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- PDB-6veb: Precorrin-2-bound S128A S. typhimurium siroheme synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6veb
タイトルPrecorrin-2-bound S128A S. typhimurium siroheme synthase
要素Siroheme synthase
キーワードTRANSFERASE / tetrapyrrole biosynthesis / CysG
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能
: / Sirohaem synthase / Sirohaem synthase, dimerisation domain / Sirohaem synthase, dimerisation domain superfamily / Sirohaem synthase dimerisation region / Sirohaem synthase, N-terminal / Siroheme synthase, central domain / Putative NAD(P)-binding / Sirohaem biosynthesis protein central / Uroporphyrin-III C-methyltransferase ...: / Sirohaem synthase / Sirohaem synthase, dimerisation domain / Sirohaem synthase, dimerisation domain superfamily / Sirohaem synthase dimerisation region / Sirohaem synthase, N-terminal / Siroheme synthase, central domain / Putative NAD(P)-binding / Sirohaem biosynthesis protein central / Uroporphyrin-III C-methyltransferase / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 2. / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 1. / Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Chem-PQ2 / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Siroheme synthase / Siroheme synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1149763 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.
履歴
登録2019年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Siroheme synthase
B: Siroheme synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,92613
ポリマ－100,3812
非ポリマー2,54511
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14830 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area34880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.682, 99.489, 146.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Siroheme synthase


分子量: 50190.500 Da / 分子数: 2 / 変異: S128A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica I (サルモネラ菌)
遺伝子: cobA, cysG, A4O23_22680, A4O45_23495, A5895_10260, ACK40_21915, AH543_24340, AL864_13490, B9C63_23695, CC394_23355, CC828_23245, CPY04_23335, CQF73_24090, CQH69_23770, CQM83_24035, CQM91_ ...遺伝子: cobA, cysG, A4O23_22680, A4O45_23495, A5895_10260, ACK40_21915, AH543_24340, AL864_13490, B9C63_23695, CC394_23355, CC828_23245, CPY04_23335, CQF73_24090, CQH69_23770, CQM83_24035, CQM91_23950, CWG97_04420, D4392_23335, D4408_24080, D4427_23490, D4428_23600, D4507_23395, D4515_23795, D4E09_23835, D4E59_23545, D4E64_23910, D4E70_23615, D4E75_22760, D4F17_23250, D4F20_23570, D4F29_23000, D4F49_23820, D4F54_21825, D4F87_23560, D4G07_23810, D4G50_23805, D4X67_23945, D4Y38_22995, D4Y42_23265, D4Y96_23470, D4Z75_23120, D5782_23070, D5836_24310, D5881_23125, D5A65_24210, D5B23_24060, D5C00_23760, D5C21_23840, D5O45_24060, D5O48_24255, D5P09_24125, D5P22_23765, D5P36_21245, D5P54_19825, D5P71_21870, D5Q05_23505, D5X20_22850, D5Y01_23010, D5Y08_23660, D6379_23290, D6429_21865, D6J55_23675, D6J74_23505, D6P41_23695, D6Q63_23855, D6R58_22975, D6R98_23865, D6S02_23370, D6S45_23570, D6S74_23640, D6S82_23760, D6T18_23595, D7N15_23195, D7N26_23945, D7N30_23525, D7N52_23575, D7O25_23820, D7O77_23450, D8Q64_21745, D8S35_24215, D8S62_23725, D8S66_24520, D9O71_23255, D9P12_23260, D9P13_23305, D9P51_22965, DFQ85_08280, DK030_07475, DK113_22975, DK687_23375, DKT04_23460, DKT40_22680, DKU65_22440, DKV20_24340, DL110_23435, DL115_21645, DL130_23925, DL146_23455, DL163_23880, DLB18_22580, DLB43_23490, DLC24_22825, DLF22_23220, DLF29_24400, DLF33_23155, DLF36_23470, DLM10_23710, DLM26_23890, DLQ73_23465, DLQ92_22925, DLR05_23380, DM006_23485, DM323_23285, DM367_24075, DM371_23830, DM705_23905, DMA96_24030, DMB04_23395, DML85_20570, DMM43_23865, DMO61_22925, DMO65_23235, DMV32_23255, DN092_21835, DN096_17090, DN123_18420, DN182_24420, DN282_24210, DN317_23660, DN319_23985, DN362_23995, DNI00_21425, DNI67_22410, DNI82_24175, DNJ17_23520, DNM80_24185, DNU17_23255, DNU67_23755, DNU84_23130, DNV04_23575, DNV18_24435, DNV28_23830, DNV55_23115, DNV59_23205, DNV93_24240, DNY86_24000, DNZ02_24100, DNZ29_23620, DO557_23340, DO565_23090, DO591_24015, DO596_23880, DO617_23890, DO630_23685, DO638_23100, DO681_24120, DO731_24105, DO981_16865, DOA55_23120, DOA87_24295, DOA98_24055, DOB00_23930, DOC25_23595, DOC31_12165, DOH04_23240, DOH41_23555, DOH63_23205, DOH69_23565, DOH81_23800, DOI78_23195, DOJ02_24430, DOJ11_19160, DOR51_23145, DOV77_22745, DOV78_22375, DOW52_23180, DOX30_23900, DP688_24205, DP693_23150, DP698_23535, DP703_24195, DP713_24390, DP736_24050, DP778_23450, DP800_23450, DP859_23875, DPA01_22585, DPA36_23285, DPB61_23630, DPD61_23230, DPE40_23250, DPE76_21335, DPE98_22330, DPP34_22980, DPP41_24295, DPP49_23850, DPP70_23140, DPS71_23220, DPT22_23580, DPT74_23805, DPU13_22980, DPY81_22995, DPZ65_20145, DQ076_23430, DQ082_23395, DQ880_23785, DQ933_23705, DQC12_20050, DQC81_21240, DQC88_22075, DQD11_23435, DQD59_15735, DQE08_19980, DQE20_22815, DQE42_23995, DQJ22_22855, DQK43_23325, DQQ27_23480, DQR39_23575, DQR74_22755, DQS55_23550, DQS89_23430, DQT21_24150, DQT40_20085, DQT67_24145, DQZ89_22730, DRA21_23780, DRA26_23910, DRA37_23360, DRD40_23755, DRD55_22850, DRE12_23690, DRE69_22130, DRE92_22615, DRK49_23400, DRL53_23670, DRL65_24040, DRL96_23465, DRM39_23520, DRM43_23115, DRT45_23760, DRT76_23250, DRU07_22490, DRV17_23930, DRV44_23300, DRY30_24240, DS168_23130, DS336_23415, DS372_23280, DS485_23475, DS493_23550, DS572_23890, DS605_22630, DS651_22985, DS666_23240, DS688_24580, DS708_23885, DSA90_23105, DSB20_24505, DSB26_23530, DSB29_23215, DSB36_23820, DSF03_22695, DSF23_12440, DSF57_23350, DSF93_23505, DSG69_23455, DSM73_23875, DSM81_23920, DSM96_23930, DSN18_23205, DSR78_24250, DSR92_21190, DSS12_22290, DSS37_23620, DSS62_22775, DSS75_23430, DSS77_24315, DST25_23085, DT168_23620, DTE69_22625, DTG45_23495, DTG68_22565, DTG80_23765, DTT99_19805, DTV63_23440, DTW19_23225, DU084_22390, DU129_23835, DU131_22825, DU159_23825, DU165_23925, DU205_24120, DU207_23795, DU257_24320, DU750_19160, DU762_23420, DU854_22090, DU873_23310, DU916_20895, DU947_24440, DUB79_23050, DUB80_23255, DUB82_23235, DUP91_23210, DUQ41_22935, DUQ55_23840, DUQ58_20775, DUR69_18130, DUR90_22210, DUU54_20070, DUU71_24500, DUU80_23985, DUU92_23505, DUV51_23775, DV01_23265, DVF71_23695, DVG21_22945, E5N87_17725, EBJ71_23145, EBJ89_23915, EBK43_23020, EBK48_23810, EBO89_23265, EBO94_22695, EBP12_23765, EC422_22620, EC429_22615, EC434_22830, EC491_23745, EC492_18880, ECA94_23540, ECD30_24635, ED477_23805, EDK87_23895, EDL36_23455, EDL46_24280, EEA59_23510, EEA93_23330, EER72_21930, EES08_23010, EF649_23005, EGM25_23675, EH130_23450, EHB46_23510, EHB61_21570, EHD20_23630, EIE60_23400, EIL32_22805, EIW55_23130, EIW93_23605, FD75_21980, PK95_22395, S639_25165
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A3U8X2F7, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase

