PDB-6v7v: Structure of a phage-encoded quorum sensing anti-activator, Aqs1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v7v

タイトル

Structure of a phage-encoded quorum sensing anti-activator, Aqs1

要素

Quorum sensing anti-activator Aqs1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Prophage protein

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shah, M. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: A phage-encoded anti-activator inhibits quorum sensing in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Shah, M. / Taylor, V.L. / Bona, D. / Tsao, Y. / Stanley, S.Y. / Pimentel-Elardo, S.M. / McCallum, M. / Bondy-Denomy, J. / Howell, P.L. / Nodwell, J.R. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.

履歴

登録	2019年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v7v.cif.gz	151 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v7v.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v7v_validation.pdf.gz	251.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v7v_full_validation.pdf.gz	251.1 KB	表示
XML形式データ	6v7v_validation.xml.gz	994 B	表示
CIF形式データ	6v7v_validation.cif.gz	4.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/6v7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/6v7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v7uSC 6v7wC 6v7xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v7u-d 3uvd-d 6esp-d 1bhl-d 6jrp-2 6wpg-2 6jrp-4 6lui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Quorum sensing anti-activator Aqs1

B: Quorum sensing anti-activator Aqs1

C: Quorum sensing anti-activator Aqs1

D: Quorum sensing anti-activator Aqs1

E: Quorum sensing anti-activator Aqs1

F: Quorum sensing anti-activator Aqs1

45.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Quorum sensing anti-activator Aqs1

B: Quorum sensing anti-activator Aqs1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Quorum sensing anti-activator Aqs1

D: Quorum sensing anti-activator Aqs1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Quorum sensing anti-activator Aqs1

F: Quorum sensing anti-activator Aqs1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.730, 66.120, 73.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Quorum sensing anti-activator Aqs1 分子量: 7533.278 Da / 分子数: 6 / 変異: K24A, E25A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス) 遺伝子: DMS3-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0SML3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate, pH 5.5, 15% ethanol, 0.2M lithium sulphate and 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→45.17 Å / Num. obs: 24477 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.27 Å² / CC_1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 1.92
反射シェル	解像度: 2.3→2.3822 Å / Num. unique obs: 2419 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
MxDC		データ収集
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6V7U

6v7u

解像度: 2.3→45.17 Å / SU ML: 0.279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	1221	4.98 %
R_work	0.205	-	-
obs	0.207	24440	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2735	0	0	100	2835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.784	3777
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.111	1667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	486

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.35	0.3372	138	0.3057	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
2.35-2.4	0.3145	134	0.2705	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4-2.45	0.3042	139	0.2711	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
2.45-2.52	0.33	139	0.2708	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.58	0.2723	130	0.238	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.58-2.66	0.298	142	0.2448	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
2.66-2.75	0.2636	141	0.2324	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.84	0.2782	136	0.2382	2567	X-RAY DIFFRACTION	99
2.84-2.96	0.2506	140	0.2328	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.96-3.09	0.2891	142	0.2268	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.09-3.25	0.274	138	0.2278	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
3.25-3.46	0.2199	144	0.2107	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.46-3.73	0.2583	141	0.182	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.73-4.1	0.2017	139	0.1667	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1-4.69	0.1962	138	0.1622	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-5.91	0.1918	135	0.1764	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
5.91-45.17	0.2107	139	0.1681	2674	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8961	1.8762	-1.1089	4.9159	-2.6145	4.607	0.1581	-0.1442	0.1272	0.1459	-0.2483	-0.1094	-0.4945	0.4444	0.0593	0.2847	-0.0302	-0.0256	0.2495	-0.0108	0.1597	-20.8851	-36.7333	50.0664
2	7.5365	-2.8453	1.2612	7.6117	-2.2382	4.2877	0.0479	0.2478	0.01	-0.1415	-0.0813	-0.0522	-0.0766	0.2289	0.0323	0.3383	-0.0374	-0.0005	0.2635	0.0001	0.1001	-20.4988	-33.7521	39.2886
3	4.2718	-3.6552	-1.5583	4.5378	1.2933	3.272	-0.0257	0.1291	-0.2321	0.137	-0.0759	0.0258	0.508	0.1361	0.1005	0.369	0.0069	-0.0027	0.2587	0.0359	0.153	-21.4406	-29.9547	25.5922
4	7.5932	0.1319	-3.3238	2.5647	0.2733	6.3795	-0.0115	0.0789	0.1579	-0.0206	0.057	0.0717	0.3842	-0.1734	-0.0467	0.3062	0.0364	0.0004	0.2268	-0.0121	0.1246	-18.9111	-31.1923	14.7948
5	3.0116	1.2957	1.5919	0.9535	0.7935	4.3936	-0.2391	-0.3851	0.1536	-0.0728	0.0499	0.1113	-0.1281	-0.6807	0.1508	0.2966	0.021	0.0171	0.2873	-0.0174	0.1736	-15.2442	-32.5617	1.2074
6	5.3662	3.5917	1.8684	5.4942	2.2565	6.6403	-0.1584	0.0653	-0.0431	0.1214	0.2144	-0.0996	-0.071	-0.0062	-0.022	0.2293	0.0155	-0.0223	0.2657	-0.0107	0.1061	-17.6342	-34.1843	-9.516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:63)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESID 1:62)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN C AND RESID 1:62)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN D AND RESID 2:62)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN E AND RESID 1:62)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN F AND RESID 2:62)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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