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- PDB-6van: Crystal structure of caltubin from the great pond snail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6van
タイトルCrystal structure of caltubin from the great pond snail
要素Caltubin, EF-hand
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand / calcium-binding protein / invertebrate / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand domain pair / STRONTIUM ION / Calcium-binding protein
機能・相同性情報
生物種Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Dong, A. / Li, A. / Zhang, Q. / Barszczyk, A. / Chern, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Zhong, Z.P. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)RN314068-377078 カナダ
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Cell-penetrating caltubin promotes neurite outgrowth and regrowth through calcium-dependent microtubule regulation
著者: Dong, A. / Li, A. / Zhang, Q. / Barszczyk, A. / Chern, Y.H. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Zhong, Z.P. / Tong, Y. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caltubin, EF-hand
B: Caltubin, EF-hand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,46923
ポリマ－32,9432
非ポリマー1,52621
水5,693316
1
A: Caltubin, EF-hand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,23511
ポリマ－16,4721
非ポリマー76310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Caltubin, EF-hand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,23512
ポリマ－16,4721
非ポリマー76311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.026, 32.632, 85.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Caltubin, EF-hand / Calcium-binding protein


分子量: 16471.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / プラスミド: pET28-MKH8SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pRARE2 / 参照: UniProt: Q2VA57
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 24% PEG 3350, 0.1M Tris pH7.5, 150 mM SrCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 58175 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.934 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 232691
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.33-1.353.90.64328200.7630.3670.7420.45695.9
1.35-1.384.10.56528250.7980.3140.6490.48796.1
1.38-1.44.10.49828280.860.2770.5710.4796.5
1.4-1.4340.42828520.8710.2410.4920.47696.6
1.43-1.463.90.35428650.8910.2050.4110.48796.6
1.46-1.53.90.2928620.9350.1670.3350.52396.7
1.5-1.5440.24928750.9510.1390.2860.52697.5
1.54-1.583.80.20228560.9650.1170.2350.54797
1.58-1.624.10.1729060.9710.0940.1950.55697.5
1.62-1.684.10.13928530.9780.0770.1590.59697.4
1.68-1.744.10.11228910.9870.0620.1280.62797.2
1.74-1.813.90.08929380.9910.0520.1040.67598.2
1.81-1.894.10.07728940.9940.0430.0880.77298.2
1.89-1.9940.06229400.9960.0350.0720.93298.6
1.99-2.114.10.05229280.9960.0290.061.12598.8
2.11-2.274.20.04929510.9970.0270.0561.36898.8
2.27-2.53.90.04529900.9970.0260.0521.52499.3
2.5-2.874.10.04629720.9960.0260.0521.79199.4
2.87-3.6140.04230350.9970.0240.0492.06899.4
3.61-503.80.0430940.9970.0230.0462.49499.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.33→45.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.08 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 1868 3.2 %RANDOM
Rwork0.1906 ---
obs0.1916 56295 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.44 Å2 / Biso mean: 17.401 Å2 / Biso min: 7.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20.09 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→45.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 28 326 2648
Biso mean--27.66 28.91 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172212
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.6553485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4691.5875163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70923.8150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97415387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02561
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 116 -
Rwork0.262 3973 -
all-4089 -
obs--93.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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