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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v8l | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ara h 8.0201 | ||||||
![]() | Ara h 8 allergen isoform | ||||||
![]() | ALLERGEN / peanut / PR-10 | ||||||
機能・相同性 | ![]() abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201 著者: Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 243.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 197.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 269.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 269.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16432.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Ahy_Scaffold6g108211 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-DCR / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 40882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 35.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.866 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.424 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6V8H 解像度: 1.95→24.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.403 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.18 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 135.29 Å2 / Biso mean: 56.433 Å2 / Biso min: 30.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→24.1 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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