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- PDB-6v7z: Human CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with VH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7z
タイトルHuman CD1d presenting alpha-Galactosylceramide in complex with VHH nanobody 1D22
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
  • Nanobody VHH ID22
キーワードIMMUNE SYSTEM / lipid / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGH / beta-D-glucopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Shahine, A. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat Cancer / 年: 2020
タイトル: A single-domain bispecific antibody targeting CD1d and the NKT T-cell receptor induces a potent antitumor response.
著者: Shahine, A. / Rossjohn, J.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
E: Nanobody VHH ID22
F: Nanobody VHH ID22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,34120
ポリマ－127,9326
非ポリマー4,41014
水1,15364
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
F: Nanobody VHH ID22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,37712
ポリマ－63,9663
非ポリマー2,4119
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
D: Beta-2-microglobulin
E: Nanobody VHH ID22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9648
ポリマ－63,9663
非ポリマー1,9985
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.717, 121.933, 172.136
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 6 and (name N or name...
21(chain C and ((resid 6 and (name N or name...
12(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...
22(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...
13(chain E and (resid 1 through 2 or (resid 3...
23(chain F and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 6 and (name N or name...A6
121(chain A and ((resid 6 and (name N or name...A4 - 289
131(chain A and ((resid 6 and (name N or name...A4 - 289
141(chain A and ((resid 6 and (name N or name...A4 - 289
151(chain A and ((resid 6 and (name N or name...A4 - 289
211(chain C and ((resid 6 and (name N or name...C6
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241(chain C and ((resid 6 and (name N or name...C6 - 277
251(chain C and ((resid 6 and (name N or name...C6 - 277
112(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...B1 - 2
122(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...B0 - 98
132(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...B0 - 98
142(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...B0 - 98
152(chain B and ((resid 1 through 2 and (name N...B0 - 98
212(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...D1 - 2
222(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...D1 - 97
232(chain D and ((resid 1 through 2 and (name N...D1 - 97
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113(chain E and (resid 1 through 2 or (resid 3...E1 - 2
123(chain E and (resid 1 through 2 or (resid 3...E3
133(chain E and (resid 1 through 2 or (resid 3...E1 - 117
143(chain E and (resid 1 through 2 or (resid 3...E1 - 117
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213(chain F and ((resid 1 and (name N or name...F1
223(chain F and ((resid 1 and (name N or name...F1 - 117
233(chain F and ((resid 1 and (name N or name...F1 - 117
243(chain F and ((resid 1 and (name N or name...F1 - 117
253(chain F and ((resid 1 and (name N or name...F1 - 117

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 39471.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

-
抗体 , 1種, 2分子 EF

#3: 抗体 Nanobody VHH ID22


分子量: 12614.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMEK219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1

-
糖 , 6種, 8分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-AGH / N-{(1S,2R,3S)-1-[(ALPHA-D-GALACTOPYRANOSYLOXY)METHYL]-2,3-DIHYDROXYHEPTADECYL}HEXACOSANAMIDE / KRN-7000


タイプ: D-saccharide / 分子量: 858.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C50H99NO9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 70分子

#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#11: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#13: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 29% (v/v) PEG3350, 0.2M ammonium sulphate, 0.1M Bis-Tris (pH 5.3), 3% (v/v) glucose monohydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.78 Å / Num. obs: 37944 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.0036 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.842 / Rpim(I) all: 0.0328 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PO6, 3P0G

2po6

3p0g


解像度: 2.75→45.309 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.22
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1860 4.91 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1891 37863 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 194.9 Å2 / Biso mean: 78.8145 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→45.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7525 0 294 66 7885
Biso mean--85.42 65.4 -
残基数----967
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2038X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
12C2038X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
21B809X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
22D809X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
31E929X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
32F929X-RAY DIFFRACTION9.137TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.75-2.82440.36041330.2742748
2.8244-2.90740.35371510.26732710
2.9074-3.00130.34761480.24642709
3.0013-3.10850.33841390.24372733
3.1085-3.23290.32391500.23852732
3.2329-3.380.31961460.21162752
3.38-3.55820.25221270.19252750
3.5582-3.7810.26831330.18272769
3.781-4.07280.20881330.1692759
4.0728-4.48230.19021680.14052757
4.4823-5.13010.17531270.12982813
5.1301-6.46040.23451370.18282825
6.4604-45.3090.2811680.20532946
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1097-0.53860.02342.45860.76666.9167-0.2648-0.26740.17760.01810.27240.3885-0.1753-0.6903-0.00430.35520.027-0.04090.37980.07340.46154.364-6.733-21.841
23.50870.90461.70031.6319-0.1493.0528-0.0266-0.2627-0.03980.1665-0.15-0.2467-0.02370.33480.15220.46940.065-0.0180.36420.05520.396332.348-6.719-2.988
32.69350.76070.65195.07060.78743.50990.1846-0.422-0.58870.5964-0.0239-0.3640.4217-0.0847-0.11690.43750.0281-0.02980.37120.10220.5322.134-22.514-5.857
40.8610.51330.71013.40491.31384.4795-0.3001-0.47110.12620.23250.02280.12590.14240.35810.26840.46880.21320.05720.7297-0.0850.44622.938-41.073-32.645
54.3642-0.591-1.13553.92110.71985.1465-0.0969-0.60240.1614-0.19030.0805-0.4153-0.17880.8096-0.02270.42630.0562-0.00820.4701-0.08550.37329.925-40.892-45.077
63.60431.5153-1.27371.123-0.27031.4918-0.4466-0.7199-0.52420.26470.36670.29030.435-0.59790.08520.88230.24570.33451.1340.28250.798515.13-63.419-22.885
75.9798-0.7144-4.27614.74082.03377.5264-0.00960.38170.1111-0.0988-0.0314-0.1404-0.1336-0.3210.02120.515-0.0644-0.14460.3803-0.02890.43124.888-50.15-67.874
84.788-0.3334-1.80113.9015-1.12339.5375-0.2440.7013-0.0417-0.56090.6758-0.15490.1751-0.0212-0.37220.6191-0.2389-0.07460.5877-0.05290.527414.09-12.866-52.446
92.1997-0.747-0.00293.08810.02241.799-0.9343-1.1285-0.70830.41770.74970.29560.54080.04290.17951.07520.55350.30961.180.27820.862834.89-68.699-17.698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:174 )A4 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 175:278 )A175 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 0:98 )B0 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 6:107 )C6 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 109:169 )C109 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 1:97 )D1 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN E AND RESID 1:117 )E1 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN F AND RESID 1:117 )F1 - 117
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 170:277 )C170 - 277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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