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万見
- PDB-6v4c: Culex quinquefasciatus D7 long form 1- CxD7L1 in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4c
タイトルCulex quinquefasciatus D7 long form 1- CxD7L1 in complex with ADP
要素Long form D7clu1 salivary protein
キーワードPROTEIN BINDING / mosquito salivary protein / ADP binding / D7 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / toxin activity / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2-ETHOXYETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Long form salivary protein D7L1
類似検索 - 構成要素
生物種Culex quinquefasciatus (カ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Calvo, E. / Garboczi, D.N. / Martin-Martin, I. / Gittis, A.G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: ADP binding by the Culex quinquefasciatus mosquito D7 salivary protein enhances blood feeding on mammals.
著者: Martin-Martin, I. / Paige, A. / Valenzuela Leon, P.C. / Gittis, A.G. / Kern, O. / Bonilla, B. / Chagas, A.C. / Ganesan, S. / Smith, L.B. / Garboczi, D.N. / Calvo, E.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long form D7clu1 salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,99213
ポリマ－33,6551
非ポリマー1,33712
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.660, 84.320, 132.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

ZN

21A-473-

HOH

31A-514-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Long form D7clu1 salivary protein / CxD7L1


分子量: 33655.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Culex quinquefasciatus (カ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95V93

-
非ポリマー , 7種, 133分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 25% 550 PEG MME, 0.01 M Zn sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→39.02 Å / Num. obs: 30364 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.912 % / Biso Wilson estimate: 51.472 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 12.19 / Num. measured all: 179520 / Scaling rejects: 174
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.97-2.025.9480.6432.3513294223522350.8390.705100
2.02-2.085.9320.4323.4513004219321920.9190.474100
2.08-2.145.8960.3184.6212417210621060.950.349100
2.14-2.25.8890.2535.7112013204120400.9670.278100
2.2-2.275.9010.2097.1611903202020170.9730.2399.9
2.27-2.356.0850.1668.9811804194419400.9780.18399.8
2.35-2.446.1570.13910.5911402185218520.9830.153100
2.44-2.546.1180.12412.111080181818110.9880.13699.6
2.54-2.666.0520.10714.0810409173317200.9890.11899.2
2.66-2.796.0340.09515.639848165116320.9910.10598.8
2.79-2.945.9510.08716.889200158115460.9920.09597.8
2.94-3.115.8460.0818.188687151214860.9920.08898.3
3.11-3.335.7530.07319.217951140513820.9930.0898.4
3.33-3.65.750.06920.227383131312840.9930.07597.8
3.6-3.945.7070.06420.676848122512000.9960.0798
3.94-4.415.7720.06121.16366111511030.9960.06798.9
4.41-5.095.7710.05721.1457029949880.9970.06299.4
5.09-6.235.740.05121.1348048398370.9970.05699.8
6.23-8.815.6660.04421.0937456726610.9980.04898.4
8.81-39.0250.03819.7116603973320.9980.04283.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NHT

3nht


解像度: 1.97→39.02 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 24.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2349 2000 6.81 %
Rwork0.2136 --
obs0.2151 29350 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 130.96 Å2 / Biso mean: 56.5121 Å2 / Biso min: 29.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→39.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 80 124 2444
Biso mean--57.35 48.85 -
残基数----294
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.97-2.020.30421270.2622173887
2.02-2.070.24961350.2442184191
2.07-2.130.25331380.2251187793
2.13-2.20.27541380.2348189495
2.2-2.280.24871420.2387194896
2.28-2.370.26841410.2323193297
2.37-2.480.26841450.2466197997
2.48-2.610.28981440.2376198298
2.61-2.780.26861470.2451199298
2.78-2.990.27771460.2416199197
2.99-3.290.24921450.2355198998
3.29-3.770.261480.2112203098
3.77-4.750.17321500.1744205699
4.75-390.22041540.2033210197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6220.02110.18291.53210.94830.60770.0249-0.338-0.20930.50290.072-0.46770.65361.08640.01820.57870.316-0.04660.92740.04660.495924.4608-7.4944-16.4741
21.5326-0.35690.39811.7295-0.22431.4937-0.0687-0.2344-0.21640.29640.0857-0.10310.5131-0.132-0.02821.18490.21150.13440.520.09540.743713.8297-22.0125-19.9082
30.35430.05530.02980.08260.09990.1253-0.1076-0.4723-0.35090.25890.2213-0.36130.48950.4312-0.00121.11090.6361-0.05340.99080.02880.902327.9333-21.6703-17.3912
40.81750.13950.00461.64610.38522.3683-0.065-0.114-0.0970.07560.01720.10040.34230.20840.05090.34060.02040.01240.32040.05330.36345.94061.0596-18.2141
51.2563-0.15110.83641.89890.70232.0253-0.049-0.05320.07030.06730.07010.0566-0.06190.11670.01620.35190.022-0.00280.38970.01590.37528.953610.6719-14.4534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 65 )A2 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 80 )A66 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 118 )A81 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 217 )A119 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 218 through 295 )A218 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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