[日本語] English
万見
- PDB-6vdf: Structure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vdf
タイトルStructure of the periplasmic domain of YejM from Salmonella typhimurium (twinned)
要素Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
キーワードHydrolase / Transport protein / YejM / membrane protein / phosphatase / cardiolipin
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfuric ester hydrolase activity / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / O-PHOSPHOETHANOLAMINE / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Gabale, U. / Ressl, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: The essential inner membrane protein YejM is a metalloenzyme.
著者: Gabale, U. / Pena Palomino, P.A. / Kim, H. / Chen, W. / Ressl, S.
履歴
登録2019年12月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
B: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
C: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
D: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,81715
ポリマ－164,6954
非ポリマー1,12111
水14,628812
1
A: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5805
ポリマ－41,1741
非ポリマー4064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2913
ポリマ－41,1741
非ポリマー1172
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3452
ポリマ－41,1741
非ポリマー1711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6015
ポリマ－41,1741
非ポリマー4274
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.948, 42.957, 181.209
Angle α, β, γ (deg.)94.280, 94.020, 111.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Periplasmic domain of the cardiolipin transporter protein YejM/PbgA / Cardiolipin transport protein PbgA / DUF3413 domain-containing protein / Membrane protein / Sulfatase


分子量: 41173.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: pbgA, yejM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5K1U4E1, UniProt: P40709*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 823分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PSE / O-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 171.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10NO5P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 9 % PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.001 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,h+k+l / Fraction: 0.45
反射解像度: 1.92→59.9 Å / Num. obs: 70265 / % possible obs: 77.15 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.92→1.989 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7619 / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 5489 / CC1/2: 0.191 / Rpim(I) all: 0.7579 / % possible all: 60.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VAT

6vat


解像度: 1.92→59.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 22.73 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 3304 5.21 %
Rwork0.2106 66953 -
obs0.22 70265 77.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.46 Å2 / Biso mean: 21.8525 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→59.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10872 0 117 812 11801
Biso mean--49.42 26.25 -
残基数----1372
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3152 144 -
Rwork0.2817 2379 -
all-2523 -
obs--52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4275-0.0518-0.00670.1187-0.00870.0792-0.0504-0.02520.00270.01490.06950.06610.009-0.0270.00280.04740.02940.00390.11690.02520.2234-10.8882-19.8645-4.7296
21.64940.06110.06640.2622-0.07190.5678-0.053-0.1221-0.19060.01990.07870.09950.0176-0.0632-0.01010.05040.00620.02730.1714-0.0040.2135-14.8249-21.59697.3546
31.85050.352-0.01941.95990.24132.0201-0.0743-0.03150.08070.01580.1007-0.169-0.23820.1832-0.01210.063-0.0092-0.01180.2321-0.01620.1106-1.3496-12.224310.6969
40.2591-0.12830.14340.25270.13020.3331-0.0140.0425-0.023-0.078-0.01850.007-0.0626-0.00180.02420.05440.03120.01340.11120.00340.2049-6.16-12.2052-13.6423
50.2258-0.08950.01210.1759-0.06440.21040.06530.0296-0.0548-0.0368-0.0512-0.01930.01850.0206-0.00710.08180.0395-0.0060.10910.00410.256210.054-6.5537-53.3326
62.83121.0446-0.44462.1711-0.54161.1411-0.0350.1482-0.3759-0.0105-0.0159-0.20180.16390.07950.04210.24120.0475-0.02070.0688-0.02860.175510.5218-3.6396-62.7076
70.68730.39750.05162.6370.28852.3980.09660.34040.2963-0.11510.0956-0.0484-0.0850.0418-0.14070.12720.0374-0.00630.13550.04880.189910.61566.1677-66.0464
80.4447-0.0414-0.00360.2036-0.13590.25080.0241-0.05250.00410.0487-0.0278-0.0126-0.0240.02590.02510.07260.0204-0.01510.091-0.01260.252514.62872.4572-41.7471
90.246-0.0401-0.05830.05650.03140.113-0.0217-0.05160.01390.01560.0601-0.0525-0.02180.00840.0020.07880.0601-0.01610.1286-0.00720.2593-0.872311.2403-90.7882
101.44370.9540.04290.813-0.62.16260.0324-0.2286-0.3042-0.03890.1103-0.11350.35710.0773-0.12050.11690.0571-0.01950.22190.01190.2449-9.6662-0.6558-79.6179
110.47750.0384-0.06220.0033-0.01260.68730.0207-0.03570.05130.0017-0.02640.01160.0949-0.0559-0.03050.08030.0592-0.00860.16110.00710.1663-9.66230.0553-92.1399
120.1767-0.1796-0.0360.25-0.10170.2977-0.0160.0089-0.0747-0.0510.0115-0.01080.0462-0.03640.03730.0690.034-0.00210.1083-0.01510.2516-6.67422.4339-106.5919
130.1084-0.02550.02780.0550.00540.07040.02250.02030.01490.0011-0.004-0.0172-0.0306-0.02810.0570.0360.05850.00310.0920.02150.223920.2198-5.9859-139.6785
140.9907-0.8503-0.21221.04030.03491.0060.03160.02750.159-0.0608-0.0414-0.0041-0.1051-0.00620.00370.0980.05590.01860.1170.03480.196419.4123-1.4325-152.2012
151.3864-0.03970.39311.57280.17961.61510.10780.1575-0.120.0466-0.08490.28010.0485-0.2642-0.00090.12620.07550.0330.1528-0.00980.197916.0186-17.3244-155.8292
160.52810.04410.08920.27370.0060.30170.0641-0.07620.04090.0564-0.01310.0494-0.0053-0.0732-0.03530.10620.05250.01050.11260.02450.18114.4589-12.9988-131.4531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 244 through 351 )A244 - 351
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 352 through 408 )A352 - 408
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 409 through 436 )A409 - 436
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 437 through 586 )A437 - 586
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 244 through 382 )B244 - 382
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 383 through 412 )B383 - 412
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 413 through 435 )B413 - 435
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 436 through 586 )B436 - 586
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 244 through 399 )C244 - 399
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 400 through 436 )C400 - 436
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 437 through 469 )C437 - 469
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 470 through 586 )C470 - 586
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 244 through 345 )D244 - 345
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 346 through 408 )D346 - 408
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 409 through 436 )D409 - 436
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 437 through 586 )D437 - 586

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る