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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6van | ||||||
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Title | Crystal structure of caltubin from the great pond snail | ||||||
![]() | Caltubin, EF-hand | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / EF-hand / calcium-binding protein / invertebrate / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand domain pair / STRONTIUM ION / Calcium-binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dong, A. / Li, A. / Zhang, Q. / Barszczyk, A. / Chern, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Zhong, Z.P. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Cell-penetrating caltubin promotes neurite outgrowth and regrowth through calcium-dependent microtubule regulation Authors: Dong, A. / Li, A. / Zhang, Q. / Barszczyk, A. / Chern, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Zhong, Z.P. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 85.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 66.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16471.553 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SR / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 24% PEG 3350, 0.1M Tris pH7.5, 150 mM SrCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.33→50 Å / Num. obs: 58175 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 232691 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.44 Å2 / Biso mean: 17.401 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.33→45.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.33→1.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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