PDB-6v1v: VIP3B (VIP3B_2160) adapted for crystallization

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6v1v

タイトル

VIP3B (VIP3B_2160) adapted for crystallization

要素

Vegetative insecticidal protein

キーワード

TOXIN / insecticidal protein Bacillus thuringiensis pore forming

機能・相同性

Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Vegetative insecticidal protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.189 Å

データ登録者

Evdokimov, A.G. / Zheng, M. / Moshiri, F. / Haas, J. / Lowder, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a Vip3B family insecticidal protein reveals a new fold and a unique tetrameric assembly.
著者: Zheng, M. / Evdokimov, A.G. / Moshiri, F. / Lowder, C. / Haas, J.

履歴

登録	2019年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6v1v.cif.gz	599.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6v1v.ent.gz	480.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6v1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6v1v_validation.pdf.gz	479.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6v1v_full_validation.pdf.gz	534.3 KB	表示
XML形式データ	6v1v_validation.xml.gz	101.1 KB	表示
CIF形式データ	6v1v_validation.cif.gz	135.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/6v1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	10888 6yrf-d 4py8-1 21456 6tfj-d 6yrg-d 5xon-d 6v4n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vegetative insecticidal protein

B: Vegetative insecticidal protein

C: Vegetative insecticidal protein

D: Vegetative insecticidal protein

360 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.488, 106.542, 117.728
Angle α, β, γ (deg.)	96.130, 70.930, 69.520
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	1	Chains A D
4	1	Chains B C
5	1	Chains B D
6	1	Chains C D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	A	A	22 - 794	32 - 796
1	2	GLU	GLU	B	B	22 - 794	32 - 796
2	1	LYS	LYS	A	A	22 - 793	32 - 795
2	2	LYS	LYS	C	C	22 - 793	32 - 795
3	1	GLU	GLU	A	A	22 - 794	32 - 796
3	2	GLU	GLU	D	D	22 - 794	32 - 796
4	1	GLU	GLU	B	B	22 - 794	32 - 796
4	2	GLU	GLU	C	C	22 - 794	32 - 796
5	1	GLU	GLU	B	B	22 - 794	32 - 796
5	2	GLU	GLU	D	D	22 - 794	32 - 796
6	1	GLU	GLU	C	C	22 - 794	32 - 796
6	2	GLU	GLU	D	D	22 - 794	32 - 796

#1: タンパク質	Vegetative insecticidal protein / Vip3B2160 分子量: 90071.555 Da / 分子数: 4 変異: E514A, K515A, Q517A, K518A, delta466..474->S, delta581..584 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 遺伝子: vip3Bc1 / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): N-terminal His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A0A290WPI2

#1: タンパク質

Vegetative insecticidal protein / Vip3B2160

分子量: 90071.555 Da / 分子数: 4
変異: E514A, K515A, Q517A, K518A, delta466..474->S, delta581..584
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thuringiensis (バクテリア)
遺伝子: vip3Bc1 / プラスミド: pET28 / 詳細 (発現宿主): N-terminal His-tag / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: A0A290WPI2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.73 % / 解説: prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 25% PEG 1500, 100 mM Bis-Tris Propane pH 9.0, 100 mM NaCl. Temp details: incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月16日
放射	モノクロメーター: Si 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.189→49.892 Å / Num. obs: 72704 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 3.189→3.26 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 3617 / CC_1/2: 0.388 / R_pim(I) all: 0.668 / R_rim(I) all: 0.95 / Χ²: 0.607 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: truncated protein (structure to be published)

解像度: 3.189→49.892 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 27.26 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.494 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2586	3538	4.866 %
R_work	0.218	-	-
all	0.22	-	-
obs	-	72704	98.273 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.401 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.143 Å²	-2.691 Å²	-0.342 Å²
2-	-	-0.801 Å²	-1.076 Å²
3-	-	-	-0.977 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.189→49.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23683	0	0	0	23683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	24087
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	22313
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.067	0.01	22880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.639	32564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.514	1.575	52072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.97	5	2946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.13	25.041	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.598	15	4400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.801	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	26558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	21368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	11533
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	11706
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.08	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.304	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.396	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.025	11.403	11862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.025	11.403	11861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.251	17.109	14782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.251	17.11	14783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.033	11.99	12225
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.031	11.99	12223
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.647	17.739	17782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.645	17.739	17782
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.959	216.02	41724
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.959	216.02	41725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	23936
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.105	0.05	22637
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.114	0.05	22215
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.105	0.05	22517
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.11	0.05	22092
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.098	0.05	22869

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.189-3.271	0.358	246	0.337	4587	X-RAY DIFFRACTION	88.5976
3.271-3.361	0.354	251	0.311	5028	X-RAY DIFFRACTION	98.7283
3.361-3.458	0.333	264	0.297	4833	X-RAY DIFFRACTION	98.7599
3.458-3.565	0.332	242	0.27	4778	X-RAY DIFFRACTION	98.9163
3.565-3.681	0.315	212	0.253	4633	X-RAY DIFFRACTION	98.9179
3.681-3.81	0.281	214	0.244	4467	X-RAY DIFFRACTION	98.9641
3.81-3.954	0.324	202	0.228	4291	X-RAY DIFFRACTION	99.0302
3.954-4.115	0.254	216	0.2	4070	X-RAY DIFFRACTION	99.0754
4.115-4.298	0.238	210	0.189	3990	X-RAY DIFFRACTION	99.1501
4.298-4.507	0.209	191	0.174	3790	X-RAY DIFFRACTION	99.0545
4.507-4.751	0.209	185	0.164	3580	X-RAY DIFFRACTION	99.1311
4.751-5.038	0.208	205	0.157	3408	X-RAY DIFFRACTION	99.1765
5.038-5.385	0.242	170	0.187	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.3807
5.385-5.816	0.279	133	0.221	3001	X-RAY DIFFRACTION	99.3974
5.816-6.369	0.328	138	0.235	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.3802
6.369-7.117	0.275	117	0.199	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.6224
7.117-8.212	0.229	125	0.187	2187	X-RAY DIFFRACTION	99.5265
8.212-10.044	0.198	103	0.181	1838	X-RAY DIFFRACTION	99.1318
10.044-14.142	0.229	79	0.207	1426	X-RAY DIFFRACTION	99.4055
14.142-49.892	0.333	35	0.377	790	X-RAY DIFFRACTION	96.831

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関連情報:EMDBヘッダ

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