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- PDB-6v3i: K2P2.1(TREK-1)I110D:RuR bound channel structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v3i
タイトルK2P2.1(TREK-1)I110D:RuR bound channel structure
要素Potassium channel subfamily K member 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / K channel / TREK-1 / Mus musculus
機能・相同性
機能・相同性情報


TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of DNA biosynthetic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / stabilization of membrane potential / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation ...TWIK related potassium channel (TREK) / cellular response to arachidonate / mechanosensitive potassium channel activity / Phase 4 - resting membrane potential / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of DNA biosynthetic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / chemical synaptic transmission, postsynaptic / stabilization of membrane potential / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / ligand-gated channel activity / positive regulation of cellular response to hypoxia / potassium ion leak channel activity / glutamate secretion / outward rectifier potassium channel activity / node of Ranvier / potassium channel inhibitor activity / astrocyte projection / neuronal action potential / potassium ion transport / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / axon terminus / calyx of Held / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / sarcolemma / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / axon / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel, TREK / Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DODECANE / HEXANE / : / PENTANE / N-OCTANE / Chem-R2R / Potassium channel subfamily K member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Pope, L. / Lolicato, M. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)NIH-R01-MH093603 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Polynuclear Ruthenium Amines Inhibit K2PChannels via a "Finger in the Dam" Mechanism.
著者: Pope, L. / Lolicato, M. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 2.02026年8月12日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_nonpoly_atom_coordination / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere / pdbx_nonpoly_atom_coordination_sphere_order / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
解説: Metalloprotein remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily K member 2
B: Potassium channel subfamily K member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,73019
ポリマ－68,6122
非ポリマー2,11817
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.945, 120.303, 127.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細 (eV)
11(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...
21(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A46 - 75
121(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A76
131(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A45 - 320
141(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A45 - 320
151(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A45 - 320
161(chain A and (resid 46 through 75 or (resid 76...A45 - 320
211(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B46 - 83
221(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B86 - 90
231(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B92 - 93
241(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B95 - 96
251(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
261(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
271(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
281(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
291(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B233 - 253
2101(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B268
2111(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B270
2121(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B0
2131(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
2141(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B37 - 316
2151(chain B and (resid 46 through 83 or resid 86...B312 - 31

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily K member 2


分子量: 34305.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P97438*PLUS

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非ポリマー , 8種, 19分子

#2: 化合物 ChemComp-R2R / ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)


分子量: 573.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H42N14O2Ru3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-LNK / PENTANE


分子量: 72.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12
#8: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M KCl, 1-3 mM CdCl2, 0.1 M HEPES pH 7-8, 20-26% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.39→46.6 Å / Num. obs: 15118 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.4-3.676.730530.1281100
9-46.745.69050.999198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RUE

4rue


解像度: 3.4→15 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 44.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3278 653 4.57 %
Rwork0.2755 --
obs0.2778 14286 95.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 723.68 Å2 / Biso mean: 193.6429 Å2 / Biso min: 122.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 135 2 4207
Biso mean--206.24 125.85 -
残基数----526
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1732X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.391
12B1732X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL1.391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.39-3.650.47481050.46382219232479
3.65-4.010.3991370.372928162953100
4.01-4.580.33191120.289428232935100
4.58-5.710.29981560.287128372993100
5.71-150.32121430.244729383081100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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