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- PDB-6v67: Apo Structure of the De Novo PD-1 Binding Miniprotein GR918.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v67
タイトルApo Structure of the De Novo PD-1 Binding Miniprotein GR918.2
要素PD-1 Binding Miniprotein GR918.2
キーワードDE NOVO PROTEIN / PD-1 / Disulfide Miniprotein / Computational Design / Binder
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Bick, M.J. / Bryan, C.M. / Baker, D. / Dimaio, F. / Kang, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5U01GM094665 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM123089 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Computational design of a synthetic PD-1 agonist.
著者: Bryan, C.M. / Rocklin, G.J. / Bick, M.J. / Ford, A. / Majri-Morrison, S. / Kroll, A.V. / Miller, C.J. / Carter, L. / Goreshnik, I. / Kang, A. / DiMaio, F. / Tarbell, K.V. / Baker, D.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PD-1 Binding Miniprotein GR918.2
B: PD-1 Binding Miniprotein GR918.2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8792
ポリマ－9,8792
非ポリマー00
水1,58588
1
A: PD-1 Binding Miniprotein GR918.2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9401
ポリマ－4,9401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PD-1 Binding Miniprotein GR918.2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9401
ポリマ－4,9401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.849, 26.744, 51.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-108-

HOH

21A-118-

HOH

31B-109-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド PD-1 Binding Miniprotein GR918.2


分子量: 4939.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.6 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.03 M Diethylene Glycol, 0.03 M Triethylene Glycol, 0.03 M Tetraethylene Glycol, 0.03 M Pentaethylene Glycol, 10% PEG 20,000, 20% PEG MME 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryo-Jet crystal cryocoolers / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→50.81 Å / Num. obs: 33643 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 10.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 138087
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.02-1.031.40.593155610930.6520.5080.785160.8
5.47-50.814.50.04211692580.9960.0210.04828.299.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSMay 1, 2016データ削減
Aimless0.5.23データスケーリング
PHENIXdev_2849精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER2.7.18位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Single helix, residues 18-31, of the computational model

解像度: 1.07→50.805 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1498 1465 4.94 %
Rwork0.1455 --
obs0.1457 29628 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 39.88 Å2 / Biso mean: 16.0024 Å2 / Biso min: 8.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.07→50.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数658 0 0 88 746
Biso mean---25.77 -
残基数----85
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0841058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099105
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.344298
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.07-1.10820.25511260.1981272995
1.1082-1.15260.17071360.1495275796
1.1526-1.20510.16871480.1368276097
1.2051-1.26860.15741300.1285279498
1.2686-1.34810.14861540.1207286399
1.3481-1.45220.14181430.119282998
1.4522-1.59840.13961510.1204281898
1.5984-1.82970.13771660.1342284199
1.8297-2.30520.14911560.1444284298
2.3052-50.8050.14811550.1611293098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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