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- PDB-6v9c: Crystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with covalent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v9c
タイトルCrystal structure of FGFR4 kinase domain in complex with covalent inhibitor
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine Kinase inhibitor / covalent inhibitor / FGFR / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / fibroblast growth factor receptor activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA biosynthetic process ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / fibroblast growth factor receptor activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / fibroblast growth factor binding / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / transport vesicle / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / glucose homeostasis / heparin binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QS7 / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, J. / Liu, H.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Selective, Covalent FGFR4 Inhibitors with Antitumor Activity in Models of Hepatocellular Carcinoma.
著者: Liu, H. / Niu, D. / Tham Sjin, R.T. / Dubrovskiy, A. / Zhu, Z. / McDonald, J.J. / Fahnoe, K. / Wang, Z. / Munson, M. / Scholte, A. / Barrague, M. / Fitzgerald, M. / Liu, J. / Kothe, M. / Sun, ...著者: Liu, H. / Niu, D. / Tham Sjin, R.T. / Dubrovskiy, A. / Zhu, Z. / McDonald, J.J. / Fahnoe, K. / Wang, Z. / Munson, M. / Scholte, A. / Barrague, M. / Fitzgerald, M. / Liu, J. / Kothe, M. / Sun, F. / Murtie, J. / Ge, J. / Rocnik, J. / Harvey, D. / Ospina, B. / Perron, K. / Zheng, G. / Shehu, E. / D'Agostino, L.A.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5804
ポリマ－33,8671
非ポリマー7123
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.067, 58.670, 60.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 33867.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QS7 / N-[(3R,4S)-4-{[6-(2,6-dichloro-3,5-dimethoxyphenyl)-8-methyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}oxolan-3-yl]prop-2-enamide


分子量: 520.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23Cl2N5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 14% (w/v) polyethylene glycol 3,350, 200 mM lithium sulfate and 2% (w/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: OXFORD SAPPHIRE CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.02 Å / Num. obs: 24253 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 1540

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OXZ

3oxz


解像度: 1.9→42.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.136
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1231 5.09 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 24186 99.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 121.47 Å2 / Biso mean: 37.4 Å2 / Biso min: 18.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0989 Å20 Å2-1.187 Å2
2---0.5259 Å20 Å2
3---0.6247 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→42.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 45 165 2420
Biso mean--36.13 45.29 -
残基数----279
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d792SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes378HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2310HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion279SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2752SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2310HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3133HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.92
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3535 23 4.75 %
Rwork0.3143 461 -
all0.3163 484 -
obs--81.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.5204 Å / Origin y: 3.938 Å / Origin z: 13.1305 Å
111213212223313233
T0.0599 Å2-0.0592 Å2-0.0305 Å2-0.0477 Å20.0254 Å2--0.0504 Å2
L0.5235 °2-0.5356 °20.5046 °2-1.0159 °2-0.3452 °2--1.4389 °2
S-0.0481 Å °0.1297 Å °0.0657 Å °-0.0022 Å °-0.0475 Å °-0.0459 Å °-0.0009 Å °0.0525 Å °0.0956 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|453 - A|801 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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