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- PDB-6v88: Solution NMR structure of Dictyostelium discoideum Skp1A (truncat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v88
タイトルSolution NMR structure of Dictyostelium discoideum Skp1A (truncated) dimer
要素SCF ubiquitin ligase complex protein SKP1a
キーワードPROTEIN BINDING / Ubiquitin ligase E3 SCF complex Skp1
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic SCF ubiquitin ligase complex / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Neddylation / Iron uptake and transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / sorocarp development / F-box domain binding / WD40-repeat domain binding ...cytoplasmic SCF ubiquitin ligase complex / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Neddylation / Iron uptake and transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / sorocarp development / F-box domain binding / WD40-repeat domain binding / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / cell cortex / protein ubiquitination / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family ...SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SCF ubiquitin ligase complex protein SKP1a
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kim, H.W. / Eletsky, A. / West, C.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM037539 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM084383 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103390 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Skp1 Dimerization Conceals Its F-Box Protein Binding Site.
著者: Kim, H.W. / Eletsky, A. / Gonzalez, K.J. / van der Wel, H. / Strauch, E.M. / Prestegard, J.H. / West, C.M.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCF ubiquitin ligase complex protein SKP1a
B: SCF ubiquitin ligase complex protein SKP1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9982
ポリマ－25,9982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Sedimentation velocity
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1490 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 SCF ubiquitin ligase complex protein SKP1a / Glycoprotein FP21 isoform A


分子量: 12998.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: fpaA, fp21A, fpa1, fpa1A, skp1A, DDB_G0269230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52285

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D [15N, 1H]-HSQC
121isotropic12D [13C, 1H] CT-HSQC aliphatic
131isotropic12D [13C, 1H] CT-HSQC aromatic
141isotropic13D 13C/15N-edited [1H,1H] NOESY
151isotropic13D TROSY-HN(CA)CB
161isotropic13D (H)CCH-COSY aromatic
171isotropic13D (H)CCH-COSY aliphatic
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY aliphatic
191isotropic23D 13C/15N-filtered 13C/15N-edited [1H,1H] NOESY
1141isotropic23D CBCA(CO)NH
1131isotropic23D HBHA(CO)NH
1121isotropic23D HNCO
1151isotropic23D (HCA)CONH
1111isotropic22D long-range [15N, 1H]-HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-90% 13C; U-90% 15N] DDSkp1, 50 mM MES, 50 mM NaCl, 5 mM DTT, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_DDSkp1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDDSkp1[U-90% 13C; U-90% 15N]1
50 mMMESnatural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.05 %sodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: DDSkp1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Agilent VNMRSAgilentVNMRS6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
VNMRVariancollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 12 / 詳細: Refinement in explicit water bath
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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