PDB-6v9t: Tudor domain of TDRD3 in complex with a small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v9t

タイトル

Tudor domain of TDRD3 in complex with a small molecule

要素

Tudor domain-containing protein 3

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topological change / methylated histone binding / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromatin binding / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.154 Å

データ登録者

Li, W. / Tempel, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A small molecule antagonist of SMN disrupts the interaction between SMN and RNAP II.
著者: Liu, Y. / Iqbal, A. / Li, W. / Ni, Z. / Wang, Y. / Ramprasad, J. / Abraham, K.J. / Zhang, M. / Zhao, D.Y. / Qin, S. / Loppnau, P. / Jiang, H. / Guo, X. / Brown, P.J. / Zhen, X. / Xu, G. / ...

履歴

登録	2019年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v9t.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v9t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v9t_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v9t_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	6v9t_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	6v9t_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/6v9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qq6C 4qqdC 7w2pC 7w30C 3pmtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Tudor domain-containing protein 3

BBB: Tudor domain-containing protein 3

ヘテロ分子

18.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Tudor domain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Tudor domain-containing protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.855, 83.855, 114.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-703- UNX

#1: タンパク質	Tudor domain-containing protein 3 分子量: 9013.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7E2
#2: 化合物	ChemComp-36X / 4-methyl-2,3,4,5,6,7-hexahydrodicyclopenta[b,e]pyridin-8(1H)-imine 分子量: 188.269 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₆N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→44.85 Å / Num. obs: 8558 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 18.9

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs
8.88-44.85	99.3	9.1	0.047	141	0.999	0.05	53.7
2.15-2.22	98	11.1	0.982	703	0.884	1.03	2.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3pmt

3pmt

解像度: 2.154→44.849 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 11.506 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.177 / 詳細: Thin shell selection of free reflections (SFTOOLS)

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	699	8.169 %
R_work	0.1955	-	-
all	0.198	-	-
obs	-	8557	99.837 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.789 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	0.495 Å²	-0 Å²
2-	-	0.99 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.154→44.849 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	868	0	45	11	924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	983
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.025	1.687	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.411	1.714	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.607	5	111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.964	25	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.978	15	134
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	213
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.333	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.382	3.304	445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.379	3.305	446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.398	4.912	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.394	4.914	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.888	3.769	538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.885	3.77	539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.385	5.553	802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.381	5.554	803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.142	37.341	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.143	37.365	998

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.154-2.21	0.294	61	0.24	557	0.245	626	0.84	0.837	98.722	0.217
2.21-2.27		0	0.256	606	0.256	606		0.858	100	0.226
2.27-2.336	0.276	53	0.227	527	0.231	580	0.864	0.891	100	0.194
2.336-2.407	0.255	61	0.202	508	0.208	569	0.903	0.911	100	0.172
2.407-2.486	0.245	52	0.21	512	0.213	564	0.898	0.911	100	0.182
2.486-2.573	0.34	60	0.241	490	0.252	550	0.856	0.889	100	0.212
2.573-2.67	0.2	47	0.226	476	0.223	523	0.922	0.91	100	0.191
2.67-2.778	0.241	39	0.219	452	0.221	491	0.9	0.914	100	0.186
2.778-2.902	0.293	34	0.192	454	0.199	488	0.915	0.934	100	0.166
2.902-3.043	0.228	35	0.201	420	0.203	455	0.933	0.936	100	0.173
3.043-3.206	0.251	61	0.178	376	0.188	437	0.93	0.948	100	0.156
3.206-3.4	0.219	30	0.177	394	0.181	424	0.955	0.953	100	0.164
3.4-3.633	0.198	22	0.18	383	0.181	405	0.944	0.952	100	0.169
3.633-3.922	0.224	40	0.179	321	0.184	362	0.942	0.958	99.7238	0.175
3.922-4.293	0.231	20	0.151	325	0.155	345	0.944	0.973	100	0.152
4.293-4.794	0.157	41	0.147	266	0.148	307	0.972	0.975	100	0.149
4.794-5.525	0.198	19	0.176	262	0.178	281	0.952	0.967	100	0.179
5.525-6.742	0.227	13	0.232	229	0.232	242	0.958	0.944	100	0.22
6.742-9.428	0.309	6	0.228	183	0.231	189	0.94	0.952	100	0.239
9.428-44.849	0.294	5	0.295	117	0.295	123	0.85	0.925	99.187	0.353

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5633	-0.0504	1.3209	4.3907	-1.2122	6.7355	0.0405	0.3449	-0.2842	-0.2292	-0.113	-0.2723	0.2222	0.2969	0.0725	0.0352	0.0191	0.0188	0.0275	-0.0029	0.0294	82.2601	14.2585	34.4464
2	6.4456	-2.2127	0.2939	4.9776	-0.1941	4.816	0.0607	-0.2459	-0.1168	0.1335	0.0283	0.3219	-0.0483	-0.1384	-0.089	0.0426	-0.0369	0.0034	0.0453	0.009	0.0234	68.1443	11.8539	49.7698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	554 - 609
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	555 - 609

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)