PDB-6vd3: Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vd3

タイトル

Crystal Structure of Dehaloperoxidase B in Complex with cofactor Iron(III) Mesoporphyrin IX and Substrate 4-bromophenol

要素

Dehaloperoxidase B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme peroxidase / peroxygenase / heme cofactor / oxygen binding

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amphitrite ornata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Ghiladi, R.A. / de Serrano, V.S. / Malewschik, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Nonnative Heme Incorporation into Multifunctional Globin Increases Peroxygenase Activity an Order and Magnitude Compared to Native Enzyme
著者: McGuire, A.H. / Petit, A.R. / Kang, J. / Malewschik, T. / de Serrano, V. / Carey, L.M. / Ghiladi, R.A.

履歴

登録	2019年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin Item: _pdbx_reflns_twin.crystal_id / _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vd3.cif.gz	136.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vd3.ent.gz	105 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/6vd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vd4C 6vd5C 6vd6C 6vdrC 6vdsC 6vdtC 6vduC 6vdvC 6vdwC 6vdxC 6vdyC 3ixfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kmv-2 6onx-1 6vd6-1 3dr9-2 6vd4-2 6vdu-1 6onk-1 6vdv-1 6onx-2 3ord-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dehaloperoxidase B

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dehaloperoxidase B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.656, 67.432, 67.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Dehaloperoxidase B 分子量: 15414.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): Gold(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NAV7

-
非ポリマー , 5種, 165分子

#2: 化合物	ChemComp-MH0 / Mesoheme 分子量: 620.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₆FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BML / 4-BROMOPHENOL / 4-ブロモフェノ-ル分子量: 173.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅BrO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, MPEG 2000, 29-33%

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.627
pseudo-merohedral	1	1	-H, -L, -K	2	0.373

反射

解像度: 1.67→33.77 Å / Num. obs: 31197 / % possible obs: 94.53 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 28.6

反射シェル

解像度: 1.67→1.71 Å / Num. unique obs: 2039 / CC_1/2: 0.746

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IXF

3ixf

解像度: 1.67→33.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 2.579 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1884	1546	4.956 %
R_work	0.1683	-	-
all	0.169	-	-
obs	-	31197	94.531 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.225 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.455 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→33.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2155	0	120	157	2432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2842
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.648	3912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.583	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.478	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_1_deg	12.796	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.578	22.675	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	15.509	10	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.391	15	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.195	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.544	1.175	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.542	1.174	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.866	1.761	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.866	1.762	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.816	1.332	1502
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.804	1.327	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.253	1.977	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.234	1.969	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.077	14.446	3463
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.036	14.363	3449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.71	0.29	103	0.3	2039	X-RAY DIFFRACTION	88.6223
1.71-1.757	0.307	126	0.287	2098	X-RAY DIFFRACTION	95.6148
1.757-1.808	0.256	107	0.223	2074	X-RAY DIFFRACTION	95.3234
1.808-1.864	0.222	96	0.192	2031	X-RAY DIFFRACTION	96.594
1.864-1.925	0.208	123	0.196	1958	X-RAY DIFFRACTION	96.2535
1.925-1.992	0.192	114	0.169	1880	X-RAY DIFFRACTION	96.282
1.992-2.067	0.204	101	0.156	1826	X-RAY DIFFRACTION	95.9661
2.067-2.152	0.171	79	0.142	1781	X-RAY DIFFRACTION	95.9752
2.152-2.247	0.213	78	0.149	1711	X-RAY DIFFRACTION	95.0584
2.247-2.356	0.144	99	0.15	1604	X-RAY DIFFRACTION	96.1061
2.356-2.484	0.195	95	0.145	1512	X-RAY DIFFRACTION	94.5851
2.484-2.634	0.172	83	0.139	1451	X-RAY DIFFRACTION	95.0434
2.634-2.815	0.154	73	0.146	1393	X-RAY DIFFRACTION	95.6295
2.815-3.04	0.15	54	0.146	1279	X-RAY DIFFRACTION	94.1384
3.04-3.328	0.18	43	0.165	1193	X-RAY DIFFRACTION	94.4954
3.328-3.719	0.16	40	0.164	1085	X-RAY DIFFRACTION	93.75
3.719-4.29	0.195	38	0.144	952	X-RAY DIFFRACTION	92.093
4.29-5.244	0.216	38	0.165	794	X-RAY DIFFRACTION	91.3282
5.244-7.371	0.142	45	0.206	624	X-RAY DIFFRACTION	90.5277
7.371-33.77	0.196	11	0.231	366	X-RAY DIFFRACTION	85.4875

