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- PDB-6v2f: Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v2f
タイトルCrystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, GS-6207
要素HIV-1 capsid
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV capsid / capsid assembly accelerator / long-acting inhibitor / antiviral
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QNG / Gag polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Appleby, T.C. / Link, J.O. / Yant, S.R. / Villasenor, A.G. / Somoza, J.R. / Hu, E.Y. / Schroeder, S.D. / Cihlar, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Clinical targeting of HIV capsid protein with a long-acting small molecule.
著者: Link, J.O. / Rhee, M.S. / Tse, W.C. / Zheng, J. / Somoza, J.R. / Rowe, W. / Begley, R. / Chiu, A. / Mulato, A. / Hansen, D. / Singer, E. / Tsai, L.K. / Bam, R.A. / Chou, C.H. / Canales, E. / ...著者: Link, J.O. / Rhee, M.S. / Tse, W.C. / Zheng, J. / Somoza, J.R. / Rowe, W. / Begley, R. / Chiu, A. / Mulato, A. / Hansen, D. / Singer, E. / Tsai, L.K. / Bam, R.A. / Chou, C.H. / Canales, E. / Brizgys, G. / Zhang, J.R. / Li, J. / Graupe, M. / Morganelli, P. / Liu, Q. / Wu, Q. / Halcomb, R.L. / Saito, R.D. / Schroeder, S.D. / Lazerwith, S.E. / Bondy, S. / Jin, D. / Hung, M. / Novikov, N. / Liu, X. / Villasenor, A.G. / Cannizzaro, C.E. / Hu, E.Y. / Anderson, R.L. / Appleby, T.C. / Lu, B. / Mwangi, J. / Liclican, A. / Niedziela-Majka, A. / Papalia, G.A. / Wong, M.H. / Leavitt, S.A. / Xu, Y. / Koditek, D. / Stepan, G.J. / Yu, H. / Pagratis, N. / Clancy, S. / Ahmadyar, S. / Cai, T.Z. / Sellers, S. / Wolckenhauer, S.A. / Ling, J. / Callebaut, C. / Margot, N. / Ram, R.R. / Liu, Y.P. / Hyland, R. / Sinclair, G.I. / Ruane, P.J. / Crofoot, G.E. / McDonald, C.K. / Brainard, D.M. / Lad, L. / Swaminathan, S. / Sundquist, W.I. / Sakowicz, R. / Chester, A.E. / Lee, W.E. / Daar, E.S. / Yant, S.R. / Cihlar, T.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.62024年12月25日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 capsid
B: HIV-1 capsid
C: HIV-1 capsid
D: HIV-1 capsid
E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,36512
ポリマ－153,5556
非ポリマー5,8106
水15,331851
1
A: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

A: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

A: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

B: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

B: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

B: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,36512
ポリマ－153,5556
非ポリマー5,8106
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_554-y,x-y,z-11
crystal symmetry operation3_554-x+y,-x,z-11
Buried area14500 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area56590 Å2
手法PISA
2
C: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

C: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

C: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

D: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

D: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

D: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,36512
ポリマ－153,5556
非ポリマー5,8106
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-11
crystal symmetry operation3_564-x+y,-x+1,z-11
Buried area14860 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area56880 Å2
手法PISA
3
E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
ヘテロ分子

E: HIV-1 capsid
F: HIV-1 capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,36512
ポリマ－153,5556
非ポリマー5,8106
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14740 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area56080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.301, 158.301, 55.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z

-
要素

#1: タンパク質
HIV-1 capsid


分子量: 25592.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-QNG / Lenacapavir / Sunlenca / GS-CA1 / GS-6207


分子量: 968.282 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H32ClF10N7O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 12% PEG 3350, 0.2 M sodium thiocyanate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.92 Å / Num. obs: 105922 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 29.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.795 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 10274 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.427 / Rrim(I) all: 0.905 / % possible all: 90.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H47

3h47


解像度: 2→29.92 Å / SU ML: 0.2338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.0908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 1968 1.88 %
Rwork0.2087 102700 -
obs0.2095 104668 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9447 0 384 851 10682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003710062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.636813767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041503
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.61593725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2641350.25777151X-RAY DIFFRACTION97.21
2.05-2.110.2751460.23537297X-RAY DIFFRACTION99.23
2.11-2.170.27591420.22467346X-RAY DIFFRACTION98.86
2.17-2.240.31721400.21637331X-RAY DIFFRACTION99.11
2.24-2.320.25761400.20437251X-RAY DIFFRACTION99.14
2.32-2.410.24151440.21037376X-RAY DIFFRACTION99.66
2.41-2.520.27881430.20987337X-RAY DIFFRACTION99.23
2.52-2.650.25291460.21277392X-RAY DIFFRACTION99.62
2.65-2.820.26541320.20897307X-RAY DIFFRACTION99.65
2.82-3.040.26691420.22117384X-RAY DIFFRACTION99.87
3.04-3.340.25451400.21567388X-RAY DIFFRACTION99.91
3.34-3.820.24561340.19997381X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.810.21651430.18537379X-RAY DIFFRACTION99.92
4.82-29.920.24421410.21217380X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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