PDB-6v4a: An open conformation of a Pentameic ligand-gated ion channel with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v4a

タイトル

An open conformation of a Pentameic ligand-gated ion channel with additional N-terminal domain

要素

Neur_chan_LBD domain-containing protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Pentameric ligand-gated ion channel

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection / signal transduction / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.83 Å

データ登録者

Delarue, M. / Hu, H.D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for allosteric transitions of a multidomain pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Hu, H. / Howard, R.J. / Bastolla, U. / Lindahl, E. / Delarue, M.

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年7月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v4a.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v4a.ent.gz	1001.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v4a_validation.pdf.gz	415.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v4a_full_validation.pdf.gz	404.7 KB	表示
XML形式データ	6v4a_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	6v4a_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/6v4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6v4bC 6v4sC 6fliS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	11004 2wv0-d 30419 7cyc-d 3369 22221 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Neur_chan_LBD domain-containing protein

E: Neur_chan_LBD domain-containing protein

D: Neur_chan_LBD domain-containing protein

C: Neur_chan_LBD domain-containing protein

B: Neur_chan_LBD domain-containing protein

ヘテロ分子

364 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.064, 116.028, 169.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.170, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 36 - 636 / Label seq-ID: 36 - 636

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Neur_chan_LBD domain-containing protein 分子量: 71733.992 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured Desulfofustis sp. PB-SRB1 (バクテリア) 遺伝子: N839_03575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V4JF97
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-P3A / PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL 分子量: 872.997 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈O₁₅P₂ / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.3 M NH4-Formate, 0.1 M Tris 7.5, 30% (v/v) PEG-MME 500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.83→48.61 Å / Num. obs: 49576 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 3.83→3.93 Å / Num. unique obs: 3486 / CC_1/2: 0.448

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6FLI

6fli

解像度: 3.83→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.883 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.839 / SU B: 152.957 / SU ML: 0.906 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2914	1876	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2556	-	-	-
obs	0.2574	34738	73.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 356.56 Å² / B_iso mean: 145.969 Å² / B_iso min: 25.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.81 Å²	-0 Å²	-0.44 Å²
2-	-	4.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.83→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23051	0	142	0	23193
B_iso mean	-	-	202.15	-	-
残基数	-	-	-	-	2955

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	23711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	21764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.983	1.964	32281
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.169	3	50314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.463	5	2940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.313	24.254	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.221	15	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.985	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	3673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	26466
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4978

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	36220	0.04
1	2	E	36220	0.04
2	1	A	36124	0.04
2	2	D	36124	0.04
3	1	A	36202	0.04
3	2	C	36202	0.04
4	1	A	36234	0.04
4	2	B	36234	0.04
5	1	E	36368	0.04
5	2	D	36368	0.04
6	1	E	36386	0.04
6	2	C	36386	0.04
7	1	E	36046	0.04
7	2	B	36046	0.04
8	1	D	36478	0.04
8	2	C	36478	0.04
9	1	D	36090	0.05
9	2	B	36090	0.05
10	1	C	36214	0.04
10	2	B	36214	0.04

LS精密化シェル

解像度: 3.835→3.932 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	64	-
R_work	0.327	985	-
all	-	1049	-
obs	-	-	29.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3311	1.0164	0.4046	1.8465	0.0289	1.4399	-0.1335	-1.0327	0.2558	0.731	0.2518	-0.3504	-0.3173	0.1227	-0.1183	0.8075	0.4115	-0.1887	0.4414	-0.2166	0.1922	-66.134	13.856	65.113
2	6.8767	0.8158	-0.8199	1.899	-0.0542	1.8854	0.0262	0.1602	1.3556	0.0859	0.0088	-0.3463	-0.877	0.2016	-0.035	0.7672	0.0768	-0.2402	0.1373	-0.0245	0.514	-66.523	28.039	34.544
3	7.5667	0.0006	-1.1527	1.959	-0.0359	1.6313	-0.1072	1.0858	0.2044	-0.537	0.1481	-0.4137	-0.1159	0.1084	-0.0409	0.5563	-0.1412	-0.0159	0.3529	-0.0416	0.1592	-66.919	3.393	11.478
4	7.3348	-1.121	-0.6443	1.5505	-0.1907	1.9373	-0.1471	0.5344	-1.1078	-0.1885	-0.0227	-0.1722	0.6986	0.1395	0.1698	0.608	-0.0583	0.258	0.1169	-0.2244	0.6096	-66.962	-26.477	27.838
5	7.3918	-0.6606	0.9044	1.3718	-0.1267	1.5591	-0.2037	-0.634	-1.0619	0.4493	0.0708	-0.0506	0.4464	0.3039	0.1329	0.7625	0.3703	0.277	0.2623	0.2592	0.3112	-66.347	-19.714	61.339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	36 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	199 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	321 - 514
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	515 - 636
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	36 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	199 - 311
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	321 - 514
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	515 - 636
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	36 - 195
10	X-RAY DIFFRACTION	3	C	199 - 311
11	X-RAY DIFFRACTION	3	C	312 - 514
12	X-RAY DIFFRACTION	3	C	515 - 636
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	36 - 195
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	200 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	4	D	312 - 514
16	X-RAY DIFFRACTION	4	D	515 - 636
17	X-RAY DIFFRACTION	5	E	36 - 195
18	X-RAY DIFFRACTION	5	E	200 - 311
19	X-RAY DIFFRACTION	5	E	312 - 514
20	X-RAY DIFFRACTION	5	E	515 - 636

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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