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5661	-0.3047	0.2504	0.1767	-0.0935	0.5151	-0.0249	-0.0034	-0.0162	0.0053	0.0073	-0.0045	-0.0019	-0.0283	0.0176	0.0856	-0.0023	0.0012	0.0522	0.0116	0.0669	-0.2637	-1.5635	-23.9519
2	1.0716	-1.3854	-0.944	1.8637	1.5817	2.8463	-0.1157	-0.0092	0.1818	0.1367	0.0634	-0.2223	0.0343	0.2385	0.0523	0.1079	0.008	-0.0293	0.0353	-0.0007	0.1327	16.0815	-4.6879	-15.3912
3	8.6631	4.0018	-1.766	2.4867	-1.8892	3.853	0.0227	-0.2063	0.224	0.0324	-0.1616	0.0455	0.0281	0.2282	0.1388	0.0801	0.0004	-0.0348	0.0486	-0.0292	0.0673	11.7934	-0.9556	-6.949
4	3.224	-0.4606	-0.0961	1.4338	0.3333	0.0776	-0.0417	-0.0438	0.0128	0.1194	0.0266	0.0571	0.0289	0.0064	0.0152	0.0832	-0.0021	0.0002	0.0493	0.0036	0.0577	5.2881	-10.5761	-9.5724
5	0.0103	-0.1431	0.1152	2.2448	-2.202	2.7916	-0.0021	0.0028	0.0024	0.0408	-0.0335	-0.0038	-0.0356	0.0271	0.0356	0.0799	-0.0021	0.0012	0.0512	0.004	0.0675	-0.309	3.893	-16.7513
6	1.4358	-0.0069	0.6408	0.0275	0.2321	2.4204	0.0276	-0.0374	0.0017	-0.0039	-0.0186	-0.0098	-0.0543	-0.1383	-0.0091	0.091	-0.0106	-0.0073	0.0404	0.0096	0.0676	4.9229	15.4277	-26.6627
7	2.5395	-1.9062	-0.6726	1.5109	-0.0104	3.4994	-0.0788	-0.076	0.0156	0.0841	0.0575	-0.0156	-0.0975	0.0577	0.0214	0.1143	-0.0466	-0.0183	0.0479	0.0033	0.0393	8.8834	13.6138	-11.77
8	3.5565	1.4639	1.7895	2.1274	1.7767	1.6118	-0.063	-0.043	0.0153	0.0379	0.0799	-0.0367	0.0137	0.0541	-0.0169	0.0946	0.0049	-0.0164	0.0402	0.0256	0.0768	15.4518	5.898	-19.1426
9	1.6141	0.575	0.2091	2.2165	2.1928	2.266	-0.0575	0.0462	-0.0812	0.0351	0.0358	-0.0019	0.0499	0.0535	0.0217	0.0961	0.0103	0.0176	0.0613	0.0141	0.0739	7.9344	-3.3716	-28.2048
10	2.3446	2.0185	1.2679	2.5646	1.2086	1.0253	0.0131	0.0917	-0.034	-0.0197	-0.0473	-0.0897	0.0315	0.0677	0.0342	0.0786	0.0076	0.0107	0.0401	-0.0042	0.0704	6.5842	3.15	-32.4037
11	1.5427	0.5661	1.3211	1.5399	-0.6873	2.9797	0.0414	0.0536	-0.0673	-0.0036	0.0158	-0.1779	0.0071	0.0794	-0.0572	0.0906	-0.0147	-0.0165	0.011	0.01	0.102	14.6166	15.015	-22.1041
12	0.3461	0.2104	-0.1194	0.5556	-0.2785	0.1488	-0.0415	-0.0276	-0.0298	0.0098	0.0141	-0.0628	-0.0116	-0.0243	0.0274	0.0895	0.0022	-0.0002	0.0542	0.0062	0.0677	-14.9932	7.4777	-15.7243
13	2.5344	1.4443	-2.3924	2.4895	0.0679	3.5663	0.014	0.0331	0.0261	-0.1263	-0.1281	0.2905	-0.1813	-0.2075	0.1141	0.1144	-0.0068	0.0147	0.0827	0.0502	0.1544	-31.2415	2.0682	-11.3296
14	1.1544	-0.5826	2.3806	3.5583	-0.8116	4.9569	0.0465	-0.067	-0.3042	0.0758	0.5847	0.1561	0.1322	-0.0799	-0.6312	0.1385	-0.0649	-0.0046	0.1459	0.0128	0.0808	-27.5477	-8.3706	-13.0304
15	1.5983	0.1332	-2.2073	0.6828	-0.7427	3.5154	-0.0327	-0.1356	-0.0874	-0.042	-0.0108	0.0861	0.0784	0.177	0.0435	0.0807	-0.0014	-0.0051	0.0537	0.0104	0.0571	-18.1635	-6.9762	-6.0611
