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- PDB-6v6z: Crystal structure of N-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-N-(4-{[(4-meth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v6z
タイトルCrystal structure of N-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-N-(4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]amino}naphthalen-1-yl)glycine bound to human Keap1 Kelch domain
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / Protein-protein interaction inhibitor / Keap1 / Nrf2 activator / Protein binding-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ub-specific processing proteases / regulation of autophagy / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DITHIANE DIOL / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FORMIC ACID / Chem-Q5Y / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lazzara, P.R. / David, B.P. / Ankireddy, A. / Richardson, B.G. / Dye, K. / Ratia, K.M. / Reddy, S.P. / Moore, T.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)1R01 AR069541-01A1 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1R01 HL136946-01 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Synthesis and Evaluation of Noncovalent Naphthalene-Based KEAP1-NRF2 Inhibitors.
著者: Lazzara, P.R. / Jain, A.D. / Maldonado, A.C. / Richardson, B. / Skowron, K.J. / David, B.P. / Siddiqui, Z. / Ratia, K.M. / Moore, T.W.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
D: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,02679
ポリマ－126,5024
非ポリマー5,52475
水18,8621047
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,75716
ポリマ－31,6251
非ポリマー1,13215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,05622
ポリマ－31,6251
非ポリマー1,43121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,14021
ポリマ－31,6251
非ポリマー1,51420
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,07320
ポリマ－31,6251
非ポリマー1,44719
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.360, 75.543, 97.947
Angle α, β, γ (deg.)74.550, 77.540, 67.480
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 31625.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145

-
非ポリマー , 6種, 1122分子

#2: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物
ChemComp-Q5Y / N-[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]-N-(4-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]amino}naphthalen-1-yl)glycine


分子量: 556.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24N2O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-DTD / DITHIANE DIOL


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#6: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1047 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5-3.8 M sodium formate, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月22日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→19.74 Å / Num. obs: 182432 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.630.4631845892490.6650.4630.6541.694.3
8.76-19.730.017197010070.9980.0170.02426.683.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1U6D

1u6d


解像度: 1.6→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.823 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.086
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2104 9206 5 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.1927 173224 91.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.34 Å2 / Biso mean: 23.41 Å2 / Biso min: 10.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20.11 Å2-0.52 Å2
2---0.77 Å20.37 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8747 0 359 1047 10153
Biso mean--32.39 32.31 -
残基数----1141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0129330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441.66312632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59351159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62820.31516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.717151334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1541589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027382
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 718 -
Rwork0.307 13172 -
all-13890 -
obs--94.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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