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- PDB-6v3u: Crystal Structure of the NDM_FIM-1 like Metallo-beta-Lactamase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3u
タイトルCrystal Structure of the NDM_FIM-1 like Metallo-beta-Lactamase from Erythrobacter litoralis in the Mono-Zinc Form
要素Beta-lactamase II
キーワードHYDROLASE / Metallo beta lactamase / lactam antibiotics / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Erythrobacter litoralis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the NDM_FIM-1 like Metallo-beta-Lactamase from Erythrobacter litoralis in the Mono-Zinc Form
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Mulligan, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase II
B: Beta-lactamase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,75912
ポリマ－52,0682
非ポリマー69110
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.043, 80.043, 72.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase II


分子量: 26033.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erythrobacter litoralis (strain HTCC2594) (バクテリア)
株: HTCC2594 / 遺伝子: ELI_07580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q2N9N3

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非ポリマー , 5種, 67分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % (w/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 30109 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 50.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.884 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 1012 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The un-deposited structure of the same protein in the apo-form

解像度: 2→44.61 Å / SU ML: 0.2827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.2679
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1461 4.89 %
Rwork0.2021 --
obs0.2039 29886 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 73.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3212 0 36 57 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00693364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8364586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517514
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.71921952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.38471150.35982015X-RAY DIFFRACTION69
2.07-2.150.30441210.29752816X-RAY DIFFRACTION95.51
2.15-2.250.34041580.28062938X-RAY DIFFRACTION99.49
2.25-2.370.37371420.2472908X-RAY DIFFRACTION99.03
2.37-2.520.28131640.21972927X-RAY DIFFRACTION99.2
2.52-2.710.28921330.23082955X-RAY DIFFRACTION99.32
2.71-2.980.28741400.24052967X-RAY DIFFRACTION99.58
2.98-3.420.26971710.22272907X-RAY DIFFRACTION99.84
3.42-4.30.22631380.18423001X-RAY DIFFRACTION99.75
4.3-44.610.19611790.17112991X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.084761005970.469215173541.310162430483.54383720871.355687752084.66873824221-0.1743234660490.856173649275-0.199466685363-0.4798104684750.7597776412-0.797016576104-0.2729440660131.72416194465-0.5492196868360.557958097633-0.09454420629030.0998170867911.04840781768-0.267359944030.5873632417928.52530760646.13092887704-5.89411888581
24.52887662211-1.577063920352.942624862223.570425700563.250212177577.9500085057-0.5181717719020.0826826143970.389277161583-0.3560078097930.50198108779-0.318330703116-1.484968164091.17930145863-0.115920922270.684194962178-0.27354398780.1745788070460.886352980420.04063010732950.45323741041422.887545984914.4467212959-3.90670288481
37.104158524880.894079170789-1.260725556115.664628589922.451041582574.18961035911-0.01548909865040.8971803410640.538835298755-0.7245992736810.138067574859-0.187820125465-1.119709836940.112271671776-0.2016647483090.654239169389-0.03929234244210.02199076470370.4374112707230.08115588856590.42294808115212.163793492815.0168118697-2.66058623416
44.697373040742.341956811822.32269182023.962447016052.455120779528.546644435930.439791666778-0.251383234277-0.4384482575630.724648797387-0.0441009031095-0.1981192913420.448157568460.290218339721-0.3529635520110.480998127012-0.057444931178-0.04548281051950.3944049112890.01297327259520.44299648585819.12788155374.3812597533314.079605439
53.70708193524-0.7296101358071.367775898363.42377704461.247143900954.093535360520.758102223344-0.284104999639-0.7972897197830.723386102824-0.0848869732447-0.09654974306631.74026805939-0.2858361183460.5146880060821.02585809997-0.156552112171-0.2106340480240.5137061565790.08253330333890.53849585355232.038501693312.728021610741.5574218336
64.50644038498-0.9516486436182.246268475254.34486734293-1.608352695435.464190842690.228029955099-0.718028275476-0.2474661727890.599806671028-0.04874767026750.566906778549-0.00046342681418-1.125582880420.0693012266620.522788981955-0.06592944729560.04175511282650.7333054724280.04122202650740.52965985607524.948734173627.962515076738.7085884569
72.070124854880.4815991192481.540516594313.432863936472.201932850268.10920002588-0.2187080196640.675400624637-0.154211733887-0.1709035823380.2892274773550.09950127090630.0194717183720.3975309129770.006747800443870.447210948188-0.062926726259-0.001356510852160.5822356431350.003807037164030.55672258082532.867926056321.474984240621.8307715336
85.667126412133.24087272173-0.35625493178.471178908591.087466991283.35491015224-0.2478070609290.82247228627-0.381362154817-0.4659908330250.540930430233-1.278709837880.870002570810.5088153162740.2075174604450.580049504782-0.0680136322871-0.02538817830.749643994987-0.1228768303580.6577342909640.353525966619.781791261822.3265855176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 120 through 175 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 176 through 261 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 35 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 120 through 175 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 176 through 231 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 232 through 261 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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