[日本語] English
万見
- PDB-6v7u: Structure of a phage-encoded quorum sensing anti-activator, Aqs1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7u
タイトルStructure of a phage-encoded quorum sensing anti-activator, Aqs1
要素Quorum sensing anti-activator protein Aqs1
キーワードVIRAL PROTEIN / Prophage protein
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Shah, M. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-136845 カナダ
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: A phage-encoded anti-activator inhibits quorum sensing in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Shah, M. / Taylor, V.L. / Bona, D. / Tsao, Y. / Stanley, S.Y. / Pimentel-Elardo, S.M. / McCallum, M. / Bondy-Denomy, J. / Howell, P.L. / Nodwell, J.R. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2019年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Quorum sensing anti-activator protein Aqs1
B: Quorum sensing anti-activator protein Aqs1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0672
ポリマ－15,0672
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, dimer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.410, 66.410, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Quorum sensing anti-activator protein Aqs1


分子量: 7533.278 Da / 分子数: 2 / 変異: K24A, E25A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas virus DMS3 (ウイルス)
遺伝子: DMS3-3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0SML3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 1M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.6 and 15% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→45.25 Å / Num. obs: 12983 / % possible obs: 99.49 % / 冗長度: 10.8 % / Biso Wilson estimate: 27.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.81
反射 シェル解像度: 2.08→2.2895 Å / Num. unique obs: 1290 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDS1.14_3260データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→45.25 Å / SU ML: 0.2037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.521
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 1191 4.89 %
Rwork0.2134 --
obs0.2156 12960 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数932 0 0 45 977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69251285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0353152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1324569
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.170.30541320.26882537X-RAY DIFFRACTION99.11
2.17-2.290.25261390.24192589X-RAY DIFFRACTION99.34
2.29-2.430.27041320.23672553X-RAY DIFFRACTION99.59
2.43-2.620.28761250.22222595X-RAY DIFFRACTION99.38
2.62-2.880.27231360.22032568X-RAY DIFFRACTION99.74
2.88-3.30.28241270.22142575X-RAY DIFFRACTION99.74
3.3-4.160.24111350.18852574X-RAY DIFFRACTION99.96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8200018792-1.750973448692.188839659712.37184018995-0.1836041148033.46153357821-0.219981311963-0.09453454159720.1648486153360.1808412714460.06393779272750.146925798638-0.437991835405-0.3753162399550.1452662163760.3463569555270.04712261038830.0111286400190.289583904256-0.03163100737880.08507932240423.6564307521636.617712451637.7420426951
27.19169626562.792951551692.749318199294.303927556430.5693744138187.41114011118-0.1189470740650.174744645192-0.125572321232-0.1214952256020.0358016343528-0.135595074746-0.1426861107580.1075437094470.0387893666840.2396425848420.0748859049944-0.002518294952510.2879141044150.01022536987570.08654037263160.94582454130335.830397747626.9366425112
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:63)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 4:62)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る