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- PDB-6v8l: Crystal structure of Ara h 8.0201 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8l
タイトルCrystal structure of Ara h 8.0201
要素Ara h 8 allergen isoform
キーワードALLERGEN / peanut / PR-10
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
icosanoic acid / Ara h 8 allergen isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ara h 8.0201
著者: Pote, S. / Offermann, L.R. / Hurlburt, B.K. / McBride, J.K. / Chruszcz, M.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ara h 8 allergen isoform
B: Ara h 8 allergen isoform
C: Ara h 8 allergen isoform
D: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4279
ポリマ－65,7304
非ポリマー6975
水4,630257
1
A: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5292
ポリマ－16,4321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5292
ポリマ－16,4321
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6253
ポリマ－16,4321
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ara h 8 allergen isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7452
ポリマ－16,4321
非ポリマー3131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.913, 110.565, 65.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 153 / Label seq-ID: 2 - 153

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Ara h 8 allergen isoform


分子量: 16432.467 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ahy_Scaffold6g108211 / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0YIU5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DCR / icosanoic acid


分子量: 312.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H40O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 2.4M Ammonium Sulfate, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. obs: 40882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 35.4
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2067 / CC1/2: 0.866 / CC star: 0.963 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.424 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V8H

6v8h


解像度: 1.95→24.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.403 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.18
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 1988 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.2201 38798 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.29 Å2 / Biso mean: 56.433 Å2 / Biso min: 30.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0 Å21.51 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→24.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4460 0 28 257 4745
Biso mean--86.38 55.92 -
残基数----598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0134569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0174245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.6496210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.31.589916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43226.429168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0315749
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02792
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A41160.09
12B41160.09
21A43200.07
22C43200.07
31A42680.09
32D42680.09
41B43070.1
42C43070.1
51B43610.08
52D43610.08
61C44900.09
62D44900.09
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 133 -
Rwork0.297 2897 -
all-3030 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.19343.126-1.863518.2834-5.84413.36720.06610.3463-0.2817-0.41150.44571.60880.0114-0.2706-0.51180.02030.0036-0.04840.12760.03320.24791.30347.789.129
23.78824.53635.896111.02012.401413.14370.6860.0796-0.35431.64740.35010.06220.47570.058-1.03621.06760.0170.02220.55130.02610.25616.07149.61324.861
32.4281.5641.755119.26350.0513.46740.0197-0.39490.162.93220.40662.019-0.4257-0.1862-0.42630.51230.10910.36880.32850.08130.33680.06959.44917.746
43.63731.0866-0.441417.4091-3.68851.4144-0.01670.164-0.15990.03520.1216-0.48420.0156-0.0909-0.10490.00160.0069-0.00890.1526-0.00520.09417.96954.1989.586
50.8186-1.75010.719615.2241-5.93633.285-0.04860.08550.04010.4793-0.1069-0.3651-0.17110.09190.15550.0817-0.0126-0.07030.1878-0.02570.09020.02531.30458.8
63.0442-2.40380.50199.0869-0.24663.47690.35110.5101-0.3625-1.89010.07681.120.48970.0171-0.42780.4803-0.0445-0.29040.4115-0.06170.2004-5.31126.54842.424
719.306-11.9641-16.270320.7165-6.420534.20730.46221.3794-0.1211-0.1656-1.4404-0.6908-0.5585-0.42610.97810.1560.09150.00650.2853-0.10410.36727.44915.15651.754
81.6076-0.1261-0.12029.4118-2.22262.71810.04010.1683-0.1813-0.4720.0295-0.16090.0870.1033-0.06970.0806-0.0126-0.04130.2283-0.04130.0730.84229.25152.119
94.2672-1.9019-0.048914.6325-0.84411.7948-0.19160.02740.77120.88060.2276-0.9165-0.21060.0252-0.0360.07420.0205-0.07250.15630.05120.25216.98735.27214.358
1012.4801-4.9336-5.63887.28422.14673.9892-0.29360.0260.04651.69490.2838-0.35060.0348-0.00510.00980.60540.1444-0.10750.24030.03440.037314.90723.99224.94
116.77421.9296-3.660414.8943-2.14134.3952-0.1052-0.39470.28310.69840.0964-1.38430.18980.25310.00880.07050.0075-0.10.23980.02770.210120.81824.92814.37
122.7877-1.50.435715.63261.24930.8508-0.08570.32410.2447-0.2968-0.08640.5636-0.0459-0.07110.17220.0369-0.0241-0.06270.19760.06840.12711.68128.51510.046
131.7856-5.2162-0.935127.19127.59442.6124-0.0133-0.0673-0.02760.35970.0228-0.17680.0495-0.0898-0.00950.17090.01950.02750.22410.050.14974.39954.95860.397
140.14870.42730.54897.6148-1.05763.4115-0.17820.0017-0.0905-1.33690.2153-0.702-0.1644-0.001-0.03710.3705-0.04230.19680.31130.02960.157710.42155.41342.15
152.5782-2.5125-0.735512.19411.9911.5552-0.0219-0.0345-0.01130.05550.05210.0833-0.1038-0.0835-0.03020.040.02030.01240.21850.06970.02364.94757.03755.26
164.589-5.2594-3.287813.25275.9024.3423-0.22050.05680.1474-0.56440.11430.12660.1459-0.01360.10620.2147-0.0290.00560.20180.04380.0443.52647.29944.838
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3A42 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4A93 - 153
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6B14 - 86
7X-RAY DIFFRACTION7B91 - 94
8X-RAY DIFFRACTION8B95 - 153
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 37
10X-RAY DIFFRACTION10C38 - 69
11X-RAY DIFFRACTION11C70 - 91
12X-RAY DIFFRACTION12C92 - 153
13X-RAY DIFFRACTION13D2 - 10
14X-RAY DIFFRACTION14D11 - 91
15X-RAY DIFFRACTION15D92 - 132
16X-RAY DIFFRACTION16D133 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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