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- PDB-6vfy: Crystal structure of mouse acyl-CoA thioesterase 7 with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vfy
タイトルCrystal structure of mouse acyl-CoA thioesterase 7 with CoA
要素Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
キーワードHYDROLASE / Thioesterase / Coenzyme A
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / palmitoyl-CoA hydrolase / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / mitochondrial matrix / neuron projection / neuronal cell body ...long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / palmitoyl-CoA hydrolase / acyl-CoA metabolic process / fatty acyl-CoA hydrolase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / mitochondrial matrix / neuron projection / neuronal cell body / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Hotdog acyl-CoA thioesterase (ACOT)-type domain profile. / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / PHOSPHATE ION / Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Teakel, S.L. / Forwood, J.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of mouse acyl-CoA thioesterase 7 with CoA
著者: Teakel, S.L. / Forwood, J.K.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
E: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
F: Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4387
ポリマ－113,0403
非ポリマー2,3984
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9500 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area38730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.156, 135.331, 70.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and ((resid 58 and (name N or name...
21(chain E and ((resid 58 and (name N or name...
31(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEILEILE(chain D and ((resid 58 and (name N or name...DA5824
12ILEILECOACOA(chain D and ((resid 58 and (name N or name...DA - D58 - 40124
13ILEILECOACOA(chain D and ((resid 58 and (name N or name...DA - D58 - 40124
14ILEILECOACOA(chain D and ((resid 58 and (name N or name...DA - D58 - 40124
15ILEILECOACOA(chain D and ((resid 58 and (name N or name...DA - D58 - 40124
21ILEILEILEILE(chain E and ((resid 58 and (name N or name...EB5824
22ILEILECOACOA(chain E and ((resid 58 and (name N or name...EB - E58 - 40124
23ILEILECOACOA(chain E and ((resid 58 and (name N or name...EB - E58 - 40124
24ILEILECOACOA(chain E and ((resid 58 and (name N or name...EB - E58 - 40124
25ILEILECOACOA(chain E and ((resid 58 and (name N or name...EB - E58 - 40124
31ILEILEPROPRO(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC58 - 6624 - 32
32ASPASPASPASP(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC6733
33ILEILECOACOA(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC - F58 - 40124
34ILEILECOACOA(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC - F58 - 40124
35ILEILECOACOA(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC - F58 - 40124
36ILEILECOACOA(chain F and (resid 58 through 66 or (resid 67...FC - F58 - 40124

-
要素

#1: タンパク質 Cytosolic acyl coenzyme A thioester hydrolase / Acyl-CoA thioesterase 7 / Brain acyl-CoA hydrolase / BACH / CTE-IIa / CTE-II / Long chain acyl-CoA ...Acyl-CoA thioesterase 7 / Brain acyl-CoA hydrolase / BACH / CTE-IIa / CTE-II / Long chain acyl-CoA thioester hydrolase


分子量: 37680.117 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Acot7, Bach / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91V12, palmitoyl-CoA hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Ammonium citrate pH 7, 10% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.77 Å / Num. obs: 37634 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 269468 / Scaling rejects: 419
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.727.41.5213359245550.7150.5981.6361.399
9.01-29.777.10.04864769150.9980.0190.05230.697.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZV3

4zv3


解像度: 2.6→29.77 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 1939 5.16 %
Rwork0.2308 --
obs0.2327 37571 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.59 Å2 / Biso mean: 87.3461 Å2 / Biso min: 39.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6566 0 149 3 6718
Biso mean--82.09 64.88 -
残基数----910
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D2820X-RAY DIFFRACTION9.269TORSIONAL
12E2820X-RAY DIFFRACTION9.269TORSIONAL
13F2820X-RAY DIFFRACTION9.269TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6001-2.66510.44981270.3728251199
2.6651-2.73710.3261280.3373253799
2.7371-2.81760.35151300.324255699
2.8176-2.90850.40211350.3239252299
2.9085-3.01230.36721380.3119251899
3.0123-3.13280.34931440.2862252899
3.1328-3.27520.35761460.2854251599
3.2752-3.44770.31021440.27492541100
3.4477-3.66330.33951470.2636256499
3.6633-3.94560.30831400.24512534100
3.9456-4.34150.23431610.2072529100
4.3415-4.96720.21861470.17712561100
4.9672-6.24870.23471240.21342600100
6.2487-29.770.20011280.19562616100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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