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- PDB-6v2w: Crystal structure of the BRAF:MEK1 kinases in complex with AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v2w
タイトルCrystal structure of the BRAF:MEK1 kinases in complex with AMPPNP
要素
  • Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE / BRAF / MEK1
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / trehalose metabolism in response to stress / regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development ...epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / placenta blood vessel development / trehalose metabolism in response to stress / regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / mitogen-activated protein kinase kinase / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / type B pancreatic cell proliferation / Signalling to p38 via RIT and RIN / cerebellar cortex formation / head morphogenesis / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / Signaling by MAP2K mutants / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / regulation of Golgi inheritance / mitogen-activated protein kinase kinase binding / trachea formation / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / Frs2-mediated activation / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / protein kinase activator activity / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / Uptake and function of anthrax toxins / MAP kinase kinase kinase activity / Schwann cell development / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / keratinocyte differentiation / positive regulation of stress fiber assembly / response to cAMP / cellular response to calcium ion / ERK1 and ERK2 cascade / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / myelination / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / substrate adhesion-dependent cell spreading / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / Signal transduction by L1 / cell motility / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / neuron differentiation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / chemotaxis / MAPK cascade / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / T cell differentiation in thymus / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / Ras protein signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Li, K. / Gonzalez Del-Pino, G. / Park, E. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P50 CA165962 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R50 CA221830 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA242461 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Allosteric MEK inhibitors act on BRAF/MEK complexes to block MEK activation.
著者: Gonzalez-Del Pino, G.L. / Li, K. / Park, E. / Schmoker, A.M. / Ha, B.H. / Eck, M.J.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9496
ポリマ－75,8882
非ポリマー1,0614
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.278, 116.278, 129.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32098.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / プラスミド: PFASTBAC DUAL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 / MKK1 / ERK activator kinase 1 / MAPK/ERK kinase 1 / MEK 1


分子量: 43790.281 Da / 分子数: 1 / Mutation: S218A, S222A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP2K1, MEK1, PRKMK1 / プラスミド: PAC8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02750, mitogen-activated protein kinase kinase
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 8.5, 200 mM Lithium Sulfate, and 22% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→43.295 Å / Num. obs: 18483 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1613 / Rpim(I) all: 0.04632 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 3.12→3.232 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 1816 / CC1/2: 0.878 / Rpim(I) all: 0.5825 / % possible all: 99.62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6pp9

6pp9


解像度: 3.12→43.295 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 838 4.54 %
Rwork0.1868 --
obs0.1891 18474 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.1 Å2 / Biso mean: 88.2604 Å2 / Biso min: 41.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.12→43.295 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4654 0 64 0 4718
Biso mean--73.1 --
残基数----587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.12-3.31540.38481370.32732876
3.3154-3.57130.31031490.25672889
3.5713-3.93050.3121310.20792918
3.9305-4.49870.181620.15592906
4.4987-5.66590.2221300.16332972
5.6659-43.2950.20631290.16893075

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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