PDB-6v8s: Crystal structure of Ara h 8.0201

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 6v8s
• タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201
• 要素: Ara h 8 allergen isoform
• キーワード: ALLERGEN / peanut / PR-10

機能・相同性

分子機能:

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm

ドメイン・相同性:

Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START-like domain superfamily

構成要素:

8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / Ara h 8 allergen isoform

• 生物種: Arachis hypogaea (トウジンマメ)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
• データ登録者: Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.
• 引用: ジャーナル: To Be Published; タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201; 著者: Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2019年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

集合体

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen isoform

B: Ara h 8 allergen isoform

C: Ara h 8 allergen isoform

D: Ara h 8 allergen isoform

E: Ara h 8 allergen isoform

F: Ara h 8 allergen isoform

G: Ara h 8 allergen isoform

H: Ara h 8 allergen isoform

I: Ara h 8 allergen isoform

J: Ara h 8 allergen isoform

K: Ara h 8 allergen isoform

L: Ara h 8 allergen isoform

M: Ara h 8 allergen isoform

N: Ara h 8 allergen isoform

O: Ara h 8 allergen isoform

P: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 294 kDa, 16 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	293,549	119
ポリマ－	262,919	16
非ポリマー	30,629	103
水	19,204	1066

1

A: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: gel filtration
• 17.9 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,929	6
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,497	5
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

2

B: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 17.6 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,630	5
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,197	4
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

3

C: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 19.1 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	19,127	10
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,694	9
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

4

D: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.2 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,229	7
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,796	6
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

5

E: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.5 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,528	8
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,095	7
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

6

F: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.8 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,827	9
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,395	8
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

7

G: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.2 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,229	7
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,796	6
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

8

H: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 19.2 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	19,223	11
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,790	10
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

9

I: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 17.9 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,929	6
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,497	5
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

10

J: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.2 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,229	7
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,796	6
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

11

K: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 18.5 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	18,528	8
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,095	7
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

12

L: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 17.6 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,630	5
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,197	4
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

13

M: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 19.1 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	19,127	10
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,694	9
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

14

N: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 17.6 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,630	5
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,197	4
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

15

O: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 17.6 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	17,630	5
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	1,197	4
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

16

P: Ara h 8 allergen isoform

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 19.1 kDa, 1 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	19,127	10
ポリマ－	16,432	1
非ポリマー	2,694	9
水	18	1

