+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v5g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Coiled-coil Trimer with Ala:Leu:Lys Triad | ||||||
![]() | Coiled-coil Trimer with Ala:Leu:Lys Triad | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Trimer / Helix | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smith, M.S. / Stern, K.L. / Billings, W.M. / Price, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Context-Dependent Stabilizing Interactions among Solvent-Exposed Residues along the Surface of a Trimeric Helix Bundle. 著者: Stern, K.L. / Smith, M.S. / Billings, W.M. / Loftus, T.J. / Conover, B.M. / Della Corte, D. / Price, J.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 18.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 260.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 260.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6os8C ![]() 6osdC ![]() 6ov9C ![]() 6ovsC ![]() 6ovuC ![]() 6ovvC ![]() 6q1wC ![]() 6q22C ![]() 6q25C ![]() 6u47C ![]() 6v4yC ![]() 6v50C ![]() 6v57C ![]() 6v58C ![]() 6v5iC ![]() 6v5jC ![]() 5uxtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3808.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-1PE / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 40% PEG300, 100 mM HEPES/NaOH, pH 7.5, 200 mM sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5406 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→31.48 Å / Num. obs: 6377 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.813 / Rmerge(I) obs: 0.373 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.407 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.7686 Å / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1035 / CC1/2: 0.606 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 0.622 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 5UXT 解像度: 1.68→31.48 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.29
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.87 Å2 / Biso mean: 15.5606 Å2 / Biso min: 4.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.68→31.48 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|