PDB-7c4i: High resolution structure of BRPF1 Bromo Domain from Biortus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c4i

タイトル

High resolution structure of BRPF1 Bromo Domain from Biortus

要素

Peregrin

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyltransferase activator activity / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / histone acetyltransferase complex / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / HATs acetylate histones / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Wang, F. / Lin, D. / Lv, Z. / Zhu, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of BRPF1 Bromo Domain from Biortus
著者: Wang, F. / Lin, D. / Lv, Z. / Zhu, B.

履歴

登録	2020年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct / struct_conn Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c4i.cif.gz	47.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c4i.ent.gz	30.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/7c4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ewcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4evc-d 4xos-2 4lc2-d 3ebq-d 3agu-1 6y7i-2 5o5f-d 4evd-d 6v1h-d 3wz4-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (3) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (3)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (3)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peregrin

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.601, 60.601, 59.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-400- HOH

#1: タンパク質	Peregrin / Bromodomain and PHD finger-containing protein 1 / Protein Br140 分子量: 15629.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRPF1, BR140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55201
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Potassium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→39.293 Å / Num. obs: 26865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / Num. unique obs: 1349 / CC_1/2: 0.797

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ewc

5ewc

解像度: 1.37→39.293 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / WR_factor R_free: 0.203 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 1.094 / SU ML: 0.043 / Average fsc free: 0.9254 / Average fsc work: 0.9304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1937	1367	5.095 %
R_work	0.1663	25465	-
all	0.168	-	-
obs	-	26832	99.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.364 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.552 Å²	-0.276 Å²	0 Å²
2-	-	-0.552 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.792 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→39.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	960	0	40	151	1151

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.66	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.412	1.583	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.881	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.25	21.831	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.019	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.408	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.274	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	372
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.183	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.03	1.764	501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.028	1.761	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2.642	636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.485	2.642	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.136	2.261	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.134	2.263	593
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.347	3.231	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.345	3.234	833
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.896	23.529	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.751	22.896	1295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.406	0.27	108	0.246	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
1.406-1.444	0.226	79	0.23	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
1.444-1.486	0.238	84	0.22	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.486-1.532	0.226	96	0.198	1687	X-RAY DIFFRACTION	99.888
1.532-1.582	0.195	94	0.187	1671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.582-1.637	0.186	92	0.177	1592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.637-1.699	0.223	78	0.173	1554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.699-1.768	0.182	82	0.167	1490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.768-1.847	0.201	73	0.158	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.937	0.168	61	0.163	1377	X-RAY DIFFRACTION	99.9305
1.937-2.042	0.202	80	0.163	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.042-2.165	0.179	86	0.159	1235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.165-2.314	0.182	66	0.156	1147	X-RAY DIFFRACTION	99.9176
2.314-2.499	0.198	52	0.156	1121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.499-2.737	0.209	64	0.159	1005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.737-3.059	0.206	54	0.162	912	X-RAY DIFFRACTION	99.8966
3.059-3.531	0.188	41	0.153	829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.531-4.319	0.129	33	0.146	706	X-RAY DIFFRACTION	99.8649
4.319-6.088	0.204	30	0.174	561	X-RAY DIFFRACTION	99.6627
6.088-39.293	0.282	14	0.19	335	X-RAY DIFFRACTION	99.1477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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