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- PDB-6vbg: Lactose permease complex with thiodigalactoside and nanobody 9043 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbg
タイトルLactose permease complex with thiodigalactoside and nanobody 9043
要素
  • Galactoside permease
  • nanobody 9043
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Major Facilitator Superfamily / symport / alternate access conformation change / nanobody binding
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose:proton symporter activity / lactose transport / cytidine transmembrane transporter activity / carbohydrate:proton symporter activity / uridine transmembrane transporter activity / lactose binding / : / carbohydrate transport / membrane => GO:0016020 / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LacY/RafB permease family / LacY/RafB permease family, conserved site / LacY proton/sugar symporter / LacY family proton/sugar symporters signature 1. / LacY family proton/sugar symporters signature 2. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactoside permease / Lactose permease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kumar, H. / Stroud, R.M. / Kaback, H.R. / Finer-Moore, J. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Pardon, E. / Steyart, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)120043 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1747705 米国
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: Diversity in kinetics correlated with structure in nano body-stabilized LacY.
著者: Kumar, H. / Finer-Moore, J. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of a ligand-bound LacY-Nanobody Complex.
著者: Kumar, H. / Finer-Moore, J.S. / Jiang, X. / Smirnova, I. / Kasho, V. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Kaback, H.R. / Stroud, R.M.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galactoside permease
C: nanobody 9043
B: Galactoside permease
D: nanobody 9043
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,95715
ポリマ－120,4824
非ポリマー3,47411
水362
1
A: Galactoside permease
C: nanobody 9043
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8257
ポリマ－60,2412
非ポリマー1,5845
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactoside permease
D: nanobody 9043
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1318
ポリマ－60,2412
非ポリマー1,8906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.270, 151.270, 182.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
34
44
54
64
74
84
94

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain 'A'A1 - 188
121chain 'A'A203 - 408
211(chain 'B' and (resid 1 through 189 or resid 203 through 409))B1 - 188
221(chain 'B' and (resid 1 through 189 or resid 203 through 409))B203 - 408
112(chain 'C' and resid 1 through 117)C1 - 116
212chain 'D'D1 - 116
114chain 'G'G501
214chain 'H'H601
314chain 'I'I701
414chain 'J'J801
514chain 'K'K901
614chain 'L'L501
714chain 'M'M601
814chain 'N'N701
914chain 'O'O801

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Galactoside permease / Lactose permease / Lactose permease (Lactose-proton symport) / Lactose-proton symport / MFS ...Lactose permease / Lactose permease (Lactose-proton symport) / Lactose-proton symport / MFS transporter / NorA_1_M97169


