PDB-6v8c: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v8c

タイトル

Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Human Ornithine Aminotransferase (hOAT) / Mechanism Based Inactivator / PLP Hepatocellular Carcinoma (HCC)

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design, Synthesis, and Mechanism of Fluorine-substituted Cyclohexene Analogues of GAMA-Aminobutyric Acid (GABA) as Selective Ornithine Aminotransferase Inactivators
著者: Zhu, W. / Doubleday, P.T. / Catlin, D.S. / Weerawarna, P. / Butrin, A. / Shen, S. / Kelleher, N.L. / Liu, D. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2019年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6v8c.ent.gz	404.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6v8c_full_validation.pdf.gz	377.9 KB	表示
XML形式データ	6v8c_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	6v8c_validation.cif.gz	18.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/6v8c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6v8dC 1oatS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2byj-1 2can-2 2can-1 6v8d-2 1oat-2 2byj-2 7jx9-2 6hx7-3 6oia-2 1oat-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, assay for oligomerization
90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.782, 193.782, 57.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-644- HOH
2	1	A-832- HOH
3	1	A-851- HOH
4	1	A-855- HOH
5	1	B-811- HOH
6	1	B-864- HOH
7	1	B-882- HOH
8	1	B-885- HOH
9	1	C-811- HOH
10	1	C-835- HOH
11	1	C-846- HOH
12	1	C-850- HOH

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-QRM / 3-aminocyclohexa-1,3-diene-1-carboxylic acid 分子量: 139.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16.5% PEG 1000 240 mM NaCl 25% glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→27.99 Å / Num. obs: 92236 / % possible obs: 96.22 % / 冗長度: 18.4 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 1.34
反射シェル	解像度: 1.9→1.92 Å / Num. unique obs: 2515 / CC_1/2: 0.932

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MOLREP		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat

解像度: 1.9→27.97 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2675	4653	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2386	-	-	-
obs	0.2401	92236	96.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.14 Å² / B_iso mean: 24.5382 Å² / B_iso min: 3.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→27.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9475	0	75	810	10360
B_iso mean	-	-	17.85	29.98	-
残基数	-	-	-	-	1212

