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- PDB-6vbx: Crystal structure of Mcl-1 in complex with 138E12 peptide, Lys-co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbx
タイトルCrystal structure of Mcl-1 in complex with 138E12 peptide, Lys-covalent antagonist
要素
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
  • Synthetic peptide
キーワードAPOPTOSIS / MCL-1 / 138E12 peptide / Lys-covalent antagonists
機能・相同性
機能・相同性情報


BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis ...BIM-BCL-xl complex / BIM-BCL-2 complex / regulation of developmental pigmentation / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / developmental pigmentation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / ear development / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / meiosis I / mammary gland development / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / cell fate determination / tube formation / positive regulation of T cell apoptotic process / regulation of organ growth / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / cellular response to glucocorticoid stimulus / myeloid cell homeostasis / FOXO-mediated transcription of cell death genes / BH domain binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / NRAGE signals death through JNK / thymocyte apoptotic process / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / T cell homeostasis / BH3 domain binding / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / B cell homeostasis / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / endomembrane system / positive regulation of cell cycle / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / FLT3 Signaling / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of autophagy / cell-matrix adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / post-embryonic development / thymus development / response to cytokine / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / : / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / spermatogenesis / microtubule binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site ...Apoptosis, Bim N-terminal / Bcl-2-like protein 11 / : / Bim protein N-terminus / Bcl-x interacting, BH3 domain / Bcl-x interacting, BH3 domain / Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 11 / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pellecchia, M. / Perry, J.J. / Kenjic, N. / Assar, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA168517 米国
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis, and Structural Characterization of Lysine Covalent BH3 Peptides Targeting Mcl-1.
著者: Gambini, L. / Udompholkul, P. / Baggio, C. / Muralidharan, A. / Kenjic, N. / Assar, Z. / Perry, J.J.P. / Pellecchia, M.
#1: ジャーナル: Meth. Enzymol. / 年: 1997
タイトル: Processing of X-ray diffraction data collected in oscillation mode.
著者: Otwinowski, Z. / Minor, W.
#2: ジャーナル: J Appl Crystallogr / 年: 2007
タイトル: Phaser crystallographic software.
著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Adams, P.D. / Winn, M.D. / Storoni, L.C. / Read, R.J.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2004
タイトル: REFMAC5 dictionary: organization of prior chemical knowledge and guidelines for its use.
著者: Vagin, A.A. / Steiner, R.A. / Lebedev, A.A. / Potterton, L. / McNicholas, S. / Long, F. / Murshudov, G.N.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Coot: model-building tools for molecular graphics.
著者: Paul Emsley / Kevin Cowtan /
要旨: CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality ...CCP4mg is a project that aims to provide a general-purpose tool for structural biologists, providing tools for X-ray structure solution, structure comparison and analysis, and publication-quality graphics. The map-fitting tools are available as a stand-alone package, distributed as 'Coot'.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Synthetic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6552
ポリマ－19,6552
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8440 Å2
手法PISA
2
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Synthetic peptide

A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Synthetic peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3114
ポリマ－39,3114
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.607, 54.607, 97.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17850.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide


分子量: 1805.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a chemically synthesized peptide with unnatural ligand (see ligand section) on the N-terminal end. Ligands is covalently attached to Lys234 of chain A.
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: O43521*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M Potassium Thiocyanate, 0.1M Sodium Acetate:HCL pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→34.001 Å / Num. obs: 12721 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 32.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.955→2.025 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1235 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NL9

2nl9


解像度: 1.95→34 Å / SU ML: 0.2912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0423
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 601 4.72 %
Rwork0.2503 12120 -
obs0.2518 12721 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1234 0 21 44 1299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00671273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80691708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0004753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.150.35431340.27422992X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.460.32821320.27352965X-RAY DIFFRACTION99.2
2.46-3.10.31211340.26933038X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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