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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vct | |||||||||
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タイトル | Mucor circinelloides FKBP12 protein bound with APX879 in C2221 space group | |||||||||
![]() | Peptidylprolyl isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / FK506-binding protein 1A / FKBP12 / FK506 | |||||||||
機能・相同性 | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Chem-R27 / peptidylprolyl isomerase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gobeil, S. / Spicer, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Leveraging Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Structures, Biophysical Data, and Dynamics To Design Selective and Nonimmunosuppressive FK506 Analogs. 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. #1: ![]() タイトル: Designing Selective and Non-Immunosuppressive Antifungal FK506 Analogs: Structures, Biophysics and Dynamics of Fungal and Human Calcineurin-Inhibitor Complexes 著者: Gobeil, S.M. / Bobay, B.G. / Juvvadi, P.R. / Cole, D.C. / Heitman, J. / Steinbach, W.J. / Venters, R.A. / Spicer, L.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 372.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6vcuC ![]() 6vcvC ![]() 6vrxC ![]() 5huaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12095.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-R27 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1600mM Sodium Citrate Tribasic |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 7938 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 17.55 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.08 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 56.9 / Net I/σ(I): 56.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 19.1 / Num. unique obs: 385 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.176 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5HUA 解像度: 1.94→32.81 Å / SU ML: 0.1546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.0015 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→32.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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