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- PDB-6v84: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v84
タイトルCFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALAc
要素
  • Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
  • LyCALAc
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/INHIBITOR / PDZ domain / Inhibitor / Complex / Peptidomimetic / PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...negative regulation of anion channel activity / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi-associated vesicle membrane / Golgi to plasma membrane transport / apical protein localization / molecular sequestering activity / trans-Golgi network transport vesicle / RHOQ GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / Golgi membrane / lysosomal membrane / dendrite / Golgi apparatus / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gill, N.P. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK101541 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK117469 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008704 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CFTR Associated Ligand (CAL) PDZ domain bound to peptidomimetic LyCALAc
著者: Gill, N.P.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: LyCALAc
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: LyCALAc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4269
ポリマ－20,9664
非ポリマー4605
水4,035224
1
A: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
C: LyCALAc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7595
ポリマ－10,4832
非ポリマー2763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5620 Å2
手法PISA
2
B: Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein
D: LyCALAc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6674
ポリマ－10,4832
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.568, 47.741, 97.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Golgi-associated PDZ and coiled-coil motif-containing protein / CFTR-associated ligand / Fused in glioblastoma / PDZ protein interacting specifically with TC10 / PIST


分子量: 9353.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOPC, CAL, FIG / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9HD26
#2: タンパク質・ペプチド LyCALAc


分子量: 1129.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Engineered / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5.5 mg/mL CAL PDZ, 1 mM LyCALAc peptide, 35% (w/v) PEG 8000, 150 mM NaCl, 100 mM Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.8263 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8263 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 20936 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 5.59 % / Biso Wilson estimate: 14.19 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 14.45
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
7-105.330.05225.262050.9970.05898.1
5-75.480.06223.565120.9940.06997.3
4.62-55.410.0625.952010.9960.06793.5
3.28-4.625.440.06624.3217450.9930.07496.7
2.68-3.285.950.08821.6822490.9920.09798.4
2.32-2.685.940.11218.0626410.990.12398.4
2.08-2.325.630.11515.4428860.990.12798.6
1.9-2.085.910.1513.0731990.9850.16597.8
1.75-1.95.990.228.9637300.9720.24297.7
1.64-1.754.490.2985.3734600.9440.33691.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVersion Novermber 1, 2016データ削減
XSCALEVersion Novermber 1, 2016データスケーリング
PHENIXv1.17.1-3660位相決定
PHENIXv1.17.1-3660モデル構築
PHENIXv1.17.1-3660精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NMO

4nmo


解像度: 1.64→34.24 Å / SU ML: 0.1863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.6707
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 1060 5.07 %
Rwork0.1797 --
obs0.1813 20925 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→34.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1431 0 30 224 1685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3042032
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0865236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.8789576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.710.38331060.28212307X-RAY DIFFRACTION90.54
1.71-1.810.22111590.21172383X-RAY DIFFRACTION96.58
1.81-1.920.21581060.18772494X-RAY DIFFRACTION97.31
1.92-2.070.20021590.17682454X-RAY DIFFRACTION97.94
2.07-2.270.1951060.16822538X-RAY DIFFRACTION98.11
2.27-2.60.2371590.18512504X-RAY DIFFRACTION98.81
2.6-3.280.19741060.17392573X-RAY DIFFRACTION98.17
3.28-34.240.19741590.16392612X-RAY DIFFRACTION96.42

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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