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万見
- PDB-6v7b: Cryo-EM reconstruction of Pyrobaculum filamentous virus 2 (PFV2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v7b
タイトルCryo-EM reconstruction of Pyrobaculum filamentous virus 2 (PFV2)
要素
  • (A-DNA) x 2
  • Structural protein VP1
  • Structural protein VP2
キーワードVIRUS / helical symmetry / archaeal pilus / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性virion component / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Major capsid protein 1 / Major capsid protein 2
機能・相同性情報
生物種Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, F. / Baquero, D.P. / Su, Z. / Prangishvili, D. / Krupovic, M. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Virus Evol / 年: 2020
タイトル: Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere.
著者: Fengbin Wang / Diana P Baquero / Zhangli Su / Tomasz Osinski / David Prangishvili / Edward H Egelman / Mart Krupovic /
要旨: Viruses infecting hyperthermophilic archaea represent one of the most enigmatic parts of the global virome, with viruses from different families showing no genomic relatedness to each other or to ...Viruses infecting hyperthermophilic archaea represent one of the most enigmatic parts of the global virome, with viruses from different families showing no genomic relatedness to each other or to viruses of bacteria and eukaryotes. Tristromaviruses, which build enveloped filamentous virions and infect hyperthermophilic neutrophiles of the order Thermoproteales, represent one such enigmatic virus families. They do not share genes with viruses from other families and have been believed to represent an evolutionarily independent virus lineage. A cryo-electron microscopic reconstruction of the tristromavirus Pyrobaculum filamentous virus 2 at 3.4 Å resolution shows that the virion is constructed from two paralogous major capsid proteins (MCP) which transform the linear dsDNA genome of the virus into A-form by tightly wrapping around it. Unexpectedly, the two MCP are homologous to the capsid proteins of other filamentous archaeal viruses, uncovering a deep evolutionary relationship within the archaeal virosphere.
履歴
登録2019年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21094
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21094
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: A-DNA
2: A-DNA
A: Structural protein VP1
B: Structural protein VP1
C: Structural protein VP1
D: Structural protein VP1
E: Structural protein VP1
F: Structural protein VP1
G: Structural protein VP1
H: Structural protein VP1
I: Structural protein VP1
J: Structural protein VP1
K: Structural protein VP1
L: Structural protein VP1
M: Structural protein VP1
N: Structural protein VP1
O: Structural protein VP1
P: Structural protein VP1
Q: Structural protein VP1
R: Structural protein VP1
S: Structural protein VP1
T: Structural protein VP1
U: Structural protein VP1
V: Structural protein VP1
W: Structural protein VP1
a: Structural protein VP2
b: Structural protein VP2
c: Structural protein VP2
d: Structural protein VP2
e: Structural protein VP2
f: Structural protein VP2
g: Structural protein VP2
h: Structural protein VP2
i: Structural protein VP2
j: Structural protein VP2
k: Structural protein VP2
l: Structural protein VP2
m: Structural protein VP2
n: Structural protein VP2
o: Structural protein VP2
p: Structural protein VP2
q: Structural protein VP2
r: Structural protein VP2
s: Structural protein VP2
t: Structural protein VP2
u: Structural protein VP2
v: Structural protein VP2
w: Structural protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)896,52848
ポリマ－896,52848
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, helical filament was observed by negative staining and Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area316570 Å2
ΔGint-1463 kcal/mol
Surface area240570 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 23 / Rise per n subunits: 2.864 Å / Rotation per n subunits: 22.9482 °)

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要素

#1: DNA鎖 A-DNA


分子量: 99669.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
#2: DNA鎖 A-DNA


分子量: 99660.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
#3: タンパク質 ...
Structural protein VP1


分子量: 14986.418 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A140F3K6
#4: タンパク質 ...
Structural protein VP2


分子量: 15326.556 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A140F3K7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pyrobaculum filamentous virus 2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Pyrobaculum filamentous virus 1 (ウイルス)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 44 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
12SPIDER３次元再構成
13RELION３次元再構成
14Rosettaモデル精密化
15PHENIXモデル精密化
16Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 22.9482 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.864 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 186576 / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99, MAP:MAP FSC / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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