+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v37 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | K2P2.1(TREK-1)I110D:RuR:ML335 bound channel structure | ||||||
![]() | Potassium channel subfamily K member 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / K channel / TREK-1 / Mus musculus | ||||||
機能・相同性 | ![]() TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process ...TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / positive regulation of cellular response to hypoxia / cardiac ventricle development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / astrocyte projection / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / outward rectifier potassium channel activity / cochlea development / voltage-gated potassium channel activity / calyx of Held / response to axon injury / response to mechanical stimulus / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / regulation of membrane potential / potassium ion transport / memory / cellular response to hypoxia / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / cell surface / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pope, L. / Lolicato, M. / Minor, D.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Polynuclear Ruthenium Amines Inhibit K2PChannels via a "Finger in the Dam" Mechanism. 著者: Pope, L. / Lolicato, M. / Minor Jr., D.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 95.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 407.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 412.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 34305.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 7種, 18分子 ![](data/chem/img/R2R.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/Q6F.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/D12.gif)
![](data/chem/img/Q6F.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-R2R / | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-D12 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 化合物 | ChemComp-HEX / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M KCl, 1-3 mM CdCl2, 0.1 M HEPES pH 7-8, 20-26% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→46.5 Å / Num. obs: 25993 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / Num. unique obs: 2070 / CC1/2: 0.553 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4RUE 解像度: 2.8→14.99 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.62
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 360.9 Å2 / Biso mean: 146.0202 Å2 / Biso min: 67.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→14.99 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
|