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- PDB-6vba: Structure of human Uracil DNA Glycosylase (UDG) bound to Aurintri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vba
タイトルStructure of human Uracil DNA Glycosylase (UDG) bound to Aurintricarboxylic acid (ATA)
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSYLASE / DNA REPAIR (DNA修復) / URACIL REMOVAL FROM DNA / ALPHA/ BETA PROTEIN / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / クラススイッチ / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine ...base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / クラススイッチ / uracil DNA N-glycosylase activity / ribosomal small subunit binding / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / 塩基除去修復 / damaged DNA binding / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QU4 / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moiani, D. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35CA220430 米国
Robert A. Welch FoundationCFS127800-80-101399-50 米国
引用ジャーナル: Prog.Biophys.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: An effective human uracil-DNA glycosylase inhibitor targets the open pre-catalytic active site conformation.
著者: Nguyen, M.T. / Moiani, D. / Ahmed, Z. / Arvai, A.S. / Namjoshi, S. / Shin, D.S. / Fedorov, Y. / Selvik, E.J. / Jones, D.E. / Pink, J. / Yan, Y. / Laverty, D.J. / Nagel, Z.D. / Tainer, J.A. / Gerson, S.L.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9662
ポリマ－25,5441
非ポリマー4221
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.648, 54.775, 59.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1055-

HOH

21A-1176-

HOH

31A-1247-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / / UDG


分子量: 25544.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNG, DGU, UNG1, UNG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13051, uracil-DNA glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-QU4 / 3,3'-[(3-carboxy-4-oxocyclohexa-2,5-dien-1-ylidene)methylene]bis(6-hydroxybenzoic acid) / Aurintricarboxylic acid / アウリントリカルボン酸 / Aurintricarboxylic acid


分子量: 422.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H14O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2mM TRIS pH 8.5, 20 mM Mgcl2, 21% PEG8000, ATA inhibitor was co-crystallized with the UDG protein with a concentration of circa 4mM in solution

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.979458 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.45 Å / Num. obs: 247193 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rmerge(I) obs: 1.127 / Num. unique obs: 19459 / CC1/2: 0.656

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AKZ

1akz


解像度: 1.8→35.45 Å / SU ML: 0.2727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.5442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1060 4.98 %
Rwork0.1792 20204 -
obs0.182 21264 91.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1808 0 31 259 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00361935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87752631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047341
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5264727
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.34481020.28251893X-RAY DIFFRACTION70.02
1.88-1.980.35621080.27282189X-RAY DIFFRACTION81.22
1.98-2.110.28561340.2282535X-RAY DIFFRACTION93.49
2.11-2.270.27741370.19862603X-RAY DIFFRACTION96.14
2.27-2.50.25911400.1762682X-RAY DIFFRACTION97.82
2.5-2.860.25671430.17982706X-RAY DIFFRACTION98.51
2.86-3.60.22921430.15652719X-RAY DIFFRACTION98.66
3.6-35.450.16351530.14842877X-RAY DIFFRACTION98.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.373955069322.7164472937-1.117903663654.83625709652-2.481489080274.45243118388-0.2031921666940.362052666592-0.299386961414-0.791739949741-0.0683701494344-0.1846689942350.48606121517-0.0958987330667-0.021004621950.3452983633260.0302561149343-0.03406624200630.253519716113-0.0164054525160.209941988554-24.939351817411.8214629627-29.8205284564
20.696387558943-0.0700376461689-0.2279519197241.53158123325-0.08585294948651.439719274410.01599405577070.06043798204910.00340528636324-0.0531234450130.00109366355095-0.0404066079403-0.01795810534250.0191306393665-0.003338234817940.121738150411-0.00366997590094-0.01441752417080.142375171103-0.009554502883040.134574341383-17.574819817510.8823222787-14.55208975
32.114328901530.03388968812350.4219342181872.655453869480.1005849466542.43393432346-0.0936669148433-0.0797391105146-0.05648505762950.2344836368310.06082194069980.227499672307-0.16362787616-0.1077959420120.002423533492490.1805835023560.002889450145450.0352701247250.116125682857-0.004244308290130.145873102103-27.423416058110.7670561508-0.919879397384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 82 through 99 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 273 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 274 through 304 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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