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万見
- PDB-6vdj: Crystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vdj
タイトルCrystal structure of ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate and NADH4.
要素lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide Binding / Rossman Fold / Ancestral Reconstruction
機能・相同性L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-TXD
機能・相同性情報
生物種Apicomplexa sp. (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Theobald, D.L. / Wirth, J.D. / Classen, S. / Perlmutter, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM096053 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of Bifunctionality in an Ancestral Apicomplexan Malate/Lactate Dehydrogenase
著者: Theobald, D.L. / Wirth, J.D. / Classen, S. / Perlmutter, N.
履歴
登録2019年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lactate dehydrogenase
B: lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6715
ポリマ－71,8112
非ポリマー8603
水28816
1
A: lactate dehydrogenase
B: lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: lactate dehydrogenase
B: lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,34110
ポリマ－143,6224
非ポリマー1,7196
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area19280 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area42630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.695, 84.695, 196.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 lactate dehydrogenase


分子量: 35905.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ancestral apicomplexan lactate dehydrogenase with sulfate and NADH4 bound
由来: (組換発現) Apicomplexa sp. (真核生物) / プラスミド: pET24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TXD / 1,4,5,6-TETRAHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 667.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20mg/mL protein, 2mM NADH4; well solution: 9% v/v 2-Propanol, 1.4M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115866 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→48.79 Å / Num. obs: 146503 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 8.84 % / Biso Wilson estimate: 48.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 5.02
反射 シェル解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 2.94 % / Num. unique obs: 105617 / CC1/2: 0.009 / Rrim(I) all: 383.6 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PLG

4plg


解像度: 2→48.79 Å / SU ML: 0.3709 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.6369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 1451 1.37 %
Rwork0.2505 104360 -
obs0.2507 105811 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4752 0 54 16 4822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00574897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82166638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0507779
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.31161836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.56691560.564810481X-RAY DIFFRACTION99.39
2.07-2.150.5411420.509910414X-RAY DIFFRACTION99.32
2.15-2.250.35591380.437410377X-RAY DIFFRACTION99.24
2.25-2.370.4171440.380210408X-RAY DIFFRACTION99.42
2.37-2.520.38051480.351910435X-RAY DIFFRACTION99.4
2.52-2.710.33591450.308410442X-RAY DIFFRACTION99.53
2.71-2.990.32371400.295410429X-RAY DIFFRACTION99.58
2.99-3.420.33291470.274310430X-RAY DIFFRACTION99.57
3.42-4.310.23231520.207910479X-RAY DIFFRACTION99.82
4.31-48.790.1721390.178310465X-RAY DIFFRACTION99.91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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