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- PDB-6vch: Crystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vch
タイトルCrystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage dioxygenase in complex with 3-hydroxy-beta-apo-14'-carotenal
要素carotenoid cleavage dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron enzyme / carotenoid / apocarotenoid / mononuclear iron / beta propeller / RPE65 / dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / retinal metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-QVM / Putative dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Nitrosotalea devanaterra (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Daruwalla, A. / Shi, W. / Kiser, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY009339 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for carotenoid cleavage by an archaeal carotenoid dioxygenase.
著者: Daruwalla, A. / Zhang, J. / Lee, H.J. / Khadka, N. / Farquhar, E.R. / Shi, W. / von Lintig, J. / Kiser, P.D.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: carotenoid cleavage dioxygenase
B: carotenoid cleavage dioxygenase
C: carotenoid cleavage dioxygenase
D: carotenoid cleavage dioxygenase
E: carotenoid cleavage dioxygenase
F: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,06720
ポリマ－323,2916
非ポリマー1,77614
水7,981443
1
A: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3034
ポリマ－53,8821
非ポリマー4213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2904
ポリマ－53,8821
非ポリマー4083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2904
ポリマ－53,8821
非ポリマー4083
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2673
ポリマ－53,8821
非ポリマー3852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9763
ポリマ－53,8821
非ポリマー942
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: carotenoid cleavage dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9412
ポリマ－53,8821
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.250, 107.250, 490.238
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA7 - 4727 - 472
21ASNASNBB7 - 4727 - 472
12ASNASNAA7 - 4727 - 472
22ASNASNCC7 - 4727 - 472
13ASNASNAA7 - 4727 - 472
23ASNASNDD7 - 4727 - 472
14ASNASNAA7 - 4727 - 472
24ASNASNEE7 - 4727 - 472
15GLNGLNAA10 - 47210 - 472
25GLNGLNFF10 - 47210 - 472
16ASNASNBB7 - 4727 - 472
26ASNASNCC7 - 4727 - 472
17ASNASNBB7 - 4727 - 472
27ASNASNDD7 - 4727 - 472
18ASNASNBB7 - 4727 - 472
28ASNASNEE7 - 4727 - 472
19GLNGLNBB10 - 47210 - 472
29GLNGLNFF10 - 47210 - 472
110ASNASNCC7 - 4727 - 472
210ASNASNDD7 - 4727 - 472
111ASNASNCC7 - 4727 - 472
211ASNASNEE7 - 4727 - 472
112GLNGLNCC10 - 47210 - 472
212GLNGLNFF10 - 47210 - 472
113ASNASNDD7 - 4727 - 472
213ASNASNEE7 - 4727 - 472
114GLNGLNDD10 - 47210 - 472
214GLNGLNFF10 - 47210 - 472
115GLNGLNEE10 - 47210 - 472
215GLNGLNFF10 - 47210 - 472

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
carotenoid cleavage dioxygenase


分子量: 53881.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Nitrosotalea devanaterra (古細菌)
遺伝子: NDEV_1113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A128A3G4

-
非ポリマー , 5種, 457分子

#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-QVM / (2E,4E,6E,8E,10E)-11-[(4R)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-5,9-dimethylundeca-2,4,6,8,10-pentaenal / (3R)-3-ヒドロキシ-14′-アポ-β,ψ-カロテン-14′-ア-ル


分子量: 326.472 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % / 解説: rod
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% Sokalan PA 25 CL 0.1 M Mes-NaOH pH 6 0.1 M NaCl 13% Xylitol 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979356 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979356 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 131487 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 62 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.83
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 2.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 21124 / CC1/2: 0.442 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6VCG

6vcg


解像度: 2.35→49.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 26.449 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 6518 5 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.214 124967 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 223.59 Å2 / Biso mean: 76.413 Å2 / Biso min: 34.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21250 0 106 443 21799
Biso mean--76.67 59.03 -
残基数----2672
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01321953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01719722
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2971.64429768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1381.5845689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0652658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.31123.1761143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.434153496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1031590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.22878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0224838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024824
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A148070.07
12B148070.07
21A147690.06
22C147690.06
31A149640.04
32D149640.04
41A135600.06
42E135600.06
51A133450.05
52F133450.05
61B150900.03
62C150900.03
71B147830.06
72D147830.06
81B136910.04
82E136910.04
91B133480.05
92F133480.05
101C147270.06
102D147270.06
111C136100.04
112E136100.04
121C133010.04
122F133010.04
131D135570.06
132E135570.06
141D132880.05
142F132880.05
151E133080.04
152F133080.04
LS精密化 シェル解像度: 2.351→2.412 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 473 -
Rwork0.36 9079 -
all-9552 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.07370.4286-0.0723.0517-0.78293.1117-0.0644-0.1851-0.06280.56070.08810.062-0.75830.3118-0.02380.3569-0.08520.06940.0813-0.02680.127516.01624.79921.701
21.83890.2262-0.09392.8066-0.00473.61370.0515-0.08250.05640.22680.01270.05650.9750.524-0.06420.4090.1811-0.05270.0921-0.02450.017460.22561.54922.981
31.58960.20920.39782.5094-0.39463.5279-0.03010.22870.1448-0.37390.0733-0.043-0.50930.4804-0.04320.4091-0.22020.04890.1662-0.01420.121315.37229.866-20.656
42.0374-0.14890.62532.28690.16883.4535-0.17720.4212-0.0716-0.41820.1998-0.13280.60140.8203-0.02260.50190.0565-0.03240.3091-0.04470.046963.2565.67-19.046
53.3530.11810.75685.1155-0.66044.4542-0.1688-0.1114-0.1993-0.51280.20930.7837-0.1914-1.4624-0.04050.28920.1915-0.08040.65870.05220.372570.8534.80722.407
63.80891.1785-0.42545.5957-0.35932.93540.27350.05820.6621.0452-0.31671.2598-0.4214-0.96290.04330.6582-0.00010.23710.6191-0.14070.536371.8326.77-21.604
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 472
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1A604
4X-RAY DIFFRACTION2B7 - 472
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 503
6X-RAY DIFFRACTION2B601 - 687
7X-RAY DIFFRACTION3C7 - 472
8X-RAY DIFFRACTION3C501 - 503
9X-RAY DIFFRACTION3C604
10X-RAY DIFFRACTION4D7 - 472
11X-RAY DIFFRACTION4D501 - 502
12X-RAY DIFFRACTION4D605
13X-RAY DIFFRACTION5E7 - 472
14X-RAY DIFFRACTION5E501 - 502
15X-RAY DIFFRACTION5E605
16X-RAY DIFFRACTION6F10 - 472
17X-RAY DIFFRACTION6F1000
18X-RAY DIFFRACTION6F1113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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