PDB-6vdr: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vdr

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Deuteroporphyrin IX and Substrate 4-bromophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / McGuire, A. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vdr.cif.gz	86.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vdr.ent.gz	62.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6vdr_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6vdr_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	6vdr_validation.xml.gz	3.2 KB	表示
CIF形式データ	6vdr_validation.cif.gz	7.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vd3C 6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdsC 6vdtC 6vduC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vds-1 3dr9-2 6onx-2 6vd6-1 6onr-1 6vd4-1 6onz-1 6ch6-1 6onr-2 6vdt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.401, 67.641, 67.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 138分子

#2: 化合物	ChemComp-FDE / FE(III) DEUTEROPORPHYRIN IX 分子量: 564.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₈FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BML / 4-BROMOPHENOL / 4-ブロモフェノ-ル分子量: 173.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅BrO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulphate MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→37.28 Å / Num. obs: 22564 / % possible obs: 97.56 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 32.7
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / Num. unique obs: 1224 / CC_1/2: 0.997

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.87→37.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 4.724 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	1153	5.11 %
R_work	0.2035	-	-
all	0.206	-	-
obs	-	21411	97.561 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.394 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.306 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.266 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2156	0	128	126	2410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.087	1.702	3805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.409	1.618	5777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.902	5	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.074	22.727	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.456	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.676	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.176	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	646
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.163	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.027	2.833	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.023	2.832	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.864	4.241	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.863	4.242	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.736	3.143	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.553	3.129	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.991	4.593	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.932	4.575	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.493	34.194	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.458	34.086	3447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.87-1.918	0.323	67	0.276	1224	X-RAY DIFFRACTION	78.1004
1.918-1.971	0.276	71	0.245	1390	X-RAY DIFFRACTION	90.8017
1.971-2.028	0.31	90	0.236	1478	X-RAY DIFFRACTION	97.6339
2.028-2.09	0.362	62	0.214	1488	X-RAY DIFFRACTION	99.4227
2.09-2.159	0.28	79	0.21	1425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.159-2.234	0.242	64	0.205	1395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.234-2.318	0.351	66	0.208	1357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.318-2.413	0.276	76	0.21	1263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.413-2.52	0.276	52	0.2	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.643	0.327	46	0.2	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.643-2.785	0.269	80	0.183	1111	X-RAY DIFFRACTION	100
2.785-2.953	0.248	47	0.172	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.953-3.156	0.241	67	0.206	990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.156-3.408	0.26	56	0.201	951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.408-3.731	0.224	60	0.194	859	X-RAY DIFFRACTION	100
3.731-4.169	0.204	37	0.181	809	X-RAY DIFFRACTION	100
4.169-4.808	0.214	48	0.19	705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.808-5.873	0.19	39	0.224	607	X-RAY DIFFRACTION	100
5.873-8.244	0.36	28	0.23	491	X-RAY DIFFRACTION	100
8.244-37.28	0.168	18	0.218	299	X-RAY DIFFRACTION	98.7539

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関連情報:EMDBヘッダ

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