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- PDB-6v7w: Crystal structure of LasR-Aqs1 complex from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7w
タイトルCrystal structure of LasR-Aqs1 complex from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
  • Transcriptional regulator LasR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/Viral protein / Prophage protein / quorum sensing / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-Viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of elastin catabolic process / quorum sensing / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / Transcriptional regulator LasR / Uncharacterized protein / Transcriptional activator protein LasR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shah, M. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-136845 カナダ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: A phage-encoded anti-activator inhibits quorum sensing in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Shah, M. / Taylor, V.L. / Bona, D. / Tsao, Y. / Stanley, S.Y. / Pimentel-Elardo, S.M. / McCallum, M. / Bondy-Denomy, J. / Howell, P.L. / Nodwell, J.R. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcriptional regulator LasR
A: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
C: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
E: Transcriptional regulator LasR
D: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
F: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4878
ポリマ－83,8936
非ポリマー5952
水19811
1
B: Transcriptional regulator LasR
A: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
C: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2444
ポリマ－41,9463
非ポリマー2971
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Transcriptional regulator LasR
D: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
F: QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2444
ポリマ－41,9463
非ポリマー2971
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.975, 100.438, 106.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSTHRTHR(chain 'A' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))AB7 - 297 - 29
121ASNASNARGARG(chain 'A' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))AB36 - 6136 - 61
211LYSLYSTHRTHR(chain 'C' and resid 7 through 61)CC7 - 297 - 29
221ASNASNARGARG(chain 'C' and resid 7 through 61)CC36 - 6136 - 61
311LYSLYSTHRTHR(chain 'D' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))DE7 - 297 - 29
321ASNASNARGARG(chain 'D' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))DE36 - 6136 - 61
411LYSLYSTHRTHR(chain 'F' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))FF7 - 297 - 29
421ASNASNARGARG(chain 'F' and (resid 7 through 30 or resid 36 through 61))FF36 - 6136 - 61
112PHEPHEILEILEchain 'B'BA7 - 2377 - 237
212PHEPHEILEILE(chain 'E' and resid 7 through 238)ED7 - 2377 - 237

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator LasR


分子量: 26647.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: lasR, PA14_45960 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2Z901, UniProt: P25084*PLUS
#2: タンパク質
QUORUM SENSING ANTI-ACTIVATOR PROTEIN AQS1


分子量: 7649.417 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス)
遺伝子: DMS3-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0SML3
#3: 化合物 ChemComp-OHN / N-3-OXO-DODECANOYL-L-HOMOSERINE LACTONE / N-(3-オキソドデカノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 297.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H27NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES:NaOH, pH 7.5 and 30% PEG400, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→73.11 Å / Num. obs: 21677 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 3→3.0381 Å / CC1/2: 1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V7U

6v7u


解像度: 3→73.11 Å / SU ML: 0.4695 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9249
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 3818 9.39 %
Rwork0.2496 --
obs0.2515 21666 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→73.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5427 0 42 11 5480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60387563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.75723323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.040.41751131435X-RAY DIFFRACTION99.87
3.04-3.080.33851491322X-RAY DIFFRACTION99.66
3.08-3.120.39511290.33491395X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.160.36891670.33611325X-RAY DIFFRACTION99.87
3.16-3.210.31681331381X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.260.31531250.30471434X-RAY DIFFRACTION99.87
3.26-3.320.311621285X-RAY DIFFRACTION99.86
3.32-3.370.3441400.29271381X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.430.34961630.3091330X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.50.39071310.30141400X-RAY DIFFRACTION99.87
3.5-3.570.29951470.29531337X-RAY DIFFRACTION99.87
3.57-3.650.3191610.2991343X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.730.28231290.26171388X-RAY DIFFRACTION99.93
3.73-3.830.32271500.27131342X-RAY DIFFRACTION99.93
3.83-3.930.32161300.25861391X-RAY DIFFRACTION99.87
3.93-4.050.32321340.24561368X-RAY DIFFRACTION99.93
4.05-4.180.27291340.25541367X-RAY DIFFRACTION99.87
4.18-4.330.28761580.25061344X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.50.29151300.22861381X-RAY DIFFRACTION99.8
4.5-4.70.23411510.22991357X-RAY DIFFRACTION100
4.7-4.950.2531500.22871345X-RAY DIFFRACTION99.73
4.95-5.260.26351290.22751375X-RAY DIFFRACTION99.93
5.26-5.670.2431621350X-RAY DIFFRACTION100
5.67-6.240.27431350.26121369X-RAY DIFFRACTION100
6.24-7.140.221481371X-RAY DIFFRACTION99.87
7.14-8.990.20991380.19081350X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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