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.161, 90.027, 94.245
Angle α, β, γ (deg.)	94.130, 106.910, 97.230
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	A
2	4	E
1	5	A
2	5	F
1	6	A
2	6	G
1	7	A
2	7	H
1	8	A
2	8	I
1	9	A
2	9	J
1	10	A
2	10	K
1	11	A
2	11	L
1	12	A
2	12	M
1	13	A
2	13	N
1	14	A
2	14	O
1	15	A
2	15	P
1	16	B
2	16	C
1	17	B
2	17	D
1	18	B
2	18	E
1	19	B
2	19	F
1	20	B
2	20	G
1	21	B
2	21	H
1	22	B
2	22	I
1	23	B
2	23	J
1	24	B
2	24	K
1	25	B
2	25	L
1	26	B
2	26	M
1	27	B
2	27	N
1	28	B
2	28	O
1	29	B
2	29	P
1	30	C
2	30	D
1	31	C
2	31	E
1	32	C
2	32	F
1	33	C
2	33	G
1	34	C
2	34	H
1	35	C
2	35	I
1	36	C
2	36	J
1	37	C
2	37	K
1	38	C
2	38	L
1	39	C
2	39	M
1	40	C
2	40	N
1	41	C
2	41	O
1	42	C
2	42	P
1	43	D
2	43	E
1	44	D
2	44	F
1	45	D
2	45	G
1	46	D
2	46	H
1	47	D
2	47	I
1	48	D
2	48	J
1	49	D
2	49	K
1	50	D
2	50	L
1	51	D
2	51	M
1	52	D
2	52	N
1	53	D
2	53	O
1	54	D
2	54	P
1	55	E
2	55	F
1	56	E
2	56	G
1	57	E
2	57	H
1	58	E
2	58	I
1	59	E
2	59	J
1	60	E
2	60	K
1	61	E
2	61	L
1	62	E
2	62	M
1	63	E
2	63	N
1	64	E
2	64	O
1	65	E
2	65	P
1	66	F
2	66	G
1	67	F
2	67	H
1	68	F
2	68	I
1	69	F
2	69	J
1	70	F
2	70	K
1	71	F
2	71	L
1	72	F
2	72	M
1	73	F
2	73	N
1	74	F
2	74	O
1	75	F
2	75	P
1	76	G
2	76	H
1	77	G
2	77	I
1	78	G
2	78	J
1	79	G
2	79	K
1	80	G
2	80	L
1	81	G
2	81	M
1	82	G
2	82	N
1	83	G
2	83	O
1	84	G
2	84	P
1	85	H
2	85	I
1	86	H
2	86	J
1	87	H
2	87	K
1	88	H
2	88	L
1	89	H
2	89	M
1	90	H
2	90	N
1	91	H
2	91	O
1	92	H
2	92	P
1	93	I
2	93	J
1	94	I
2	94	K
1	95	I
2	95	L
1	96	I
2	96	M
1	97	I
2	97	N
1	98	I
2	98	O
1	99	I
2	99	P
1	100	J
2	100	K
1	101	J
2	101	L
1	102	J
2	102	M
1	103	J
2	103	N
1	104	J
2	104	O
1	105	J
2	105	P
1	106	K
2	106	L
1	107	K
2	107	M
1	108	K
2	108	N
1	109	K
2	109	O
1	110	K
2	110	P
1	111	L
2	111	M
1	112	L
2	112	N
1	113	L
2	113	O
1	114	L
2	114	P
1	115	M
2	115	N
1	116	M
2	116	O
1	117	M
2	117	P
1	118	N
2	118	O
1	119	N
2	119	P
1	120	O
2	120	P

