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- PDB-6v0a: Crystal structure of cytochrome c nitrite reductase from the bact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v0a
タイトルCrystal structure of cytochrome c nitrite reductase from the bacterium Geobacter lovleyi with bound sulfate
要素Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ammonia-forming / cytochrome c nitrite reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) / nitrite reductase (cytochrome, ammonia-forming) activity / : / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c552 / Cytochrome c552 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter lovleyi
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Satyanarayana, L. / Campecino, J. / Hegg, L.H. / Hu, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Cytochromecnitrite reductase from the bacteriumGeobacter lovleyirepresents a new NrfA subclass.
著者: Campecino, J. / Lagishetty, S. / Wawrzak, Z. / Sosa Alfaro, V. / Lehnert, N. / Reguera, G. / Hu, J. / Hegg, E.L.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
B: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
C: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
D: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
E: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
F: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,96842
ポリマ－325,8376
非ポリマー19,13136
水16,123895
1
A: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
B: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98914
ポリマ－108,6122
非ポリマー6,37712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16040 Å2
ΔGint-275 kcal/mol
Surface area32390 Å2
手法PISA
2
C: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
D: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98914
ポリマ－108,6122
非ポリマー6,37712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16000 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area32180 Å2
手法PISA
3
E: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
F: Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98914
ポリマ－108,6122
非ポリマー6,37712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15950 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area32260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.859, 144.616, 234.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...
21(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...
31(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...
41(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...
51(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...
61(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A35 - 77
121(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A79 - 161
131(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A163 - 305
141(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A308 - 310
151(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A457 - 478
161(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A537 - 541
171(chain A and (resid 35 through 77 or resid 79...A1523
211(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B35 - 77
221(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B79 - 161
231(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B163 - 202
241(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B35 - 541
251(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B312 - 325
261(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B457 - 475
271(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B457 - 478
281(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B537 - 541
291(chain B and (resid 35 through 77 or resid 79...B1523
311(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C35 - 77
321(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C79 - 202
331(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C204 - 305
341(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C308 - 310
351(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C35 - 541
361(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C327 - 455
371(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C457 - 541
381(chain C and (resid 35 through 77 or resid 79...C1523
411(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D35 - 77
421(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D79 - 161
431(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D163 - 202
441(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D327 - 455
451(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D35 - 541
461(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D537 - 541
471(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D35 - 541
481(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D537 - 541
491(chain D and (resid 35 through 77 or resid 79...D1523
511(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E35 - 161
521(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E163 - 202
531(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E204 - 305
541(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E308 - 310
551(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E327 - 478
561(chain E and (resid 35 through 161 or resid 163...E537 - 1523
611(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F35 - 77
621(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F79 - 305
631(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F308 - 325
641(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F35 - 478
651(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F457 - 478
661(chain F and (resid 35 through 77 or resid 79...F537 - 1523

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要素

#1: タンパク質
Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)


分子量: 54306.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter lovleyi (strain ATCC BAA-1151 / DSM 17278 / SZ) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1151 / DSM 17278 / SZ / 細胞株: SZ / 遺伝子: Glov_1042 / Variant: DSM 17278 / プラスミド: D-TOPO 45 / 詳細 (発現宿主): pBAD202/D-TOPO 45 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 株 (発現宿主): MR-1
参照: UniProt: B3E641, nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)
#2: 化合物...
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
解説: Initial crystal appeared after a week consisting of thin long needle clusters, a reddish brown micro-crystals. The crystallization hit condition were further optimized by changing the various ...解説: Initial crystal appeared after a week consisting of thin long needle clusters, a reddish brown micro-crystals. The crystallization hit condition were further optimized by changing the various parameters of crystallization hit condition starting from pH, precipitant and protein concentration in corning 48 three well plate to obtained thick long needle like crystals.
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 200 mM Sodium Malonate as precipitant and protein concentration 10 mg/ml in 150 mM NaCl, 30 mM Ammonium Sulphate and 10 mM Hepes buffer pH 7.0
PH範囲: 6.0-7.5
Temp details: Crystal were grown at 8 degree centigrade, a cold room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen cryogenic condition / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.722 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.549→30 Å / Num. obs: 122318 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 1.563 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.595.31.65560920.350.7671.81.01799.6
2.59-2.645.31.42460980.3960.661.51.02999.6
2.64-2.695.31.23260260.4930.5690.131.03999.6
2.69-2.755.31.07260840.5730.4961.1851.07399.4
2.75-2.815.30.90560690.6540.4190.11.09799.2
2.81-2.875.30.82160510.6820.3810.9081.14499
2.87-2.945.20.71261020.7510.3340.7891.17599.2
2.94-3.025.30.61660480.7960.2870.6811.20199
3.02-3.115.20.52260320.8340.2480.5791.2698.7
3.11-3.214.50.40160110.8760.2060.4531.30697.6
3.21-3.334.20.32459200.9010.1690.3671.37496.6
3.33-3.465.70.28461400.950.1280.3121.45599.6
3.46-3.6260.22561240.970.0990.2471.51199.7
3.62-3.8160.17961790.9780.0790.1961.62699.8
3.81-4.0560.14661550.9860.0640.161.73299.8
4.05-4.365.90.11761790.9910.0520.1281.8799.8
4.36-4.7960.10162280.9920.0450.1112.003100
4.79-5.485.40.161690.9920.0470.1112.14598.8
5.48-6.95.10.09760660.9920.0460.1072.32195.9
6.9-106.90.06765450.9970.0270.0722.982100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.1_3469精密化
SCALEPACKHKL200データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOHKL2000データ削減
MrBUMPCCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FE anomalous signal at 1.7 A build model

解像度: 2.55→29.664 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 6074 4.97 %
Rwork0.1883 --
obs0.191 122200 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.98 Å2 / Biso mean: 39.061 Å2 / Biso min: 11.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→29.664 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21161 0 1320 895 23376
Biso mean--31.71 33.91 -
残基数----2657
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
12B8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
13C8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
14D8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
15E8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
16F8001X-RAY DIFFRACTION5.782TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.55-2.57810.38591790.3243381997
2.5781-2.60840.33241940.3053831100
2.6084-2.64020.35151790.28553909100
2.6402-2.67360.3281670.28143835100
2.6736-2.70870.34651970.27173862100
2.7087-2.74580.34092220.271381899
2.7458-2.7850.31891790.2629389699
2.785-2.82650.34982010.2651381099
2.8265-2.87070.30482120.2512383599
2.8707-2.91770.32572060.2416385699
2.9177-2.9680.28061970.2355382499
2.968-3.02190.30471970.2294384699
3.0219-3.07990.28092010.2259388699
3.0799-3.14270.28982060.2233378098
3.1427-3.2110.30231970.223377497
3.211-3.28560.28372180.2107370095
3.2856-3.36760.28062090.2038388399
3.3676-3.45860.25962170.19463852100
3.4586-3.56020.25961980.18423883100
3.5602-3.67490.26072300.18233886100
3.6749-3.8060.21962040.17423900100
3.806-3.9580.221990.15893915100
3.958-4.13770.21242310.14893884100
4.1377-4.35520.18162150.13913892100
4.3552-4.62710.15952070.13433940100
4.6271-4.98290.18742100.13063942100
4.9829-5.48150.16591900.1403390299
5.4815-6.26810.19181990.1545374894
6.2681-7.87270.19162060.15064038100
7.8727-29.660.16362070.1434180100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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