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万見
- PDB-6vah: Crystal structure of human TEAD2 transcription factor in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vah
タイトルCrystal structure of human TEAD2 transcription factor in complex with Flufenamic acid derivative
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION / TEAD2 / transcription factor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / embryonic organ development / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / disordered domain specific binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : ...Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-fluoro-6-[(3-hexylphenyl)amino]benzoic acid / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Melin, L. / Gagnon, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Santhakumar, V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human TEAD2 transcription factor in complex with Flufenamic acid derivative
著者: Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Melin, L. / Gagnon, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Santhakumar, V. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6095
ポリマ－54,9782
非ポリマー6313
水50428
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8042
ポリマ－27,4891
非ポリマー3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8043
ポリマ－27,4891
非ポリマー3152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.792, 61.307, 79.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pRARE2 / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-QZ1 / 2-fluoro-6-[(3-hexylphenyl)amino]benzoic acid


分子量: 315.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22FNO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 % / Mosaicity: 0.71 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Na Formate, and 0.1M Bis-Tris Propane pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28671 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.531 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 117595
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.142.90.55112820.8470.3260.6450.65888.2
2.14-2.1830.50313750.8990.2870.5830.6993.1
2.18-2.223.20.52613800.8130.3010.6110.68594.8
2.22-2.263.40.51214210.8490.2830.5880.68996.5
2.26-2.313.40.50113940.8780.2770.5760.70795.7
2.31-2.373.50.47313700.9150.2580.5420.69994.2
2.37-2.424.20.48814630.9390.2490.5510.6598.9
2.42-2.494.60.45414930.960.2260.5090.6999.9
2.49-2.564.80.39714690.9690.1940.4430.72599.9
2.56-2.654.80.32514670.9710.160.3640.75999.8
2.65-2.744.70.27214520.9770.1340.3040.83899.2
2.74-2.854.70.21114570.9840.1050.2360.92899
2.85-2.984.60.1714470.9870.0850.191.10599.3
2.98-3.144.40.12714740.9920.0650.1431.3799
3.14-3.334.10.09714400.9940.0510.111.9396.4
3.33-3.594.10.07814200.9940.040.0882.4996
3.59-3.954.60.06614810.9950.0340.0753.08699.6
3.95-4.524.30.05614580.9960.030.0643.40598
4.52-5.74.10.05214610.9960.0270.0593.66496.9
5.7-5040.0514670.9960.0270.0573.77295.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5DQ8

5dq8


解像度: 2.11→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.636 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.182
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 1415 4.9 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2055 27256 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.32 Å2 / Biso mean: 50.628 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.52 Å2-0 Å22.02 Å2
2---0.98 Å2-0 Å2
3----3.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 47 28 3208
Biso mean--54.59 50.31 -
残基数----403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3831.644468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2091.5816728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.465404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.14121.646158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9421521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02755
LS精密化 シェル解像度: 2.111→2.166 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 80 -
Rwork0.287 1672 -
all-1752 -
obs--81.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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