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	A	A
2	4	E	E
1	5	A	A
2	5	F	F
1	6	A	A
2	6	G	G
1	7	A	A
2	7	H	H
1	8	A	A
2	8	I	I
1	9	A	A
2	9	J	J
1	10	A	A
2	10	K	K
1	11	A	A
2	11	L	L
1	12	A	A
2	12	M	M
1	13	A	A
2	13	N	N
1	14	A	A
2	14	O	O
1	15	A	A
2	15	P	P
1	16	B	B
2	16	C	C
1	17	B	B
2	17	D	D
1	18	B	B
2	18	E	E
1	19	B	B
2	19	F	F
1	20	B	B
2	20	G	G
1	21	B	B
2	21	H	H
1	22	B	B
2	22	I	I
1	23	B	B
2	23	J	J
1	24	B	B
2	24	K	K
1	25	B	B
2	25	L	L
1	26	B	B
2	26	M	M
1	27	B	B
2	27	N	N
1	28	B	B
2	28	O	O
1	29	B	B
2	29	P	P
1	30	C	C
2	30	D	D
1	31	C	C
2	31	E	E
1	32	C	C
2	32	F	F
1	33	C	C
2	33	G	G
1	34	C	C
2	34	H	H
1	35	C	C
2	35	I	I
1	36	C	C
2	36	J	J
1	37	C	C
2	37	K	K
1	38	C	C
2	38	L	L
1	39	C	C
2	39	M	M
1	40	C	C
2	40	N	N
1	41	C	C
2	41	O	O
1	42	C	C
2	42	P	P
1	43	D	D
2	43	E	E
1	44	D	D
2	44	F	F
1	45	D	D
2	45	G	G
1	46	D	D
2	46	H	H
1	47	D	D
2	47	I	I
1	48	D	D
2	48	J	J
1	49	D	D
2	49	K	K
1	50	D	D
2	50	L	L
1	51	D	D
2	51	M	M
1	52	D	D
2	52	N	N
1	53	D	D
2	53	O	O
1	54	D	D
2	54	P	P
1	55	E	E
2	55	F	F
1	56	E	E
2	56	G	G
1	57	E	E
2	57	H	H
1	58	E	E
2	58	I	I
1	59	E	E
2	59	J	J
1	60	E	E
2	60	K	K
1	61	E	E
2	61	L	L
1	62	E	E
2	62	M	M
1	63	E	E
2	63	N	N
1	64	E	E
2	64	O	O
1	65	E	E
2	65	P	P
1	66	F	F
2	66	G	G
1	67	F	F
2	67	H	H
1	68	F	F
2	68	I	I
1	69	F	F
2	69	J	J
1	70	F	F
2	70	K	K
1	71	F	F
2	71	L	L
1	72	F	F
2	72	M	M
1	73	F	F
2	73	N	N
1	74	F	F
2	74	O	O
1	75	F	F
2	75	P	P
1	76	G	G
2	76	H	H
1	77	G	G
2	77	I	I
1	78	G	G
2	78	J	J
1	79	G	G
2	79	K	K
1	80	G	G
2	80	L	L
1	81	G	G
2	81	M	M
1	82	G	G
2	82	N	N
1	83	G	G
2	83	O	O
1	84	G	G
2	84	P	P
1	85	H	H
2	85	I	I
1	86	H	H
2	86	J	J
1	87	H	H
2	87	K	K
1	88	H	H
2	88	L	L
1	89	H	H
2	89	M	M
1	90	H	H
2	90	N	N
1	91	H	H
2	91	O	O
1	92	H	H
2	92	P	P
1	93	I	I
2	93	J	J
1	94	I	I
2	94	K	K
1	95	I	I
2	95	L	L
1	96	I	I
2	96	M	M
1	97	I	I
2	97	N	N
1	98	I	I
2	98	O	O
1	99	I	I
2	99	P	P
1	100	J	J
2	100	K	K
1	101	J	J
2	101	L	L
1	102	J	J
2	102	M	M
1	103	J	J
2	103	N	N
1	104	J	J
2	104	O	O
1	105	J	J
2	105	P	P
1	106	K	K
2	106	L	L
1	107	K	K
2	107	M	M
1	108	K	K
2	108	N	N
1	109	K	K
2	109	O	O
1	110	K	K
2	110	P	P
1	111	L	L
2	111	M	M
1	112	L	L
2	112	N	N
1	113	L	L
2	113	O	O
1	114	L	L
2	114	P	P
1	115	M	M
2	115	N	N
1	116	M	M
2	116	O	O
1	117	M	M
2	117	P	P
1	118	N	N
2	118	O	O
1	119	N	N
2	119	P	P
1	120	O	O
2	120	P	P

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
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59
60
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63
64
65
66
67
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69
70
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78
79
80
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120

要素

#1: タンパク質

A B C D E F G H I J K L M N O P
Ara h 8 allergen isoform

詳細:

分子量: 16432.467 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ahy_Scaffold6g108211 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YIU5

#2: 化合物

A-201 A-202 A-203 A-204 A-205 B-201 B-202 B-203 B-204 C-301 C-302 C-303 C-304 C-305 C-306 C-307 C-308 C-309 D-701 D-702 ...
ChemComp-2AN / 8-ANILINO-1-NAPHTHALENE SULFONATE / 8-アニリノ-1-ナフタレンスルホン酸

詳細:

分子量: 299.344 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃NO₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 化合物

H-1110 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

詳細:

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1066 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.38 ų/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
• 結晶化: 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M HEPES, 2.0M Ammonium Sulfate, pH 8.0

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
• 検出器: タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月22日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 1 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 129928 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.08 / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 19.7
• 反射 シェル: 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 6835 / CC_1/2: 0.924 / CC star: 0.98 / R_pim(I) all: 0.239 / R_rim(I) all: 0.337 / R_sym value: 0.239 / % possible all: 96.3

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V8H

6v8h

解像度: 2.1→38.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 12.667 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.388 / ESU R Free: 0.244
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.2661	6331	4.9 %	RANDOM
Rwork	0.232	-	-	-
obs	0.2336	123122	91.52 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.66 Ų / B_iso mean: 38.003 Ų / B_iso min: 20.27 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	1.21 Å2	-0.82 Å2	0.05 Å2
2-	-	-0.41 Å2	-2.4 Å2
3-	-	-	0.12 Å2

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→38.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18239	0	2147	1066	21452
Biso mean	-	-	48.77	47.12	-
残基数	-	-	-	-	2430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	20971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	18628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.665	28659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.284	1.58	43190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.15	5	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.785	26.591	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.609	15	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	23604
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	4444