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3776	-0.5143	-1.1472	3.3059	-0.6247	2.4915	0.1027	-0.0967	0.7696	-0.0359	0.2099	-0.5865	-0.5361	0.3436	-0.2222	0.3275	0.0124	0.1353	0.2621	0.0141	0.5469	-14.1251	42.686	-21.688
2	1.6311	0.6098	0.6987	1.0151	0.2947	2.619	0.2166	0.0248	0.4527	0.0132	0.0067	-0.195	-0.4237	0.1036	-0.183	0.3617	0.0593	0.1668	0.241	0.0147	0.5321	-19.476	44.6959	-14.2498
3	2.5381	0.7091	0.8067	1.4315	0.4046	2.6248	0.2814	-0.6511	-0.2739	0.3617	-0.2188	0.422	0.3662	-0.195	-0.0735	0.2764	-0.108	0.0348	0.4539	0.0712	0.3075	-17.4593	73.7256	24.1145
4	2.7388	-0.0386	-0.0615	0.6162	0.0972	0.6279	0.1112	-0.1289	-0.4543	-0.0594	-0.0712	0.1566	0.198	-0.1322	-0.0232	0.3326	-0.0608	-0.0787	0.2537	0.0039	0.3964	-14.1061	64.3109	6.9266
5	1.6731	-0.5827	0.5136	1.0158	-0.2356	0.7888	0.0773	0.1373	0.0658	-0.0639	-0.0712	-0.0525	0.0519	0.1073	-0.0038	0.1587	-0.0058	0.004	0.1901	0.0044	0.1756	-0.7743	88.9854	-0.4622
6	3.3554	0.4638	0.5528	2.5864	0.0121	1.5721	0.1435	0.3028	0.0828	-0.0449	-0.2392	-0.0292	0.0224	0.027	0.0824	0.1376	0.0029	0.0034	0.2423	0.0163	0.1407	-10.0707	92.9377	-9.5135
7	1.8053	-0.4512	0.623	1.0522	-0.7651	1.3445	0.178	0.2499	-0.2361	-0.1858	-0.0856	0.0163	0.3123	0.0781	-0.0775	0.235	0.0307	-0.0095	0.2155	-0.0379	0.1757	-2.0319	77.3067	-4.8159
8	3.017	0.6654	1.1171	2.5101	-0.9753	2.1685	0.1209	0.0081	0.2387	0.1233	0.121	0.7365	-0.0571	-0.5557	-0.1402	0.222	-0.0531	-0.0282	0.3379	0.0118	0.4529	-29.9233	78.341	-2.533
9	2.2004	-1.0274	-1.0554	0.821	0.2627	2.7837	0.1163	-0.0824	-0.0646	-0.0899	0.0278	0.146	0.0896	-0.3833	-0.1111	0.2698	-0.1004	-0.0663	0.3022	0.0282	0.3914	-28.9625	72.6517	4.8828
10	1.0582	-0.4839	0.0087	0.2351	-0.128	1.0486	-0.0754	-0.258	-0.0298	0.2423	0.1734	-0.2466	0.0318	0.3899	-0.0098	0.1102	0.1225	-0.1138	0.3254	-0.0401	0.1039	-55.1594	59.8593	14.549
11	0.3976	-0.1979	0.072	0.4617	0.2109	0.1832	0.0223	-0.049	0.0692	-0.0025	0.1993	-0.3053	-0.0276	0.2336	-0.0003	-0.0772	-0.057	0.0227	0.2344	-0.127	0.2265	-48.7719	68.0038	-2.5927
12	0.3279	-0.003	-0.0977	1.3624	0.4861	0.4992	0.0493	0.0337	-0.0151	-0.2432	-0.0162	0.0651	-0.101	0.0495	0.0014	0.0848	-0.0026	0.0071	0.0761	-0.0092	0.0042	-74.5064	63.955	-13.4447
13	1.3485	-0.4007	0.0902	1.148	0.6268	0.6754	0.1131	0.0538	-0.191	-0.1685	0.0806	-0.1319	-0.0137	0.1805	-0.0157	0.0695	-0.0315	0.06	0.1127	-0.0179	0.0611	-60.0813	61.9859	-11.8557
14	0.9306	-0.3324	0.1809	1.0463	-0.2538	1.4601	0.0399	-0.0045	-0.2164	0.0313	0.1342	-0.3027	0.2233	0.2595	0.0354	0.0339	0.0653	-0.0088	0.2166	-0.1127	0.2225	-48.421	50.5029	-4.6735
15	0.7453	0.122	0.5791	2.7291	-0.4796	2.8513	-0.0581	-0.2815	0.4934	0.7624	0.1815	0.0031	-0.4112	-0.2617	-0.1211	0.4702	0.0122	0.0994	0.2509	-0.0711	0.3244	-24.3031	34.2054	5.0368
16	1.2307	0.9626	-0.1027	1.7176	-0.2155	0.5102	0.183	0.0924	0.4513	0.1719	0.022	0.2966	-0.1864	-0.1015	-0.1815	0.2906	0.1224	0.1189	0.2803	0.0809	0.4558	-34.1322	35.9878	-12.1814
17	1.5219	0.4932	-0.4098	0.8816	-0.363	0.7305	-0.0541	0.1242	-0.0499	-0.096	0.0912	-0.0128	0.0519	-0.0921	-0.0321	0.1637	0.0142	0.0088	0.1646	0.0011	0.1465	-19.4382	12.109	-19.5253
18	2.28	0.1067	-0.2973	3.1578	-0.2775	0.8351	-0.2387	0.1709	-0.0491	-0.1196	0.1707	-0.1092	0.0441	-0.0459	0.0584	0.217	-0.0091	0.0266	0.1703	-0.0023	0.1391	-11.4037	18.1085	-28.5985
19	1.4661	0.3871	-0.911	1.52	-0.3104	1.1973	-0.048	0.3074	0.1579	-0.1483	0.1745	0.208	-0.0592	-0.2844	-0.1226	0.1968	0.0284	-0.0287	0.2748	0.0426	0.179	-28.9493	19.0045	-23.89

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 345 through 389 )	C	345 - 389
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 390 through 439 )	C	390 - 439
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 61 )	A	36 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 105 )	A	62 - 105
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 106 through 220 )	A	106 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 221 through 263 )	A	221 - 263
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 264 through 344 )	A	264 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 345 through 389 )	A	345 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 390 through 439 )	A	390 - 439
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 36 through 61 )	B	36 - 61
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 62 through 106 )	B	62 - 106
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 107 through 295 )	B	107 - 295
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 296 through 389 )	B	296 - 389
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 390 through 439 )	B	390 - 439
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 36 through 61 )	C	36 - 61
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 62 through 105 )	C	62 - 105
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 106 through 220 )	C	106 - 220
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 221 through 263 )	C	221 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 264 through 344 )	C	264 - 344

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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