PDB-6vbk: Crystal structure of N-terminal domain of Mycobacterium tuberculo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vbk

タイトル

Crystal structure of N-terminal domain of Mycobacterium tuberculosis complex Lon protease

要素

Lon211

キーワード

HYDROLASE / Lon protease

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bi, F.K. / Chen, C. / Chen, X.Y. / Guo, C.Y. / Lin, D.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the N domain of Lon protease from Mycobacterium avium complex.
著者: Chen, X. / Zhang, S. / Bi, F. / Guo, C. / Feng, L. / Wang, H. / Yao, H. / Lin, D.

#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.

#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...

履歴

登録	2019年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6vbk.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6vbk.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6vbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ihgSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j4z-d 4knv-d 2ofv-d 2qm2-2 2y4p-1 4zsa-d 3kew-d 1teh-d 5d7g-1 3js2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lon211

B: Lon211

ヘテロ分子

45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lon211

ヘテロ分子

B: Lon211

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
45.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.344, 77.454, 53.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.257, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Lon211 分子量: 22496.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: PEG 6000, Citric acid / PH範囲: 4.6-4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.997→50 Å / Num. obs: 27491 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.79 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 1344
反射シェル	解像度: 1.997→2.069 Å / Num. unique obs: 2622 / CC_1/2: 0.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PHENIX		モデル構築
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IHG

6ihg

解像度: 2→43.83 Å / SU ML: 0.2836 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.3195

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	1390	5.06 %
R_work	0.2022	-	-
obs	0.2042	27489	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3117	0	6	230	3353

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	3169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7968	4319
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	514
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	569
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2756	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.07	0.3492	107	0.302	2495	X-RAY DIFFRACTION	95.17
2.07-2.15	0.3195	122	0.2732	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.15-2.25	0.2931	125	0.2646	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.25-2.37	0.315	145	0.2665	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.37-2.52	0.3068	138	0.2622	2583	X-RAY DIFFRACTION	97.91
2.52-2.71	0.3207	152	0.2452	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.71-2.98	0.2816	151	0.2432	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.98-3.41	0.2589	157	0.2111	2575	X-RAY DIFFRACTION	98.52
3.41-4.3	0.2022	139	0.1804	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.3-5.43	0.2087	154	0.17	2640	X-RAY DIFFRACTION	98.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.65728343427	-1.30470170941	0.73694764999	0.687577817283	-0.954361305821	1.82406397947	-0.167585428027	0.531365650205	0.439539737067	-0.310418531303	0.0727472714	-0.59159316161	-0.569618709365	0.374863959461	0.535121059923	0.537005981309	-0.106840427162	0.0698828259747	0.583621198314	-0.177820826288	0.779378292221	-0.791418190161	16.7765740465	-24.8161864956
2	5.63177904772	-1.11535972355	-3.78980703076	5.0097078906	-1.01855214511	3.27257385155	-0.320704642114	-0.458840066339	-0.326394537591	0.217095715106	-0.192643283522	-0.97276723089	0.636914260255	0.36413121339	0.277467676525	0.544795760501	0.0136256348184	0.0113921584278	0.485390513902	-0.0822648820409	0.683550560733	-3.9203733492	4.50318898648	-21.9239211768
3	2.44204364781	-1.40773128592	-0.0237047282259	2.56589642532	0.102376899432	2.44967435776	0.0681391246726	0.353810918822	-0.0218494230409	-0.203716134851	0.0186740806925	-0.241172816207	-0.318879725689	0.0255558488099	-0.122300020029	0.399217546155	-0.0192590301892	-0.00382827333665	0.375680830037	-0.0948851238412	0.371512481274	-17.9804766605	17.312224475	-26.0541484757
4	1.24475462431	0.0660974311939	-0.0361762601187	-0.0344528085285	0.245212812839	4.15646534779	-0.365366948297	0.0962218300396	0.139234749523	0.106309558326	-0.110757703536	-0.0623835472364	0.381688468145	0.203874575348	0.498117188495	0.496172508647	0.0583428601844	0.0156515177058	0.37094976276	-0.000344208630068	0.573227505845	-36.9444018753	29.3617263519	7.67790723244
5	4.39204859777	-1.074106141	-0.172582299341	3.64864546332	1.695252406	4.19752694944	-0.703881257967	-0.110562832032	-0.0831486100008	-0.11269535114	-0.164145128436	1.43754907044	0.533748792701	-1.62900437416	0.620487851749	0.442431710012	-0.0385523053388	-0.0309802569712	0.617387756783	-0.200318243853	0.568069120511	-49.4409585781	24.1121054891	-7.21513705612
6	0.161108370297	-0.213866488589	0.140184835366	8.7441051162	-2.75888972146	0.997171933364	0.417003145565	0.25300156458	1.07118779882	0.0924620499984	0.417685628631	0.0578544840994	-2.04872154253	-0.849435742444	-0.868371394313	1.30850477394	0.158718177495	0.269092806383	0.869818685025	0.12825501745	0.784363625342	-45.2419772015	42.7252553738	-9.8743031882
7	6.3625735855	-2.35468549276	2.42309328483	9.40024564944	-6.62557052147	4.77431265488	-0.34354093689	-1.51134133422	-1.28049826017	0.959045505434	-0.393619796355	0.0850842959062	0.219505061235	-0.472026105728	0.900228896979	0.92336459106	-0.0341390779976	0.230785239657	0.898909739455	0.035867829782	0.57335897814	-44.2256883639	19.3719159885	5.14910747311
8	5.25384294517	-1.60738133428	-0.825205703697	3.80675166712	1.31632672834	2.97691279893	-0.478968372223	-0.823029151716	0.170799293636	0.406832160876	0.12276491601	0.375550353512	-0.156363140719	0.0470856673764	0.300826771201	0.472716810272	0.0569995190785	0.0084248741257	0.603296623942	-0.0326530470247	0.39038875517	-40.5803627614	26.5046494892	-1.12928782573
9	5.16651302441	-2.93123304525	0.412325212463	6.17794894743	0.585953265658	4.61153947864	-0.688396840238	-0.958716811944	-0.464027088749	0.947611958535	0.899859969212	-0.544945930103	0.184416047622	0.679596627051	-0.0991495345022	0.482110328362	0.161791864982	0.0120774872274	0.543595557061	0.0180685114984	0.498864280237	-20.5972930568	13.3384847729	-5.50720615384
10	2.86356450928	-2.24030673408	-0.663926476577	3.19239899908	-0.539261828641	0.964126057455	-1.07577117248	-1.59190138662	-0.615187014189	1.67065960392	1.02486405569	0.152178741599	0.108535648263	-0.0949969282416	0.121834554122	1.13889254209	0.399942240623	0.363505769048	1.05849161024	0.457685662599	0.73662475741	-32.2844144274	12.476112914	4.40230719309
11	4.36788792694	-2.83655358265	-0.510300409456	4.83920000606	1.01435694999	3.29513206874	-0.749898314477	-1.86227188773	-1.02122060788	2.07467589079	0.703020253134	-0.112912950877	0.278048232002	-0.0685067597992	0.00177197440106	1.08674229524	0.421168554793	0.0933801450718	1.05701478699	0.427529525333	0.787683611432	-23.2169819434	9.67567162321	5.01351086412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 70 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 71 through 212 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 29 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 64 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 65 through 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 79 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 133 through 177 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 178 through 194 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 195 through 210 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)