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4429	0.1
1	2	B	4429	0.1
2	1	A	4400	0.11
2	2	C	4400	0.11
3	1	A	4382	0.1
3	2	D	4382	0.1
4	1	A	4429	0.1
4	2	E	4429	0.1
5	1	A	4513	0.09
5	2	F	4513	0.09
6	1	A	4397	0.11
6	2	G	4397	0.11
7	1	A	4301	0.13
7	2	H	4301	0.13
8	1	A	4571	0.07
8	2	I	4571	0.07
9	1	A	4304	0.11
9	2	J	4304	0.11
10	1	A	4399	0.09
10	2	K	4399	0.09
11	1	A	4486	0.08
11	2	L	4486	0.08
12	1	A	4351	0.11
12	2	M	4351	0.11
13	1	A	4442	0.1
13	2	N	4442	0.1
14	1	A	4415	0.1
14	2	O	4415	0.1
15	1	A	4338	0.12
15	2	P	4338	0.12
16	1	B	4323	0.12
16	2	C	4323	0.12
17	1	B	4408	0.09
17	2	D	4408	0.09
18	1	B	4387	0.11
18	2	E	4387	0.11
19	1	B	4382	0.11
19	2	F	4382	0.11
20	1	B	4356	0.11
20	2	G	4356	0.11
21	1	B	4240	0.13
21	2	H	4240	0.13
22	1	B	4438	0.1
22	2	I	4438	0.1
23	1	B	4305	0.11
23	2	J	4305	0.11
24	1	B	4330	0.1
24	2	K	4330	0.1
25	1	B	4489	0.08
25	2	L	4489	0.08
26	1	B	4281	0.12
26	2	M	4281	0.12
27	1	B	4328	0.12
27	2	N	4328	0.12
28	1	B	4391	0.1
28	2	O	4391	0.1
29	1	B	4261	0.13
29	2	P	4261	0.13
30	1	C	4315	0.11
30	2	D	4315	0.11
31	1	C	4389	0.11
31	2	E	4389	0.11
32	1	C	4370	0.11
32	2	F	4370	0.11
33	1	C	4334	0.13
33	2	G	4334	0.13
34	1	C	4399	0.11
34	2	H	4399	0.11
35	1	C	4396	0.11
35	2	I	4396	0.11
36	1	C	4265	0.11
36	2	J	4265	0.11
37	1	C	4371	0.1
37	2	K	4371	0.1
38	1	C	4361	0.11
38	2	L	4361	0.11
39	1	C	4483	0.08
39	2	M	4483	0.08
40	1	C	4364	0.11
40	2	N	4364	0.11
41	1	C	4361	0.12
41	2	O	4361	0.12
42	1	C	4425	0.11
42	2	P	4425	0.11
43	1	D	4409	0.1
43	2	E	4409	0.1
44	1	D	4414	0.1
44	2	F	4414	0.1
45	1	D	4342	0.11
45	2	G	4342	0.11
46	1	D	4284	0.13
46	2	H	4284	0.13
47	1	D	4437	0.09
47	2	I	4437	0.09
48	1	D	4390	0.09
48	2	J	4390	0.09
49	1	D	4343	0.09
49	2	K	4343	0.09
50	1	D	4431	0.09
50	2	L	4431	0.09
51	1	D	4342	0.11
51	2	M	4342	0.11
52	1	D	4415	0.1
52	2	N	4415	0.1
53	1	D	4387	0.1
53	2	O	4387	0.1
54	1	D	4304	0.12
54	2	P	4304	0.12
55	1	E	4385	0.11
55	2	F	4385	0.11
56	1	E	4392	0.1
56	2	G	4392	0.1
57	1	E	4300	0.13
57	2	H	4300	0.13
58	1	E	4421	0.1
58	2	I	4421	0.1
59	1	E	4253	0.12
59	2	J	4253	0.12
60	1	E	4428	0.09
60	2	K	4428	0.09
61	1	E	4411	0.1
61	2	L	4411	0.1
62	1	E	4367	0.11
62	2	M	4367	0.11
63	1	E	4364	0.11
63	2	N	4364	0.11
64	1	E	4410	0.1
64	2	O	4410	0.1
65	1	E	4328	0.13
65	2	P	4328	0.13
66	1	F	4365	0.11
66	2	G	4365	0.11
67	1	F	4288	0.13
67	2	H	4288	0.13
68	1	F	4481	0.09
68	2	I	4481	0.09
69	1	F	4312	0.11
69	2	J	4312	0.11
70	1	F	4359	0.1
70	2	K	4359	0.1
71	1	F	4438	0.1
71	2	L	4438	0.1
72	1	F	4322	0.12
72	2	M	4322	0.12