分子量: 46789.207 Da / 分子数: 2 / 変異: G46W, G262W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: lacY, lacY_1, lacY_2, lacY_3, A6V01_11495, A8C65_20655, A8M42_15285, ACN68_10080, ACN81_29445, ACU57_18760, AJ318_07830, AKG99_15095, AM270_02570, AM464_18655, AMK83_26120, AML07_16950, ...遺伝子: lacY, lacY_1, lacY_2, lacY_3, A6V01_11495, A8C65_20655, A8M42_15285, ACN68_10080, ACN81_29445, ACU57_18760, AJ318_07830, AKG99_15095, AM270_02570, AM464_18655, AMK83_26120, AML07_16950, AML35_24485, APU18_15875, APZ14_02895, AUQ13_18775, AUS26_08045, AW059_14270, AW106_12030, AWF59_002435, AWG78_006090, AZZ83_000123, B9M99_04475, B9T59_06225, BANRA_00777, BB545_15300, BHF46_20715, BIQ87_01935, BIU72_03550, BK373_01540, BK375_21010, BMT49_03020, BMT91_19335, BOH76_22050, BON66_09310, BON69_11830, BON71_09435, BON92_03420, BON94_14610, BON95_06740, BON96_22525, BUE81_15270, BvCms12BK_03300, BvCms2454_01726, BvCms28BK_00743, BvCmsA75A_04728, BvCmsHHP001_01494, BvCmsHHP019_04502, BvCmsHHP056_04283, BvCmsKKNP011_04619, BvCmsKKP036_04325, BvCmsKSNP019_03228, BvCmsKSNP120_04320, BvCmsKSP015_03661, BvCmsKSP026_02739, BvCmsKSP058_04814, BvCmsKSP083_00737, BvCmsNSNP036_04122, BvCmsNSP006_03638, BvCmsNSP007_00895, BvCmsNSP072_03352, BvCmsSINP011_04898, BvCmsSINP012_01842, BvCmsSIP019_03585, BvCmsSIP044_04786, BVL39_01120, BW690_22770, BWI87_08790, BWI89_12765, BXT93_23905, BZL31_08595, BZL69_13855, C2U48_08360, C3449_08540, C4K41_08290, C5715_13825, C5N07_24640, C5P44_12945, C6669_02995, C6B13_09720, C7235_19125, C7B02_04785, C7B06_24440, C7B07_24140, C7B08_05950, C9025_05365, C9063_01880, C9077_04180, C9078_02330, C9083_15570, C9212_10665, C9E25_04820, C9Y80_12290, C9Y91_05615, C9Y95_06770, C9Z87_09505, CA593_01420, CDL37_09235, CI694_24695, COD30_12260, CQP61_21130, CRD98_01430, CRT46_01825, CSB64_04040, CT143_18850, CT146_24550, CV83915_01231, CWS33_24300, D1912_21130, D2183_00410, D2188_07965, D3821_13115, D3822_04615, D3C88_02070, D3Y67_20835, D6W60_16025, D9D20_17940, D9D33_20360, D9D43_15040, D9F17_03720, D9G48_18410, D9H53_20330, D9H68_14985, D9H70_12020, D9H94_11975, D9I11_08840, D9I20_07450, D9I88_07865, D9I97_15245, D9J11_01945, D9J46_05685, D9J60_08355, D9K48_13755, D9K54_21075, DAH18_14735, DAH32_05885, DAH34_13895, DAH37_22385, DBQ99_19865, DEO04_04305, DIV22_00165, DL800_03635, DM102_12510, DNQ41_05610, DNR41_19640, DNX30_04510, DNX30_30030, DP277_21630, DQF57_07430, DS966_21110, DTL43_07655, DTL90_10485, DTM10_05840, DTM25_14170, DTM45_10720, DU321_19250, DU333_15155, DXT69_23380, DXT73_20905, E2112_14055, E2119_01930, E2127_11985, E2128_04640, E2129_15490, E2134_00125, E2855_00356, E2863_00381, E5P22_06110, E5P37_17460, E5S35_17515, E5S46_09030, E5S47_10100, E5S58_11240, EAI42_17215, EAI46_16235, EAI52_25350, EB575_09280, EC1094V2_3507, EC3234A_4c00200, EC3426_01189, EC382_22725, EC95NR1_04568, ECTO6_03753, ED600_13350, ED648_10345, EIA21_12990, EJH97_18755, EKI52_09385, EL75_3407, EL79_3502, EL80_3454, ELT20_08545, ELT33_21350, ELV05_17125, ELV08_19270, ELV28_08615, EO241_13610, EPS94_20330, EPS97_16790, EPT01_22725, EQ823_11820, EQ825_16155, EQ830_03870, ERS085365_01883, ERS085379_01258, ERS085386_01050, ERS085416_03243, ERS139211_01209, ERS150876_00526, EVY14_07340, EWK56_10075, ExPECSC022_00401, ExPECSC038_04855, EXX06_12625, EXX13_09890, EXX24_01665, EXX55_12100, EXX73_02505, EXX78_04900, EXX87_11790, EYD11_17665, EYX83_13280, FNJ69_23270, FNJ83_03490, FORC28_4807, FORC82_3704, FQ915_24920, FQR64_17860, FQU83_21025, FRV13_03655, FV293_06325, FWK02_14300, GJ11_02155, HmCmsJML079_00608, HmCmsJML122_00139, HmCmsJML146_04035, HmCmsJML204_03576, HMPREF3040_03340, HW43_05365, JD73_11990, MJ49_04715, MS6198_03470, NCTC10082_01120, NCTC10090_01929, NCTC10429_03820, NCTC10766_05668, NCTC13148_06751, NCTC8179_01591, NCTC8959_04986, NCTC8960_01355, NCTC9045_04482, NCTC9050_01807, NCTC9055_00742, NCTC9058_03073, NCTC9062_04425, NCTC9077_04847, NCTC9081_02389, NCTC9111_04021, NCTC9117_04856, NCTC9119_04042, NCTC9703_03267, RG28_03130, RK56_026970, RX35_02023, SAMEA3472055_05173, SAMEA3472056_02980, SAMEA3472080_03897, SAMEA3472090_01855, SAMEA3472110_02233, SAMEA3472112_02272, SAMEA3484427_03921, SAMEA3484429_03823, SAMEA3484434_02913, SAMEA3485101_01840, SAMEA3752372_02293, SAMEA3752557_00172, SAMEA3752559_04815, SAMEA3752620_00744, SAMEA3753164_00177, SAMEA3753300_00417, UC41_01885, UN86_08680, UN91_18970, YDC107_3615
プラスミド: PT7-5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: C6FW78, UniProt: P02920*PLUS
#2: 抗体 nanobody 9043


