PDB-6v4b: DeCLIC N-terminal Domain 34-202

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v4b

タイトル

DeCLIC N-terminal Domain 34-202

要素

Neur_chan_LBD domain-containing protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ion channel / N-terminal extension domain

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Delarue, M. / Hu, H.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for allosteric transitions of a multidomain pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Hu, H. / Howard, R.J. / Bastolla, U. / Lindahl, E. / Delarue, M.

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v4b.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v4b.ent.gz	115.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v4b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v4b_validation.pdf.gz	474 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v4b_full_validation.pdf.gz	481.5 KB	表示
XML形式データ	6v4b_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	6v4b_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v4aC 6v4sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4evc-d 1qvy-4 7c4i-d 3wz4-2 1rho-3 1gr3-d 3ebq-d 2wp7-d 6qh3-2 6zc2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Neur_chan_LBD domain-containing protein

B: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, no other evidence
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.350, 81.350, 99.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Neur_chan_LBD domain-containing protein 分子量: 22105.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) 遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.7 M NaH2PO4, 0.7 M KH2PO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40.75 Å / Num. obs: 37644 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 32.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / R_merge(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 2724 / CC_1/2: 0.652

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→24.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU R_free Blow DPI: 0.106 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.106

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	1877	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	37541	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.07 Å² / B_iso mean: 37.98 Å² / B_iso min: 20.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.7733 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.7733 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.5467 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→24.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2428	0	82	225	2735
B_iso mean	-	-	74.94	47.15	-
残基数	-	-	-	-	320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	913	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	76	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	385	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	2664	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	335	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	3315	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	2664	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	3618	HARMONIC	2	1.13
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.74
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				16.83

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3225	146	5.01 %
R_work	0.2674	2769	-
all	0.2701	2915	-
obs	-	-	99.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4365	0.6225	-0.0743	0.4443	-0.0915	1.2907	0.0691	-0.0335	-0.304	-0.0342	-0.0493	-0.0842	-0.2133	0.105	-0.0198	-0.0831	-0.036	-0.0008	-0.1461	-0.006	-0.0164	14.5854	17.197	-14.6724
2	0.9718	1.2564	0.0733	3.8507	-0.8071	1.3985	-0.0251	0.0069	0.1931	0.0794	-0.0135	0.2343	-0.0571	0.2134	0.0386	-0.2101	-0.0094	0.0021	-0.1198	0.0183	-0.045	19.7678	10.8264	14.7353

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	36 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	36 - 195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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