73	1	F	4445	0.09
73	2	N	4445	0.09
74	1	F	4373	0.11
74	2	O	4373	0.11
75	1	F	4314	0.13
75	2	P	4314	0.13
76	1	G	4364	0.13
76	2	H	4364	0.13
77	1	G	4466	0.11
77	2	I	4466	0.11
78	1	G	4341	0.12
78	2	J	4341	0.12
79	1	G	4440	0.1
79	2	K	4440	0.1
80	1	G	4459	0.1
80	2	L	4459	0.1
81	1	G	4366	0.12
81	2	M	4366	0.12
82	1	G	4374	0.12
82	2	N	4374	0.12
83	1	G	4558	0.1
83	2	O	4558	0.1
84	1	G	4389	0.12
84	2	P	4389	0.12
85	1	H	4326	0.12
85	2	I	4326	0.12
86	1	H	4212	0.13
86	2	J	4212	0.13
87	1	H	4277	0.12
87	2	K	4277	0.12
88	1	H	4289	0.12
88	2	L	4289	0.12
89	1	H	4428	0.11
89	2	M	4428	0.11
90	1	H	4283	0.13
90	2	N	4283	0.13
91	1	H	4351	0.12
91	2	O	4351	0.12
92	1	H	4490	0.1
92	2	P	4490	0.1
93	1	I	4309	0.11
93	2	J	4309	0.11
94	1	I	4422	0.09
94	2	K	4422	0.09
95	1	I	4487	0.08
95	2	L	4487	0.08
96	1	I	4349	0.11
96	2	M	4349	0.11
97	1	I	4440	0.1
97	2	N	4440	0.1
98	1	I	4417	0.1
98	2	O	4417	0.1
99	1	I	4345	0.12
99	2	P	4345	0.12
100	1	J	4244	0.11
100	2	K	4244	0.11
101	1	J	4319	0.1
101	2	L	4319	0.1
102	1	J	4225	0.12
102	2	M	4225	0.12
103	1	J	4309	0.1
103	2	N	4309	0.1
104	1	J	4283	0.12
104	2	O	4283	0.12
105	1	J	4198	0.13
105	2	P	4198	0.13
106	1	K	4389	0.09
106	2	L	4389	0.09
107	1	K	4321	0.1
107	2	M	4321	0.1
108	1	K	4354	0.1
108	2	N	4354	0.1
109	1	K	4395	0.09
109	2	O	4395	0.09
110	1	K	4285	0.12
110	2	P	4285	0.12
111	1	L	4316	0.11
111	2	M	4316	0.11
112	1	L	4371	0.1
112	2	N	4371	0.1
113	1	L	4414	0.1
113	2	O	4414	0.1
114	1	L	4304	0.12
114	2	P	4304	0.12
115	1	M	4306	0.12
115	2	N	4306	0.12
116	1	M	4337	0.12
116	2	O	4337	0.12
117	1	M	4422	0.11
117	2	P	4422	0.11
118	1	N	4335	0.11
118	2	O	4335	0.11
119	1	N	4276	0.13
119	2	P	4276	0.13
120	1	O	4338	0.12
120	2	P	4338	0.12

LS精密化 シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.321	531	-
Rwork	0.282	9484	-
all	-	10015	-
obs	-	-	95.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 153
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 153
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 153
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 153
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	2 - 153
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 153
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	2 - 153
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	2 - 153
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	2 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	2 - 153
15	X-RAY DIFFRACTION	15	O	2 - 153
16	X-RAY DIFFRACTION	16	P	2 - 153