16	1.1278	-0.6212	-0.0928	3.2329	-0.4663	1.3633	-0.0731	0.0729	-0.1229	-0.0564	0.0272	0.0966	0.0743	0.0517	0.0459	0.0815	0.0028	-0.0012	0.0467	0.0117	0.0613	-15.3084	-3.6969	-17.6587
17	0.8	-0.5813	0.4418	1.7058	-0.0779	0.2906	0.0178	0.0303	0.0168	-0.0031	-0.0211	-0.0326	0.0055	0.0164	0.0033	0.0877	0.0019	-0.0009	0.0553	0.0117	0.0571	-17.5567	10.2264	-29.0061
18	0.2435	0.3262	0.7354	2.1537	1.3989	2.3217	0.0941	-0.0227	-0.0713	0.0474	0.1413	-0.2198	0.233	-0.0316	-0.2354	0.1087	-0.003	-0.0601	0.0283	-0.0061	0.0916	-23.2264	1.3746	-32.6318
19	4.3892	-3.2366	-3.8292	3.4653	1.4427	5.1086	-0.1938	-0.0334	-0.2908	0.1329	-0.0199	0.2425	0.1659	0.0793	0.2137	0.1233	-0.0283	-0.0249	0.0099	0.0053	0.0934	-28.1875	-4.0256	-26.7463
20	3.0131	2.5225	1.5674	2.1354	1.4481	2.2392	0.0495	-0.0279	0.1096	0.0113	0.0005	0.079	0.0229	-0.0586	-0.05	0.1109	-0.0164	0.003	0.0675	0.0025	0.0383	-25.2197	9.916	-15.4194
21	2.6515	1.3003	2.2124	0.7546	0.8071	2.5096	0.0093	-0.0674	0.0902	0.0095	-0.0162	0.0705	0.0029	-0.0854	0.0069	0.0815	0.0039	0.0061	0.0511	-0.0117	0.0602	-22.2427	15.9036	-20.2172
22	1.0262	0.3794	1.801	0.4284	1.1222	3.8952	0.1012	-0.0683	0.0561	-0.0227	-0.0957	-0.0367	0.1136	-0.2229	-0.0055	0.1124	-0.0185	-0.0099	0.0659	0.0083	0.04	-30.5444	5.5279	-31.4054

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	27 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	34 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	38 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	49 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	70 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	84 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	91 - 99
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	A	100 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	A	112 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	A	129 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	B	1 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	13	ALL	B	27 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	ALL	B	32 - 39
15	X-RAY DIFFRACTION	15	ALL	B	40 - 50
16	X-RAY DIFFRACTION	16	ALL	B	51 - 60
17	X-RAY DIFFRACTION	17	ALL	B	61 - 77
18	X-RAY DIFFRACTION	18	ALL	B	78 - 86
19	X-RAY DIFFRACTION	19	ALL	B	87 - 94
20	X-RAY DIFFRACTION	20	ALL	B	95 - 111
21	X-RAY DIFFRACTION	21	ALL	B	112 - 128
22	X-RAY DIFFRACTION	22	ALL	B	129 - 137

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 165分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 165分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 165分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)