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- PDB-6v8g: GltPh mutant - Y204L A345V V366A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8g
タイトルGltPh mutant - Y204L A345V V366A
要素Glutamate transporter homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / aspartate transporter / substrate bound / fast mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / Glutamate transporter homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Boudker, O. / Huysmans, G.H.M.
資金援助 米国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN フランス
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: The high-energy transition state of the glutamate transporter homologue GltPh.
著者: Huysmans, G.H.M. / Ciftci, D. / Wang, X. / Blanchard, S.C. / Boudker, O.
履歴
登録2019年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate transporter homolog
B: Glutamate transporter homolog
C: Glutamate transporter homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,38215
ポリマ－133,7763
非ポリマー60612
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.416, 109.416, 305.227
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain 'A' and (resid 12 through 416 or resid 501 through 503))
221(chain 'B' and (resid 12 through 416 or resid 501 through 503))
331(chain 'C' and (resid 12 through 416 or resid 501 through 503))

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.418290921611, 0.79131385098, 0.445931714666), (-0.882826475641, -0.469669025291, 0.00533109642688), (0.213658884217, -0.391450374797, 0.895051107628)-0.838689671478, -53.3663543271, -7.20305318757
2given(-0.423621518811, -0.878334715474, 0.221524121473), (0.786760685784, -0.477964676436, -0.390585959021), (0.448945912228, 0.00882585254081, 0.893515345263)-45.5505971513, -27.4465615302, 7.26988645315

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要素

#1: タンパク質 Glutamate transporter homolog / Glt(Ph) / Sodium-aspartate symporter Glt(Ph) / Sodium-dependent aspartate transporter


分子量: 44591.930 Da / 分子数: 3 / 変異: Y204L, A345V, V366A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3) (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium citrate, PEG 400 / PH範囲: 4.75 - 4.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.375→47.38 Å / Num. obs: 30612 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 114.03 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.03574 / Rrim(I) all: 0.1212 / Net I/σ(I): 10.87
反射 シェル解像度: 3.375→3.496 Å / Num. unique obs: 2964 / CC1/2: 0.787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2nwx

2nwx


解像度: 3.38→47.38 Å / SU ML: 0.4226 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.3006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1400 4.58 %
Rwork0.2324 29166 -
obs0.2336 30566 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 132.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.38→47.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8643 0 36 0 8679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00248814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.453112018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03871548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1.87455178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.38-3.50.38711560.33212800X-RAY DIFFRACTION98.4
3.5-3.640.30841270.27742909X-RAY DIFFRACTION99.84
3.64-3.80.28141370.24872868X-RAY DIFFRACTION99.8
3.8-40.30061190.2432881X-RAY DIFFRACTION99.83
4-4.250.26651580.21432880X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.580.2041570.18522886X-RAY DIFFRACTION99.84
4.58-5.040.22451460.17972891X-RAY DIFFRACTION99.84
5.04-5.770.25141020.21052999X-RAY DIFFRACTION99.97
5.77-7.260.27651480.25842975X-RAY DIFFRACTION100
7.26-47.380.24841500.2473077X-RAY DIFFRACTION98.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.157533715390.1627818305160.8273565701121.41684195547-0.1252808885133.772565789940.2255340012230.205972554283-0.159008635441-0.268882496591-0.0140230584044-0.09863516268410.910042719331.10894724115-0.2288705079591.119584242060.1845690216520.09828107561390.865490713424-0.09690584438790.6184097021362.74563203086-26.4455492603-32.5566216425
29.003061458894.543389306666.660053084854.843082172757.46582410911.999998201762.23091550123-2.51633774608-1.963104635290.4288395365590.9790471419150.7294755416882.31584850738-4.78769734267-3.210366385042.06886613793-0.6788662452961.041805751721.66124941656-0.1466650241872.991861000443.91017328834-26.0387975051-26.9708268651
30.876591713845-0.120635734093-0.4396834138131.57273375912-0.2438166830992.483393389210.180768342661-0.01693532460350.179322385054-0.140768825788-0.0557088128789-0.0540897831598-1.05747724472-0.77502379554-0.00836078556161.064357588320.1707578272820.009569640071580.9359817512220.04954076610980.67431692007-30.68282289620.117767116089-20.9513246323
45.676730772197.009089049361.48922949678.690850273192.712515453751.99999608396-0.738715619830.2638189822820.8165204628961.36328296848-1.55941988906-0.834849974679-1.590054891650.7949207147642.315744416761.689084237250.5100438326580.1422920904171.496622255510.07549300523313.37289017296-30.3298736861-1.33783504003-15.431825862
51.856163576190.512138249973-0.006679285680972.539626689920.2153659152051.979318339820.129954220192-0.345564349659-0.0133707948406-0.1116951367650.183434757070.4695811574830.977863150279-1.469246590440.2537847798261.39668007309-0.60748114076-0.2124926690931.164787107390.01374391639910.623861126747-37.5508349914-43.2508638915-25.2764062294
67.307132838736.45601948873-3.720415234549.05349956422-9.975536036291.999996814580.220105674505-0.156483681162-0.4003683952960.51337891291-0.67401594659-1.67187089647-0.4258412146250.5420885715810.4673807615922.66402935863-0.6203822184270.8612571803811.30260267433-0.3699871680612.99218936167-35.2150144513-44.4169686643-20.1874768049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 12 through 416)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 503 through 503)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 12 through 416)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'B' and resid 503 through 503)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'C' and resid 12 through 416)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'C' and resid 503 through 503)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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