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非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PQ2 / 3,3',3'',3'''-[(7S,8S,12S,13S)-3,8,13,17-tetrakis(carboxymethyl)-8,13-dimethyl-7,8,12,13,20,24-hexahydroporphyrin-2,7,1 2,18-tetrayl]tetrapropanoic acid / Precorrin-2


分子量: 864.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H48N4O16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME), microseeded

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.74 Å / Num. obs: 29098 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 39.77 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 / Num. unique obs: 17561 / CC1/2: 0.663

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PJQ

1pjq


解像度: 2.55→49.74 Å / SU ML: 0.3258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.4339
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1547 5.32 %
Rwork0.1644 --
obs0.1687 29094 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6989 0 113 207 7309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00887425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.124710098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05821148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00581319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.91126095
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.630.30511380.21382468X-RAY DIFFRACTION99.73
2.63-2.730.32921380.21312446X-RAY DIFFRACTION99.92
2.73-2.840.33621380.21122474X-RAY DIFFRACTION99.92
2.84-2.960.30771390.21652467X-RAY DIFFRACTION99.92
2.96-3.120.31551390.19372477X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.320.27291400.18352492X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.570.26211390.17032474X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.930.21851410.14112503X-RAY DIFFRACTION100
3.93-4.50.1941410.1232522X-RAY DIFFRACTION100
4.5-5.670.18911430.13392540X-RAY DIFFRACTION100
5.67-49.740.23341510.1662684X-RAY DIFFRACTION99.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.9518717231 Å / Origin y: -10.4295408637 Å / Origin z: 28.411776428 Å
111213212223313233
T0.222447760564 Å2-0.00233576640003 Å2-0.0469925694359 Å2-0.196883192574 Å2-0.019766391723 Å2--0.252746652939 Å2
L1.2906773934 °20.144664242341 °2-0.817812016181 °2-0.334916343355 °2-0.293958246487 °2--1.02303700244 °2
S0.00294322003366 Å °0.01471180445 Å °0.0895101774648 Å °-0.0433196837384 Å °0.00106736175422 Å °0.0109018893637 Å °0.0272689356876 Å °0.0371828038537 Å °0.00262737872028 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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