitrate; Molecular Dimensions), 0.1M MES/imidazole buffer pH 6.5 with no further cryoprotection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 59475 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 23.21 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 5.28 / Num. unique obs: 6132 / CC1/2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VFQ, 6VFV

6vfq

6vfv


解像度: 2→38.27 Å / SU ML: 0.2979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.1337
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2972 1775 3.03 %random
Rwork0.253 ---
obs0.2544 59447 45.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 68.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9847 0 184 138 10169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005710178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.813813873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05021663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00521819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.05746203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2996260.31135X-RAY DIFFRACTION11.62
2.05-2.110.3863400.31751236X-RAY DIFFRACTION12.56
2.11-2.180.3291510.35321330X-RAY DIFFRACTION13.88
2.18-2.260.3917570.36791535X-RAY DIFFRACTION15.8
2.26-2.350.4229550.36511750X-RAY DIFFRACTION17.87
2.35-2.460.3572760.37412117X-RAY DIFFRACTION21.85
2.46-2.590.4209710.36512591X-RAY DIFFRACTION26.41
2.59-2.750.40881190.36153373X-RAY DIFFRACTION34.61
2.75-2.960.37841390.33184795X-RAY DIFFRACTION48.54
2.96-3.260.34322580.29418400X-RAY DIFFRACTION84.64
3.26-3.730.32412950.2499548X-RAY DIFFRACTION97
3.73-4.70.25163100.20089906X-RAY DIFFRACTION98.86
4.7-38.270.23143040.21489930X-RAY DIFFRACTION96.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53426530119-0.3347480810511.299971588980.181386931216-0.5808669588162.033114191830.01445425169010.205987151755-0.02939390415260.0100758567121-0.0988981669744-0.1179127610790.04138697185540.1917985511940.01962333550150.35582693708-0.165398178161-0.06056800394581.138141159660.2654027025580.401306248111226.52213294112.709071034574.1048220781
21.353042418810.2038073870240.9907301949070.311994228120.2281006351371.331758398180.00954931948558-0.276973781569-0.02050133591180.0681819293491-0.125595665151-0.0274911847222-0.0801280248379-0.1098625045820.09746276030370.2111121629090.02604310609090.0397483534636-0.0208808306454-0.009186543918390.115355857507154.4697097296.3964864503114.6585558116
31.417210370430.335545110240.6954519095190.2103528251320.2208341609920.4105546109480.0379936204564-0.234009540816-0.1849589849950.06532863163920.07147305796510.1020363542610.0440506461217-0.0898483375808-0.01728676044890.2458992433170.0131425676416-0.1223039119761.01144377252-0.008806709999960.55706031651672.1624717097-11.333817934-34.1987172526
40.3035037950550.007467895005710.2602597181460.3486113147980.01570792376340.492837649586-0.02421562499520.284498146493-0.140833368339-0.3276823582080.004460069337910.1241811572090.121137635004-0.0208411661457-0.03526597836020.53508520147-0.16680602045-0.13018278771.55674513602-0.01381259563570.81732307429541.0126776388-17.563612766-68.1413875114
50.848883830748-0.1976192451470.696230845050.343855415787-0.1427106397810.628689100425-0.272554707575-0.2726959188460.04758079728670.295326939480.03527217709420.0551824859544-0.238987604742-0.414532847768-0.07161223323990.7243713491090.54760617059-0.1342836573131.17015706342-0.2335666420980.36100737566126.11508109812.938840365318.4152594508
61.47823418711-0.2859076889861.469597090220.223073684377-0.2162139224521.66395916567-0.1027028916660.046075508437-0.0676678141178-0.1939120615440.02673274274360.000452057745154-0.105951410272-0.08726856912410.03973462614270.3426881014380.0256454573646-0.01854351583230.119857054887-0.04878258135760.334318528145180.5514615691.1683826596763.3945693473
71.40227206238-0.1052748205960.7737363707880.0574435599995-0.2872675121641.671233048950.089843293680.0826641559985-0.1191749903920.0805071821146-0.0880379805975-0.04091415179260.01859742221080.6374758954310.01262345380120.2153448310310.035980751218-0.04066625530090.268593607999-0.01102372997670.407171699902225.409598749-1.0296388758495.5900613459
81.97001891547-0.03515163436480.8019808280480.2423968346070.1110701114270.47443134031-0.0173690604152-0.194831655165-0.131290659990.078004711344-0.0296776289956-0.137751389747-0.032260461453-0.007004333418240.0007799093194760.359752543883-0.0313421027379-0.1495614062791.31713917530.2283811558940.799508666682270.411107125-13.7348707736111.039795174
90.189463046829-0.0915805335118-0.02015821702120.374165249385-0.1471119008150.6130381056010.0760766769954-0.195310097132-0.1103029138660.2852855275280.131343502824-0.1195409181060.136405829805-0.0520523106614-0.09197611005831.093894016240.0210251258299-0.2227180655011.775420624220.3429643342691.32005883414301.013259342-21.942662003144.033122274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:94
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 95:428
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 429:525
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 526:642
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 1:200
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 201:318
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 319:438
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 439:544
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 545:641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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