[日本語] English
万見
- PDB-6va0: Crystal structure of glucose-6-phosphate dehydrogenase W509A muta... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6va0
タイトルCrystal structure of glucose-6-phosphate dehydrogenase W509A mutant in complex with catalytic NADP+
要素Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / NADP+
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein glutathionylation / pentose biosynthetic process / ribose phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / response to iron(III) ion / Pentose phosphate pathway / NADPH regeneration ...negative regulation of protein glutathionylation / pentose biosynthetic process / ribose phosphate biosynthetic process / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+) / pentose-phosphate shunt, oxidative branch / glucose-6-phosphate dehydrogenase activity / response to iron(III) ion / Pentose phosphate pathway / NADPH regeneration / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / glucose 6-phosphate metabolic process / NADP metabolic process / pentose-phosphate shunt / D-glucose binding / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / response to food / cholesterol biosynthetic process / erythrocyte maturation / centriolar satellite / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of neuron apoptotic process / substantia nigra development / glutathione metabolic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / cytoplasmic side of plasma membrane / glucose metabolic process / NADP binding / cellular response to oxidative stress / response to ethanol / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose-6-phosphate dehydrogenase, active site / Glucose-6-phosphate dehydrogenase active site. / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD-binding / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glucose-6-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Horikoshi, N. / Mochly-Rosen, D. / Wakatsuki, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Long-range structural defects by pathogenic mutations in most severe glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency.
著者: Horikoshi, N. / Hwang, S. / Gati, C. / Matsui, T. / Castillo-Orellana, C. / Raub, A.G. / Garcia, A.A. / Jabbarpour, F. / Batyuk, A. / Broweleit, J. / Xiang, X. / Chiang, A. / Broweleit, R. / ...著者: Horikoshi, N. / Hwang, S. / Gati, C. / Matsui, T. / Castillo-Orellana, C. / Raub, A.G. / Garcia, A.A. / Jabbarpour, F. / Batyuk, A. / Broweleit, J. / Xiang, X. / Chiang, A. / Broweleit, R. / Vohringer-Martinez, E. / Mochly-Rosen, D. / Wakatsuki, S.
履歴
登録2019年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9612
ポリマ－59,2171
非ポリマー7431
水00
1
A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,9224
ポリマ－118,4352
非ポリマー1,4872
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area3710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area36510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.364, 157.364, 113.566
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw

-
要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase / G6PD


分子量: 59217.453 Da / 分子数: 1 / 変異: W509A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: G6PD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41
参照: UniProt: P11413, glucose-6-phosphate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: MES, PEG4000, Magnesium chloride, AG1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→47.62 Å / Num. obs: 25692 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 42.341 % / Biso Wilson estimate: 93.78 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.072 / Net I/σ(I): 34.75 / Num. measured all: 1087829
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.1-3.2944.6271.7722.59186855419541870.851.79399.8
3.29-3.5142.8330.9774.9167564391339120.9420.989100
3.51-3.7939.5660.5589.99123366368231180.9850.56584.7
3.79-4.1542.6080.28319.18138561339232520.9940.28695.9
4.15-4.6442.9390.1336.75133239310731030.9990.13299.9
4.64-5.3544.1260.0952.24120950274127410.9990.091100
5.35-6.5342.9110.0859.361011832358235810.081100
6.53-9.1540.0810.04199.54751121874187410.042100
9.15-47.6235.7450.023161.69409991159114710.02399

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A08

6a08


解像度: 3.1→47.62 Å / SU ML: 0.3364 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1285 5 %
Rwork0.2317 24397 -
obs0.2321 25682 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3505 0 48 0 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00383637
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80174927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501529
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4773486
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.230.3281430.3072727X-RAY DIFFRACTION99.76
3.23-3.370.33451440.29392730X-RAY DIFFRACTION99.93
3.37-3.550.29661450.28962745X-RAY DIFFRACTION99.86
3.55-3.770.48621160.41372208X-RAY DIFFRACTION80.36
3.77-4.060.29611380.26392624X-RAY DIFFRACTION95.18
4.06-4.470.24631460.21742768X-RAY DIFFRACTION99.9
4.47-5.120.15931470.1812798X-RAY DIFFRACTION99.93
5.12-6.450.22391490.20562823X-RAY DIFFRACTION100
6.45-47.620.17921570.19072974X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.2464109505 Å / Origin y: 95.359487288 Å / Origin z: 30.1231071187 Å
111213212223313233
T0.60474445895 Å2-0.0585430846554 Å20.0560507764829 Å2-0.389915093097 Å20.0279907943593 Å2--0.518616636643 Å2
L3.08955745559 °20.743352224372 °20.57138766696 °2-1.51390003069 °20.390649216778 °2--2.41934650111 °2
S0.110562299741 Å °-0.0994280338666 Å °0.159407283192 Å °-0.0371879568625 Å °-0.100290236278 Å °-0.23319679701 Å °-0.148327715121 Å °0.0564434393248 Å °-0.000742199713551 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る