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: PMESY4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-1)-1-thio-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 358.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112h-1b_1-5]/1-1/a1-b1*S*WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp1SH]{[(1+S)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5 Å3/Da
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.07 M sodium chloride, 0.05 M sodium citrate pH 4.5,22% v/v PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射モノクロメーター: double flat crystal SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.1 Å / Num. obs: 57178 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.899 % / Biso Wilson estimate: 71.73 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rrim(I) all: 0.265 / Χ2: 0.802 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.8-2.92.7612.7240.4557250.1113.34199.2
2.9-32.8212.4150.5150140.1192.96299.4
3-3.52.9141.0581.24173430.4181.30499.4
3.5-42.8940.3363.8997270.8220.41399.1
4-52.910.1219.6795430.9710.14897.9
5-5.53.0560.10211.0624840.9820.12497.6
5.5-63.0060.11110.0417200.9790.13496.9
6-72.8740.08711.9120820.9840.10794.9
7-7.52.9170.06815.346610.9920.08194.3
7.5-83.1580.04422.255260.9960.05395.5
8-103.0510.02730.6211660.9980.03395.4
10-152.8470.02236.958470.9990.02792.3
15-203.190.01845.622110.9990.02291.7
20-303.150.01451.891070.9990.01891.5
30-5030.01257.94220.9990.01653.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6C9W

6c9w


解像度: 2.8→39.06 Å / SU ML: 0.5568 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.0284
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 1976 3.51 %
Rwork0.2389 54354 -
obs0.2401 56330 96.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8188 0 235 2 8425
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00338663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.700411717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.39164825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.39381240.38253563X-RAY DIFFRACTION89.64
2.87-2.950.38571370.36823692X-RAY DIFFRACTION92.44
2.95-3.030.42441390.37463876X-RAY DIFFRACTION96.84
3.03-3.130.35561450.34493936X-RAY DIFFRACTION98.86
3.13-3.240.33381410.31363979X-RAY DIFFRACTION99.3
3.24-3.370.35951440.28893958X-RAY DIFFRACTION99.11
3.37-3.530.30971470.27893973X-RAY DIFFRACTION98.87
3.53-3.710.31821410.24823972X-RAY DIFFRACTION99.2
3.71-3.950.2521460.22023950X-RAY DIFFRACTION99.15
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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