[日本語] English
万見
- PDB-2qs7: CRYSTAL STRUCTURE OF a putative oxidoreductase of the DsrE/DsrF-l... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qs7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF a putative oxidoreductase of the DsrE/DsrF-like family (SSO1126) FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS P2 AT 2.09 A RESOLUTION
要素Uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / PUTATIVE OXIDOREDUCTASE OF THE DSRE/DSRF-LIKE FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性DsrE2-like family / DsrE/DsrF/DrsH-like family / DsrEFH-like / DsrEFH-like / Hypothetical Protein Ychn; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Peroxiredoxin
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function (NP_342590.1) from Sulfolobus solfataricus at 2.09 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ... BIOMOLECULE: 1, 2 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0109
ポリマ－66,4274
非ポリマー5835
水1,53185
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0945
ポリマ－49,8213
非ポリマー2742
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7260 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
2
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,74812
ポリマ－49,8213
非ポリマー9289
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.360, 112.360, 293.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-144-

CL

21D-146-

EPE

31D-146-

EPE

41D-147-

HOH

51D-148-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 7 - 143 / Label seq-ID: 8 - 144

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 16606.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)
生物種: Sulfolobus solfataricus / 株: P2, DSM 1617, JCM 11322 / 遺伝子: NP_342590.1, SSO1126 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97Z17
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6854.13
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法NANODROP, 23.1% PEG 3350, 0.193M Potassium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法NANODROP, 22.2% PEG 3350, 0.193M Potassium dihydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-111
シンクロトロンSSRL BL11-120.91837, 0.97937
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年6月30日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年6月30日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.918371
30.979371
反射解像度: 2.09→48.737 Å / Num. obs: 42142 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.12
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.09-2.160.8012.241999832671,288.8
2.16-2.250.6173.32597441711,295
2.25-2.350.4424.62484739961,296.3
2.35-2.480.3356.22677042941,297.3
2.48-2.630.3589.63605440291,298.3
2.63-2.830.25615.44632641431,299
2.83-3.120.14924.65104043331,299.5
3.12-3.570.085384952442471,299.6
3.57-48.7370.05650.64923942991,299.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→48.737 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 9.09 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CL IONS FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. HEPES (EPE) MOLECULES WERE MODELED BASED ON DENSITY. 5. WATERS 6,7,8,10 COULD BE LIGHT METAL IONS SUCH AS MAGNESIUM. 6. DENSITIES FOR RESIDUES 59-61 ARE POOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 2098 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.177 ---
obs0.177 42142 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.899 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→48.737 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4222 0 33 85 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9656028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04837401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1225574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70624.471170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37715778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2521512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.22248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.130.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3330.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.97733012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.32331137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69554474
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.23781872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.971111541
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A802TIGHT POSITIONAL0.060.05
2B802TIGHT POSITIONAL0.040.05
3C802TIGHT POSITIONAL0.060.05
4D802TIGHT POSITIONAL0.050.05
1A847MEDIUM POSITIONAL0.340.5
2B847MEDIUM POSITIONAL0.420.5
3C847MEDIUM POSITIONAL0.40.5
4D847MEDIUM POSITIONAL0.350.5
1A802TIGHT THERMAL0.170.5
2B802TIGHT THERMAL0.150.5
3C802TIGHT THERMAL0.160.5
4D802TIGHT THERMAL0.190.5
1A847MEDIUM THERMAL1.172
2B847MEDIUM THERMAL0.962
3C847MEDIUM THERMAL1.172
4D847MEDIUM THERMAL1.182
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 148 -
Rwork0.269 2813 -
obs-2961 95.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8170.7470.21136.2030.47864.1435-0.10110.13130.0472-0.5629-0.15171.0288-0.0619-0.82410.2528-0.2306-0.0567-0.15580.097-0.1055-0.024-36.6354-6.1981-24.2314
24.8558-0.62340.56084.9436-0.02515.14-0.00140.1655-0.9176-0.2155-0.21340.04381.06470.00480.21470.0002-0.09580.0529-0.1535-0.03030.0407-23.8253-25.8199-20.8535
32.9349-1.12490.09164.86271.24644.4857-0.1707-0.5571-0.75520.7864-0.20220.7950.9065-0.93930.37290.0254-0.27820.1860.2306-0.01140.0437-37.4425-17.2914-3.4358
44.65440.1437-0.11723.9115-0.35332.5236-0.10010.6061-0.7183-0.6441-0.0040.06950.42580.00340.1041-0.0855-0.01020.0343-0.1586-0.1333-0.2064-0.6803-13.5808-41.6236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1437 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 1437 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3CC6 - 1437 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4DD6 - 1437 - 144

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る